LXL04_025320 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025320

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 109719498-109725212 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2523 bp · LXL04_025320|LXL04_025320|OH1004|cDNA

ATGGGGATTAGTTATTGTTCAAGATTCATCCTTTTCTTAATCATCATCTCCTTGGTACCTGTTTATTCTGATACTAATACTGATAATGAATACAATCCCGGACCTGTAACGTATAATGCAAGGTCAGTTATTGTTAATGGGAATCCGACATTGCTATTCTCGGGTTCAATCCATTATCCTCGTAGCACTCCTGAGATGTGGCCGAATATCCTAAGAATGGCAAAAGAAGGAGGATTAAATACCATCGAAACTTATGTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2523 bp · LXL04_025320|LXL04_025320|OH1004|CDS

ATGGGGATTAGTTATTGTTCAAGATTCATCCTTTTCTTAATCATCATCTCCTTGGTACCTGTTTATTCTGATACTAATACTGATAATGAATACAATCCCGGACCTGTAACGTATAATGCAAGGTCAGTTATTGTTAATGGGAATCCGACATTGCTATTCTCGGGTTCAATCCATTATCCTCGTAGCACTCCTGAGATGTGGCCGAATATCCTAAGAATGGCAAAAGAAGGAGGATTAAATACCATCGAAACTTATGTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

840 aa · LXL04_025320|LXL04_025320|OH1004|PROTEIN

MGISYCSRFILFLIIISLVPVYSDTNTDNEYNPGPVTYNARSVIVNGNPTLLFSGSIHYPRSTPEMWPNILRMAKEGGLNTIETYVFWNVHEPVEGQFNFTGNYDLVKFMKLIAENKLYAILRLGPFIQAEWNLGGLPFWLRDVPDIIFRSYNEPYMTHMKRYSEMIINMMKKEKLFAPQGGPIIMAQIENEYNHVQESYREKGIQYVKWAADMATGLYPDVPWIMCKQKDAPPNVISTCNGRHCADTFGGPNGDNKPSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025320`
TK1151 ID	TkA06G067730
OH-1004 ID	LXL04_025320
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025320

位置 Chr05:109719498-109725212 (+)

描述 Similar to BGAL13: Beta-galactosidase 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16730`	β-半乳糖苷酶13。	暂无已核实直接文献
`At4g38590`	β-半乳糖苷酶 14。	暂无已核实直接文献
`At4g35010`	β-半乳糖苷酶11。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0549200`	β-半乳糖苷酶11。	暂无已核实直接文献
`Os09g0539200`	β-半乳糖苷酶12。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025320 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0019388 galactose catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16730

ath:AT4G35010

dosa:Os08g0549200

dosa:Os09g0539200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.360

排名 1 · LXL04_025320 · OH-1004

溶酶体／液泡0.265

排名 2 · LXL04_025320 · OH-1004

内质网0.138

排名 3 · LXL04_025320 · OH-1004

细胞质0.125

排名 4 · LXL04_025320 · OH-1004

细胞膜0.116

排名 5 · LXL04_025320 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01301.26Glyco_hydro_3543-347 aa

PF02449.22Glyco_hydro_4264-203 aa

PF17834.8GHD375-426 aa

PF13364.13BetaGal_ABD2614-699 aa

PF21467.4BetaGal_gal-bd628-693 aa

PF02140.24SUEL_Lectin753-834 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025320	`PF01301.26`	Glyco_hydro_35	43	347	5e-112	375.3
LXL04_025320	`PF02449.22`	Glyco_hydro_42	64	203	1.3e-08	35.3
LXL04_025320	`PF17834.8`	GHD	375	426	1.4e-17	63.9
LXL04_025320	`PF13364.13`	BetaGal_ABD2	614	699	2.5e-09	38.6
LXL04_025320	`PF21467.4`	BetaGal_gal-bd	628	693	2.4e-27	95.5
LXL04_025320	`PF02140.24`	SUEL_Lectin	753	834	1.4e-13	51.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCU9`	拟南芥	Beta-galactosidase 13	54.444%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCU8`	拟南芥	Beta-galactosidase 14	53.911%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCV1`	拟南芥	Beta-galactosidase 11	52.664%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZJJ0`	水稻	Beta-galactosidase 11	51.171%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0IZZ8`	水稻	Beta-galactosidase 12	48.689%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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