LXL04_021057 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021057

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 120199175-120201308 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · LXL04_021057|LXL04_021057|OH1004|cDNA

ATGTCGGAACTTAAAGATTCCGCGATTAAGCTTTTCGGCAAGACGATTCAGCTGCTTCATGCTGATGATGGTACTCTTGGTAAAGCCGATGAACAACAACAGTGTTCTTCCGAAGACATCAAGAAAATAATGGAGGAAGAACACACTACAACTCAAACAGAGGACACATGTTCCAATCCTTCAACATTATCGGGAAACAACGATGATCCAAAAACACCAACCGCCGACAATGAAATTTCATCAAAAAACCCCACCAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · LXL04_021057|LXL04_021057|OH1004|CDS

ATGTCGGAACTTAAAGATTCCGCGATTAAGCTTTTCGGCAAGACGATTCAGCTGCTTCATGCTGATGATGGTACTCTTGGTAAAGCCGATGAACAACAACAGTGTTCTTCCGAAGACATCAAGAAAATAATGGAGGAAGAACACACTACAACTCAAACAGAGGACACATGTTCCAATCCTTCAACATTATCGGGAAACAACGATGATCCAAAAACACCAACCGCCGACAATGAAATTTCATCAAAAAACCCCACCAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · LXL04_021057|LXL04_021057|OH1004|PROTEIN

MSELKDSAIKLFGKTIQLLHADDGTLGKADEQQQCSSEDIKKIMEEEHTTTQTEDTCSNPSTLSGNNDDPKTPTADNEISSKNPTKKENPATNSNSNSEEKPQKPDKILPCPRCNSMDTKFCYYNNYNVNQPRHFCKNCQRYWTAGGSMRNTPVGSGRRKNKSSSSTSYYRHLFVSEAFQPSWKSNGGVLNFGSNPLCESMNSALNFSDKSRKSEEDHSSSSVQKLNFQKYPCQIQCFPSPSPPHWPYPWNFQEIPKVPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021057`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021057

位置 Chr04:120199175-120201308 (+)

描述 Similar to CDF2: Cyclic dof factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39660`	转录因子，能够特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列（通过相似性推测）。	Arabidopsis DOF transcription factors act redundantly to reduce CONSTANS expression and are essential for a photoperiodic flowering response.2009 · DOI: 10.1016/j.devcel.2009.06.015
`At5g62430`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g69570`	转录因子，能够特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g26790`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g47500`	转录因子，能够特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021057 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048577 negative regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69570

ath:AT3G47500

ath:AT5G39660

ath:AT5G62430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.931

排名 1 · LXL04_021057 · OH-1004

细胞质0.183

排名 2 · LXL04_021057 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_021057 · OH-1004

线粒体0.023

排名 4 · LXL04_021057 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_021057 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02701.21Zn_ribbon_Dof107-163 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021057	`PF02701.21`	Zn_ribbon_Dof	107	163	1.2e-31	109.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZL5`	拟南芥	Cyclic dof factor 2	36.926%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W1E3`	拟南芥	Cyclic dof factor 1	39.349%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SEZ3`	拟南芥	Cyclic dof factor 5	34.590%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQX4`	拟南芥	Dof zinc finger protein DOF1.3	33.019%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LFV3`	拟南芥	Cyclic dof factor 3	47.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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