LXL04_028866 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028866

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 71857917-71859049 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

321 bp · LXL04_028866|LXL04_028866|OH1004|cDNA

ATGGCGAGTTCTTTAGACGCTGCAGGAGAACCTATCCCGACATCGGCGGTGCTAATGTCGGCGTCGAAGCATATAGCGACCAGATGTAGAGGTGAAAATGTTGCCTTCCTCAAGTGCAAGAAGGACGATCCCAATCCCGAGAAATGCCTCGAGAAAGGCAGACAAGTGACCCGCTGTGTTTTATCTTTGCTGAAAGATTTACATCAGAAGTGCACAAAAGAGATGGATGCTTATGCTGGATGCATGTACTACAACACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

321 bp · LXL04_028866|LXL04_028866|OH1004|CDS

ATGGCGAGTTCTTTAGACGCTGCAGGAGAACCTATCCCGACATCGGCGGTGCTAATGTCGGCGTCGAAGCATATAGCGACCAGATGTAGAGGTGAAAATGTTGCCTTCCTCAAGTGCAAGAAGGACGATCCCAATCCCGAGAAATGCCTCGAGAAAGGCAGACAAGTGACCCGCTGTGTTTTATCTTTGCTGAAAGATTTACATCAGAAGTGCACAAAAGAGATGGATGCTTATGCTGGATGCATGTACTACAACACTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

106 aa · LXL04_028866|LXL04_028866|OH1004|PROTEIN

MASSLDAAGEPIPTSAVLMSASKHIATRCRGENVAFLKCKKDDPNPEKCLEKGRQVTRCVLSLLKDLHQKCTKEMDAYAGCMYYNTDEFELCRKEQKEFEKACPLN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028866`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028866

位置 Chr06:71857917-71859049 (+)

描述 Similar to At5g18800: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18800`	线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体 I）的辅助亚基，据信不参与催化。	暂无已核实直接文献
`At3g06310`	线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体 I）的辅助亚基，据信不参与催化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028866 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006120 mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005758 mitochondrial intermembrane space 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0045271 respiratory chain complex I 细胞组分

GO:0044877 protein-containing complex binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06310

ath:AT5G18800

ncr:NCU02472

pon:100172726

ppyg:129044070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.972

排名 1 · LXL04_028866 · OH-1004

细胞核0.072

排名 2 · LXL04_028866 · OH-1004

细胞质0.061

排名 3 · LXL04_028866 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 4 · LXL04_028866 · OH-1004

细胞外0.014

排名 5 · LXL04_028866 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16860.11CX9C64-100 aa

PF06747.19CHCH71-103 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028866	`PF16860.11`	CX9C	64	100	2.6e-08	34.4
LXL04_028866	`PF06747.19`	CHCH	71	103	5.3e-10	39.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LGE7`	拟南芥	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B	75.238%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SQT4`	拟南芥	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-A	74.757%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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