LXL04_025270 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025270

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 108964711-108967359 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1795 bp · LXL04_025270|LXL04_025270|OH1004|cDNA

ATGGGCAATACATGCCGTGGATCATTCGGAGGAAAAGGCGTTAAGAGCTTCAATCAACCTGAACATCGTTCCAGTATCATCAAACACGGATCTTGTTCAACCCAAGTTATCAACTCAACGAATCACTTCTCGAAATCGAACCCACAACAAAACAAATTGTTTCACAATTCAAGTCTGCAACCCCAATTTGACGACGCCATGAACCGCCACGGCATTTCTAATCAACCATACTATGTCATTGGACATAAAACCGCAAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1773 bp · LXL04_025270|LXL04_025270|OH1004|CDS

ATGGGCAATACATGCCGTGGATCATTCGGAGGAAAAGGCGTTAAGAGCTTCAATCAACCTGAACATCGTTCCAGTATCATCAAACACGGATCTTGTTCAACCCAAGTTATCAACTCAACGAATCACTTCTCGAAATCGAACCCACAACAAAACAAATTGTTTCACAATTCAAGTCTGCAACCCCAATTTGACGACGCCATGAACCGCCACGGCATTTCTAATCAACCATACTATGTCATTGGACATAAAACCGCAAACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

590 aa · LXL04_025270|LXL04_025270|OH1004|PROTEIN

MGNTCRGSFGGKGVKSFNQPEHRSSIIKHGSCSTQVINSTNHFSKSNPQQNKLFHNSSLQPQFDDAMNRHGISNQPYYVIGHKTANIRDLYTLGQKLGQGQFGTTYLCTEHSTGTNYACKSISKRKLISKEDVEDVRREIQIMHHLAGHSNIVTIKGAYEDPLYVHIVMELCGGGELFDRIIQRGHYSERKAAELIKIIVGVVQACHSLGVMHRDLKPENFLLVNKDDDFSLKAIDFGLSIFFKPGQIFTDVVGSPYYVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025270`
TK1151 ID	TkA06G070780
OH-1004 ID	LXL04_025270
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.656 / OH-1004 84.068 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025270

位置 Chr05:108964711-108967359 (-)

描述 Similar to CPK4: Calcium-dependent protein kinase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17290`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	CDPKs CPK6 and CPK3 function in ABA regulation of guard cell S-type anion- and Ca(2+)-permeable channels and stomatal closure.2006 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0040327 Calcium-dependent protein kinases responsible for the phosphorylation of a bZIP transcription factor FD crucial for the florigen complex formation.2015 · DOI: 10.1038/srep08341
`At4g35310`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g38230`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025270 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17290

ath:AT4G35310

ath:AT4G38230

sot:102594309

sot:102604043

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.452

排名 1 · LXL04_025270 · OH-1004

细胞膜0.425

排名 2 · LXL04_025270 · OH-1004

细胞核0.234

排名 3 · LXL04_025270 · OH-1004

高尔基体0.083

排名 4 · LXL04_025270 · OH-1004

内质网0.054

排名 5 · LXL04_025270 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase91-349 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr92-343 aa

PF13833.13EF-hand_8379-418 aa

PF12763.14EH389-457 aa

PF00036.39EF-hand_1397-424 aa

PF13499.13EF-hand_7397-456 aa

PF13405.13EF-hand_6397-425 aa

PF13202.13EF-hand_5397-419 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025270	`PF00069.32`	Pkinase	91	349	7.5e-76	255.7
LXL04_025270	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	92	343	2.8e-23	83.3
LXL04_025270	`PF13833.13`	EF-hand_8	379	418	4.8e-18	65.4
LXL04_025270	`PF12763.14`	EH	389	457	5.1e-08	33.5
LXL04_025270	`PF00036.39`	EF-hand_1	397	424	1.2e-33	112.9
LXL04_025270	`PF13499.13`	EF-hand_7	397	456	2.9e-28	98.7
LXL04_025270	`PF13405.13`	EF-hand_6	397	425	5.7e-26	88.4
LXL04_025270	`PF13202.13`	EF-hand_5	397	419	3.9e-24	83.7
LXL04_025270	`PF13833.13`	EF-hand_8	412	456	4.8e-18	65.4
LXL04_025270	`PF00036.39`	EF-hand_1	432	456	1.2e-33	112.9
LXL04_025270	`PF13499.13`	EF-hand_7	466	528	2.9e-28	98.7
LXL04_025270	`PF13405.13`	EF-hand_6	469	493	5.7e-26	88.4
LXL04_025270	`PF13202.13`	EF-hand_5	469	491	3.9e-24	83.7
LXL04_025270	`PF00036.39`	EF-hand_1	470	493	1.2e-33	112.9
LXL04_025270	`PF00036.39`	EF-hand_1	503	529	1.2e-33	112.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38872`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 6	80.909%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38871`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 5	80.072%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZM3`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 26	86.100%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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