LXL04_011546 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011546

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 167040517-167041767 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · LXL04_011546|LXL04_011546|OH1004|cDNA

ATGAGATTTAATCCATGCCCATGCACATTGCTTATCCGATCACGAGAACATGATCAAGAACATGAATTATCAGCTTCTCAAAGAATTCATGATCAATCCGATTCAAAGTCTCTTTCTTCACTACCGAGTATGCCTTCAGTTGCTTCCTTAACTTCACATTCCCAACCACCATCAACCACCGCCACCCACCACTATATCACCACCTTCAAATCCCACACCTCCTCCATATTCTCTCTCGCTCTCACCGGAAAAAACCTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · LXL04_011546|LXL04_011546|OH1004|CDS

ATGAGATTTAATCCATGCCCATGCACATTGCTTATCCGATCACGAGAACATGATCAAGAACATGAATTATCAGCTTCTCAAAGAATTCATGATCAATCCGATTCAAAGTCTCTTTCTTCACTACCGAGTATGCCTTCAGTTGCTTCCTTAACTTCACATTCCCAACCACCATCAACCACCGCCACCCACCACTATATCACCACCTTCAAATCCCACACCTCCTCCATATTCTCTCTCGCTCTCACCGGAAAAAACCTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · LXL04_011546|LXL04_011546|OH1004|PROTEIN

MRFNPCPCTLLIRSREHDQEHELSASQRIHDQSDSKSLSSLPSMPSVASLTSHSQPPSTTATHHYITTFKSHTSSIFSLALTGKNLLSASADGQIRIWPRDPSSSSSSQSSPLPPIASGESSVKSMVIHGDKLFTGHQDHKIRVWKLDEKQETIKCVATLPTLNDRITKLLFAKNYIKIRRHRRCTWVHHVDAVSALALSTDGSLIYSGSWDRTFKVWRTTDYRCLESVWNAHDDAINAIAVSHDGYVYTGSADRKIKVW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011546`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011546

位置 Chr02:167040517-167041767 (+)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0031037 myosin II filament disassembly 生物过程

GO:1903013 response to differentiation-inducing factor 1 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005826 actomyosin contractile ring 细胞组分

GO:0004197 cysteine-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016905 myosin heavy chain kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:all2124

ath:AT2G26490

ddi:DDB_G0289115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.548

排名 1 · LXL04_011546 · OH-1004

细胞质0.322

排名 2 · LXL04_011546 · OH-1004

细胞膜0.137

排名 3 · LXL04_011546 · OH-1004

内质网0.061

排名 4 · LXL04_011546 · OH-1004

溶酶体／液泡0.046

排名 5 · LXL04_011546 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24017.3Beta-prop_SCAP20-310 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz60-178 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st62-169 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd62-168 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR563-172 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st63-107 aa

PF00400.39WD4066-98 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC378-163 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011546	`PF24017.3`	Beta-prop_SCAP	20	310	3.9e-11	43.2
LXL04_011546	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	60	178	1.5e-21	77.7
LXL04_011546	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	62	169	1.6e-30	106.9
LXL04_011546	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	62	168	2.3e-20	73.6
LXL04_011546	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	63	172	7.3e-42	144.4
LXL04_011546	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	63	107	1.4e-20	74.4
LXL04_011546	`PF00400.39`	WD40	66	98	2.2e-42	142.4
LXL04_011546	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	78	163	1.3e-29	103.8
LXL04_011546	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	85	263	1.1e-12	48.3
LXL04_011546	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	128	353	1e-11	45.1
LXL04_011546	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	178	309	1.4e-11	45.0
LXL04_011546	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	183	353	9.5e-14	51.8
LXL04_011546	`PF24796.2`	WDR55	185	260	1.3e-18	67.9
LXL04_011546	`PF00400.39`	WD40	186	218	2.2e-42	142.4
LXL04_011546	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	187	261	1.6e-30	106.9
LXL04_011546	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	189	309	7.3e-42	144.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	Protein JINGUBANG	42.733%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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