LXL04_026746 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026746

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2383274-2384101 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

384 bp · LXL04_026746|LXL04_026746|OH1004|cDNA

ATGCCAGAAGGAACGCTTGAAGTTCTTGTCGTAAGCGCCAAAGGCCTCGAGAATACAGATGTCCTATGTAACATGGACCCGTATGTTATTATAACGTACCGGAGTCAGGAAAAGAAAAGCAATGTTGCATCAGGTAAAGGGTCCAATCCCGAATGGAACGAGACATTTTTGTTCGATGTTTCAAGTAAAGAAACTGCTGATTTAAAAATCAAGATAATGGACAGCGATACCGGTAGTGCAGATGACCTTGTTGGACATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

384 bp · LXL04_026746|LXL04_026746|OH1004|CDS

ATGCCAGAAGGAACGCTTGAAGTTCTTGTCGTAAGCGCCAAAGGCCTCGAGAATACAGATGTCCTATGTAACATGGACCCGTATGTTATTATAACGTACCGGAGTCAGGAAAAGAAAAGCAATGTTGCATCAGGTAAAGGGTCCAATCCCGAATGGAACGAGACATTTTTGTTCGATGTTTCAAGTAAAGAAACTGCTGATTTAAAAATCAAGATAATGGACAGCGATACCGGTAGTGCAGATGACCTTGTTGGACATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

127 aa · LXL04_026746|LXL04_026746|OH1004|PROTEIN

MPEGTLEVLVVSAKGLENTDVLCNMDPYVIITYRSQEKKSNVASGKGSNPEWNETFLFDVSSKETADLKIKIMDSDTGSADDLVGHARQDDAYCGEIRIGLNFTAQKSRGFDPADANMGGWKQSSHD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026746`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026746

位置 Chr06:2383274-2384101 (-)

描述 Similar to ERG3: Elicitor-responsive protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63220`	可结合正义和反义 RNA（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0531100`	可能在植物防御信号传导中起作用（可能）。	Rice OsERG3 encodes an unusual small C2-domain protein containing a Ca(2+)-binding module but lacking phospholipid-binding properties.2011 · DOI: 10.1016/j.bbagen.2011.06.021
`UniProt: Q25AG5`	诱导素反应蛋白3。	暂无已核实直接文献
`Os01g0841700`	可能在植物防御信号传导中起作用（可能）。	Rice C2-domain proteins are induced and translocated to the plasma membrane in response to a fungal elicitor.2003 · DOI: 10.1021/bi034576n
`UniProt: A2WWV5`	可能在植物防御信号传导中起作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026746 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0005544 calcium-dependent phospholipid binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63220

dosa:Os01g0841700

dosa:Os04g0531100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.375

排名 1 · LXL04_026746 · OH-1004

细胞膜0.254

排名 2 · LXL04_026746 · OH-1004

细胞核0.211

排名 3 · LXL04_026746 · OH-1004

细胞外0.166

排名 4 · LXL04_026746 · OH-1004

溶酶体／液泡0.137

排名 5 · LXL04_026746 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C24-88 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026746	`PF00168.37`	C2	4	88	3.1e-21	76.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C8S6`	拟南芥	16 kDa phloem protein 2	48.630%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JBH9`	水稻	Elicitor-responsive protein 3	51.724%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q25AG5`	水稻	Elicitor-responsive protein 3	51.724%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JHU5`	水稻	Elicitor-responsive protein 1	38.312%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2WWV5`	水稻	Elicitor-responsive protein 1	38.312%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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