LXL04_033958 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033958

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 69227044-69228255 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1212 bp · LXL04_033958|LXL04_033958|OH1004|cDNA

ATGAACCTTCCTAGTTCAGCCGATTGTCTATCCACCCCACTCCTATCAACCACCACAACCACCACCAGTAGCAGCGACGCCGACGAAAGTCCGGCCACCTCCCACCGTTTCATTCCGTACAATATACCCAAAACACTAAGCTCCTCCTGTTCCTCATACCGGTCACTATCTGTCCTCACCGGCCACGGTGGATCAGTTTCATGTCTGGCCATATGCGGTGAGTTCATCCTCAGCGCCTCCCACGGAAAAGACATCATCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · LXL04_033958|LXL04_033958|OH1004|CDS

ATGAACCTTCCTAGTTCAGCCGATTGTCTATCCACCCCACTCCTATCAACCACCACAACCACCACCAGTAGCAGCGACGCCGACGAAAGTCCGGCCACCTCCCACCGTTTCATTCCGTACAATATACCCAAAACACTAAGCTCCTCCTGTTCCTCATACCGGTCACTATCTGTCCTCACCGGCCACGGTGGATCAGTTTCATGTCTGGCCATATGCGGTGAGTTCATCCTCAGCGCCTCCCACGGAAAAGACATCATCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

403 aa · LXL04_033958|LXL04_033958|OH1004|PROTEIN

MNLPSSADCLSTPLLSTTTTTTSSSDADESPATSHRFIPYNIPKTLSSSCSSYRSLSVLTGHGGSVSCLAICGEFILSASHGKDIIVWQQPDLRQFTKFGQGEGSVKALVTAGNKVFTAHQDSRIRVWKVSRSSENIFRLVDTLPTTKDYLGKFMKQSNYVQTRRHHKRLWIEHADSISCLSVHDGLIYSGSWDKTLKVWRISDLKCLESIKAHDDAINSLIASNGVVYSASADGKIKAWGRTETDPKSSHSLKGILEGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033958`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033958

位置 Chr07:69227044-69228255 (+)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000132 establishment of mitotic spindle orientation 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0007097 nuclear migration 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031023 microtubule organizing center organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26490

ddi:DDB_G0290687

mmu:103583

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.562

排名 1 · LXL04_033958 · OH-1004

细胞质0.309

排名 2 · LXL04_033958 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 3 · LXL04_033958 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 4 · LXL04_033958 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_033958 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24017.3Beta-prop_SCAP47-241 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st51-133 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st54-132 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st55-136 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR559-243 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st111-335 aa

PF24796.2WDR55162-385 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3170-315 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033958	`PF24017.3`	Beta-prop_SCAP	47	241	3.8e-09	36.6
LXL04_033958	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	51	133	5e-11	43.2
LXL04_033958	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	54	132	6.4e-25	88.6
LXL04_033958	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	55	136	2.8e-22	80.1
LXL04_033958	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	59	243	1.1e-26	94.5
LXL04_033958	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	111	335	1.5e-13	51.4
LXL04_033958	`PF24796.2`	WDR55	162	385	1.3e-11	44.9
LXL04_033958	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	170	315	8.2e-25	88.1
LXL04_033958	`PF00400.39`	WD40	172	200	2.9e-32	110.4
LXL04_033958	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	172	289	6.4e-25	88.6
LXL04_033958	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	173	247	2.8e-22	80.1
LXL04_033958	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	174	245	3.7e-19	69.6
LXL04_033958	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	174	292	3.6e-17	63.3
LXL04_033958	`PF24814.2`	WD40_Prp19	177	381	7.7e-23	81.7
LXL04_033958	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	182	289	8.9e-22	78.4
LXL04_033958	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	223	290	7.5e-15	55.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	Protein JINGUBANG	41.742%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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