LXL04_028485 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028485

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 43307501-43309864 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2364 bp · LXL04_028485|LXL04_028485|OH1004|cDNA

atgATTTGTAGAGCCGTCGGAAAGCGTGATCGGAACTTCTTTCTAAACTTGATCGGAAATGTCGCCACGCAATCCCATCTCCGGCAAACCCATGCCCAACTCATCCTCAACGGCCTAAAATCCGACATAGCCACCGTCACAAAGCTCATTCAAAAACTCTCCGACCTCGGTGCCATCTCCGACGCAACCCTCATCTGTTCGACATTTCCAAACCCTGACCTTTTTCTGTACAATGTTATCATCAAAGGATTCTCTCACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2364 bp · LXL04_028485|LXL04_028485|OH1004|CDS

ATGATTTGTAGAGCCGTCGGAAAGCGTGATCGGAACTTCTTTCTAAACTTGATCGGAAATGTCGCCACGCAATCCCATCTCCGGCAAACCCATGCCCAACTCATCCTCAACGGCCTAAAATCCGACATAGCCACCGTCACAAAGCTCATTCAAAAACTCTCCGACCTCGGTGCCATCTCCGACGCAACCCTCATCTGTTCGACATTTCCAAACCCTGACCTTTTTCTGTACAATGTTATCATCAAAGGATTCTCTCACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

787 aa · LXL04_028485|LXL04_028485|OH1004|PROTEIN

MICRAVGKRDRNFFLNLIGNVATQSHLRQTHAQLILNGLKSDIATVTKLIQKLSDLGAISDATLICSTFPNPDLFLYNVIIKGFSHNNCYSKAVSVYRQLRETTTLKPDNFTYVFVISAASKLQCSKLGSSLHGHVIVGGAGSDLFVGSAIVDMYLNFGKVGYAYKVFDKIPEPDTVLCNSMISGSVKNDCFEESVSIFKDMILRETRFDSTTFAAVLTAASELQELKLGMAIQSSSIKLGFHSHVHVLTGLISFYAKHG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028485`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028485

位置 Chr06:43307501-43309864 (-)

描述 Similar to DYW9: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30700`	含五重复肽序列的蛋白At4g30700。	暂无已核实直接文献
`At1g11290`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
`At4g33990`	含五肽重复的蛋白At4g33990。	暂无已核实直接文献
`At3g12770`	含有五肽重复序列的蛋白质At3g12770。	暂无已核实直接文献
`At3g26782`	含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028485 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11290

ath:AT3G12770

ath:AT4G30700

ath:AT4G33990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.713

排名 1 · LXL04_028485 · OH-1004

质体0.142

排名 2 · LXL04_028485 · OH-1004

细胞核0.052

排名 3 · LXL04_028485 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_028485 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_028485 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_272-119 aa

PF13041.13PPR_2174-220 aa

PF01535.27PPR177-203 aa

PF29070.1MSC6_N261-428 aa

PF13041.13PPR_2275-318 aa

PF01535.27PPR279-304 aa

PF13041.13PPR_2379-424 aa

PF01535.27PPR380-407 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028485	`PF13041.13`	PPR_2	72	119	1.6e-63	211.3
LXL04_028485	`PF13041.13`	PPR_2	174	220	1.6e-63	211.3
LXL04_028485	`PF01535.27`	PPR	177	203	5.1e-58	190.1
LXL04_028485	`PF29070.1`	MSC6_N	261	428	2.6e-16	60.4
LXL04_028485	`PF13041.13`	PPR_2	275	318	1.6e-63	211.3
LXL04_028485	`PF01535.27`	PPR	279	304	5.1e-58	190.1
LXL04_028485	`PF13041.13`	PPR_2	379	424	1.6e-63	211.3
LXL04_028485	`PF01535.27`	PPR	380	407	5.1e-58	190.1
LXL04_028485	`PF01535.27`	PPR	452	478	5.1e-58	190.1
LXL04_028485	`PF13041.13`	PPR_2	477	525	1.6e-63	211.3
LXL04_028485	`PF12854.14`	PPR_1	478	504	5.3e-36	122.8
LXL04_028485	`PF29070.1`	MSC6_N	478	576	2.6e-16	60.4
LXL04_028485	`PF01535.27`	PPR	480	507	5.1e-58	190.1
LXL04_028485	`PF20431.5`	E_motif	597	659	8.3e-13	49.1
LXL04_028485	`PF14432.13`	DYW_deaminase	695	787	6.1e-40	135.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUH6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700	57.841%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3E6Q1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic	36.187%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81767`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990	36.268%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LTV8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g12770	36.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LW32`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial	39.936%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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