LXL04_022427 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022427

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 150198828-150214456 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8856 bp · LXL04_022427|LXL04_022427|OH1004|cDNA

ATGTCTCTCCCGGCTCTGGACTGTAAATACGTGACCGAAGATTGTATTCGTGAATGGAAGAATGGTAGCACTAGCTTTAGACCGCCTTCTCCGGCACCGGTTATTCGATATCTTTATGAACTTTGTTGGAATATCGTTAGAGGTGAGCTACCGGTTCACAAGTGTAAATCAGCACTCGAGTTGGTTGAGTTTACCGACAGAGTTTCTGATGAAGAAGTGTCTTCAAATTTAGCTGATATTGTTTCCCAAATGGCTCAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

8856 bp · LXL04_022427|LXL04_022427|OH1004|CDS

ATGTCTCTCCCGGCTCTGGACTGTAAATACGTGACCGAAGATTGTATTCGTGAATGGAAGAATGGTAGCACTAGCTTTAGACCGCCTTCTCCGGCACCGGTTATTCGATATCTTTATGAACTTTGTTGGAATATCGTTAGAGGTGAGCTACCGGTTCACAAGTGTAAATCAGCACTCGAGTTGGTTGAGTTTACCGACAGAGTTTCTGATGAAGAAGTGTCTTCAAATTTAGCTGATATTGTTTCCCAAATGGCTCAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2951 aa · LXL04_022427|LXL04_022427|OH1004|PROTEIN

MSLPALDCKYVTEDCIREWKNGSTSFRPPSPAPVIRYLYELCWNIVRGELPVHKCKSALELVEFTDRVSDEEVSSNLADIVSQMAQDLTMPGESRARLVKLAKWMVEHSVVSLRLFHERCEEEFLWDSEMIKIKATDLKSKEVRVNTRLLYQQTKFNLLREESEGYAKLVTLLCQGSEVCSQNTSAATVGIIKSLIGHFNLDPNRVFDIVLECFELQPDNEVFLNLIPIFPKSNASQILGFKFQYYQRLEVNSSVPFGLY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022427`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022427

位置 Chr04:150198828-150214456 (+)

描述 Similar to THO2: THO complex subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24706`	作为 TREX 复合体的 THO 子复合体的组成部分，被认为耦合 mRNA 转录、加工和核输出。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022427 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:1990428 miRNA transport 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000445 THO complex part of transcription export complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24706

cjc:100399788

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.833

排名 1 · LXL04_022427 · OH-1004

细胞质0.203

排名 2 · LXL04_022427 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_022427 · OH-1004

线粒体0.031

排名 4 · LXL04_022427 · OH-1004

内质网0.017

排名 5 · LXL04_022427 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16134.11THOC2_N38-410 aa

PF16134.11THOC2_N420-562 aa

PF11732.14Thoc2564-639 aa

PF11262.14Tho2883-1104 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid1224-1296 aa

PF19259.5Ty3_capsid1246-1373 aa

PF13975.12gag-asp_proteas1496-1586 aa

PF08284.17RVP_21501-1587 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022427	`PF16134.11`	THOC2_N	38	410	1.6e-65	222.7
LXL04_022427	`PF16134.11`	THOC2_N	420	562	1.6e-65	222.7
LXL04_022427	`PF11732.14`	Thoc2	564	639	3.9e-29	101.2
LXL04_022427	`PF11262.14`	Tho2	883	1104	7.8e-90	301.9
LXL04_022427	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	1224	1296	9.1e-08	33.1
LXL04_022427	`PF19259.5`	Ty3_capsid	1246	1373	1.9e-07	31.4
LXL04_022427	`PF13975.12`	gag-asp_proteas	1496	1586	4.4e-06	27.9
LXL04_022427	`PF08284.17`	RVP_2	1501	1587	9.9e-10	39.1
LXL04_022427	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	1507	1603	3.7e-07	31.3
LXL04_022427	`PF00078.33`	RVT_1	1709	1868	3.1e-42	145.5
LXL04_022427	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	1931	2024	2.5e-27	95.6
LXL04_022427	`PF17917.8`	RT_RNaseH	1957	2024	1.4e-17	64.5
LXL04_022427	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	2110	2161	2.4e-14	53.9
LXL04_022427	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	2346	2380	8.1e-10	39.4
LXL04_022427	`PF11262.14`	Tho2	2426	2528	7.8e-90	301.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IAT2`	拟南芥	THO complex subunit 2	75.463%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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