LXL04_009802 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009802

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 133878722-133881935 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1527 bp · LXL04_009802|LXL04_009802|OH1004|cDNA

ATGAAGCCTGTCGCTTTACATTTCCTCTTCCCATTTCTTCTCCAATTTTCACTTCTGATTCTTCGATTTTCTCTCTGTAACTCAAGCTATCTAAACTATGGCGAAGCGCTCTCTAAATCAATATTGTTTTTCGAAGGCCAGCGCTCCGGTTTCCTCCCCAACGATCAGAGGATGGACTGGCGGTCGCATTCCGGACTTGGAGACGGCTCAACCGTTAATGCCGACCTCACCGGCGGTTACTACGACGCCGGCGACAATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1527 bp · LXL04_009802|LXL04_009802|OH1004|CDS

ATGAAGCCTGTCGCTTTACATTTCCTCTTCCCATTTCTTCTCCAATTTTCACTTCTGATTCTTCGATTTTCTCTCTGTAACTCAAGCTATCTAAACTATGGCGAAGCGCTCTCTAAATCAATATTGTTTTTCGAAGGCCAGCGCTCCGGTTTCCTCCCCAACGATCAGAGGATGGACTGGCGGTCGCATTCCGGACTTGGAGACGGCTCAACCGTTAATGCCGACCTCACCGGCGGTTACTACGACGCCGGCGACAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

508 aa · LXL04_009802|LXL04_009802|OH1004|PROTEIN

MKPVALHFLFPFLLQFSLLILRFSLCNSSYLNYGEALSKSILFFEGQRSGFLPNDQRMDWRSHSGLGDGSTVNADLTGGYYDAGDNVKFGFPMAFTTTMLAWSVIEFGEVMPAAELRNALVAIRWSTDYLLKTVAQPDRIVVQVGEPMNDHNCWERPEDMDTARTVYTVSAPNPASDVAGETAAALAASSMAFRSSDPGYSDTLLRTATKVFDFADTYRGAYSDNADIREGACPYYCDFDGYQASIYFISFFKSWLRRAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009802`
TK1151 ID	TkA03G473790
OH-1004 ID	LXL04_009802
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.279 / OH-1004 81.890 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009802

位置 Chr02:133878722-133881935 (+)

描述 Similar to At4g39010: Endoglucanase 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39010`	内切葡聚糖酶24。	暂无已核实直接文献
`At1g70710`	细胞壁纤维素形成所需。	Abnormal 'wrinkled' cell walls and retarded development of transgenic Arabidopsis thaliana plants expressing endo-1,4-beta-glucanase (cell) antisense.2003 · DOI: 10.1023/a:1021162321527
`At1g23210`	内葡聚糖酶4。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0530200`	内葡聚糖酶23。	暂无已核实直接文献
`Os06g0256900`	内β-1,4-葡聚糖酶17。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009802 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程

GO:0030245 cellulose catabolic process 生物过程

GO:0042547 cell wall modification involved in multidimensional cell growth 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:1990059 fruit valve development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008810 cellulase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23210

ath:AT1G70710

ath:AT4G39010

dosa:Os06g0256900

dosa:Os09g0530200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.406

排名 1 · LXL04_009802 · OH-1004

细胞外0.289

排名 2 · LXL04_009802 · OH-1004

溶酶体／液泡0.115

排名 3 · LXL04_009802 · OH-1004

细胞质0.101

排名 4 · LXL04_009802 · OH-1004

内质网0.091

排名 5 · LXL04_009802 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00759.26Glyco_hydro_933-498 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009802	`PF00759.26`	Glyco_hydro_9	33	498	7.4e-147	490.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YQ7`	拟南芥	Endoglucanase 24	70.526%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAC1`	拟南芥	Endoglucanase 8	56.627%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49296`	拟南芥	Endoglucanase 4	57.082%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69NF5`	水稻	Endoglucanase 23	65.828%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q652F9`	水稻	Endoglucanase 17	56.823%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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