LXL04_026028 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026028

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 119913581-119918492 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2703 bp · LXL04_026028|LXL04_026028|OH1004|cDNA

ATGAACATGCCTTCTTTCGCTTCTTCCCTTGAACATGACGGGAGTATCAAACAAGATGTTACCCGCAACACTGTCAACTTCCATCCTAGCATTTGGGGAGATCAGTTTCTCACCTATGAAGAGACAAATGATGGAGAATGGGGGGAGCAACAAGTCAATCAACTCAAAGAGGAAGTCCGCAAAATGCTAGTCATCAATACCTCAACCCAAATGATCACACACCATAGGAAACTTTTGGAGCTTATTGATGCAATCCAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2703 bp · LXL04_026028|LXL04_026028|OH1004|CDS

ATGAACATGCCTTCTTTCGCTTCTTCCCTTGAACATGACGGGAGTATCAAACAAGATGTTACCCGCAACACTGTCAACTTCCATCCTAGCATTTGGGGAGATCAGTTTCTCACCTATGAAGAGACAAATGATGGAGAATGGGGGGAGCAACAAGTCAATCAACTCAAAGAGGAAGTCCGCAAAATGCTAGTCATCAATACCTCAACCCAAATGATCACACACCATAGGAAACTTTTGGAGCTTATTGATGCAATCCAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

900 aa · LXL04_026028|LXL04_026028|OH1004|PROTEIN

MNMPSFASSLEHDGSIKQDVTRNTVNFHPSIWGDQFLTYEETNDGEWGEQQVNQLKEEVRKMLVINTSTQMITHHRKLLELIDAIQRLGVAYHFEEEIEKCLKHILHLTYGDLWVNDNLDLQTASLWFRLLRQQGFNVSSGVFNKYKNNDGRFMESIIDDVQGMLSLYEASYMRIEGEQILDEAIVFTTCHLSKKVENLNDGLFKDRIHQALQQPLRKRLPRLEALRYIPIYQQEPSHNEVLLKFAKLDFNLLQKLHRKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026028`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_026028`
位置	Chr05:119913581-119918492 (-)
描述	Similar to CASC125: (E)-beta-farnesene synthase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026028` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0016102 diterpenoid biosynthetic process 生物过程 GO:0046246 terpene biosynthetic process 生物过程 GO:0051762 sesquiterpene biosynthetic process 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能 GO:0010333 terpene synthase activity 分子功能 GO:0034005 germacrene-A synthase activity 分子功能 GO:0080016 (-)-E-beta-caryophyllene synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:AAL79181 ag:AMP42991 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.973

排名 1 · LXL04_026028 · OH-1004

线粒体0.040

排名 2 · LXL04_026028 · OH-1004

过氧化物酶体0.038

排名 3 · LXL04_026028 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_026028 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 5 · LXL04_026028 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01397.28Terpene_synth31-212 aa

PF03936.22Terpene_synth_C269-470 aa

PF19086.6Terpene_syn_C_2309-470 aa

PF19086.6Terpene_syn_C_2492-534 aa

PF03936.22Terpene_synth_C493-534 aa

PF00574.29CLP_protease686-860 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026028	`PF01397.28`	Terpene_synth	31	212	2.7e-54	184.5
LXL04_026028	`PF03936.22`	Terpene_synth_C	269	470	5.3e-82	275.5
LXL04_026028	`PF19086.6`	Terpene_syn_C_2	309	470	7.2e-45	153.9
LXL04_026028	`PF19086.6`	Terpene_syn_C_2	492	534	7.2e-45	153.9
LXL04_026028	`PF03936.22`	Terpene_synth_C	493	534	5.3e-82	275.5
LXL04_026028	`PF00574.29`	CLP_protease	686	860	5.5e-71	238.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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