LXL04_021563 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021563

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 132412507-132413972 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

648 bp · LXL04_021563|LXL04_021563|OH1004|cDNA

ATGCAGCAGCAACAGCATCAACAACCACCGCAATCGCAACTGCAACCGCCCACCTTAAACTCCGGTGCTCCTTTTTCTTCCAATGCGATCACCTCCGACCAGATTCAAAAGTGTCTGGATGACAACAAAAACTTGATTATGGCAATATTGGAAAATCAAAATCTTGGGAAATTTCAGGAGTGTGCTCAGTATCAAGCCATTCTCCAAAAGAACTTAATGTATTTAGCTGCAATTGCTGATGCTCAACCACCAACACAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · LXL04_021563|LXL04_021563|OH1004|CDS

ATGCAGCAGCAACAGCATCAACAACCACCGCAATCGCAACTGCAACCGCCCACCTTAAACTCCGGTGCTCCTTTTTCTTCCAATGCGATCACCTCCGACCAGATTCAAAAGTGTCTGGATGACAACAAAAACTTGATTATGGCAATATTGGAAAATCAAAATCTTGGGAAATTTCAGGAGTGTGCTCAGTATCAAGCCATTCTCCAAAAGAACTTAATGTATTTAGCTGCAATTGCTGATGCTCAACCACCAACACAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · LXL04_021563|LXL04_021563|OH1004|PROTEIN

MQQQQHQQPPQSQLQPPTLNSGAPFSSNAITSDQIQKCLDDNKNLIMAILENQNLGKFQECAQYQAILQKNLMYLAAIADAQPPTQQPSTPQMPPNSIPQQPNNYMQQQHQITATQQGGIGGGGGGVPKLPFQLNALRTQDQQQQLLQFQQQQQQQQLQAQMGMRPSAQNGMLGMHQAMQSALAGNPGSLMDGRGNKQDGSETAASGGGGGNRES

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021563`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021563

位置 Chr04:132412507-132413972 (+)

描述 Similar to GIF3: GRF1-interacting factor 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00850`	转录共激活因子，在叶片和子叶组织的细胞扩展调节中发挥作用（通过相似性推测）。	The Arabidopsis GRF-INTERACTING FACTOR gene family performs an overlapping function in determining organ size as well as multiple developmental properties.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141838
`At1g01160`	转录共激活因子，在叶片和子叶组织的细胞扩展调节中发挥作用（通过相似性推测）。	The Arabidopsis GRF-INTERACTING FACTOR gene family performs an overlapping function in determining organ size as well as multiple developmental properties.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141838
`At5g28640`	转录共激活因子，在叶片和子叶组织的细胞扩展调控中起作用。	A transcriptional coactivator, AtGIF1, is involved in regulating leaf growth and morphology in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0405450101 The transcription factor AtGRF5 and the transcription coactivator AN3 regulate cell proliferation in leaf primordia of Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02429.x The Arabidopsis GRF-INTERACTING FACTOR gene family performs an overlapping function in determining organ size as well as multiple developmental properties.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141838 Stable establishment of cotyledon identity during embryogenesis in Arabidopsis by ANGUSTIFOLIA3 and HANABA TARANU.2012 · DOI: 10.1242/dev.081547

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0733600`	转录共激活因子，在调节叶、茎和花序分生组织功能中发挥作用。	The OsmiR396c-OsGRF4-OsGIF1 regulatory module determines grain size and yield in rice.2016 · DOI: 10.1111/pbi.12569 OsGIF1 Positively Regulates the Sizes of Stems, Leaves, and Grains in Rice.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.01730 Conserved functional control, but distinct regulation, of cell proliferation in rice and Arabidopsis leaves revealed by comparative analysis of GRF-INTERACTING FACTOR 1 orthologs.2018 · DOI: 10.1242/dev.159624

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021563 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0009955 adaxial/abaxial pattern specification 生物过程

GO:0010449 root meristem growth 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045787 positive regulation of cell cycle 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048825 cotyledon development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01160

ath:AT4G00850

ath:AT5G28640

dosa:Os03g0733600

zma:100101544

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.949

排名 1 · LXL04_021563 · OH-1004

细胞质0.205

排名 2 · LXL04_021563 · OH-1004

线粒体0.015

排名 3 · LXL04_021563 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 4 · LXL04_021563 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_021563 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05030.18SSXT29-87 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021563	`PF05030.18`	SSXT	29	87	6.3e-22	77.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93VH6`	拟南芥	GRF1-interacting factor 3	46.977%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9MAL9`	拟南芥	GRF1-interacting factor 2	44.865%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8L8A5`	拟南芥	GRF1-interacting factor 1	66.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AVI1`	水稻	GRF-interacting factor 1	55.682%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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