LXL04_008157 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008157

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 89916288-89922871 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

780 bp · LXL04_008157|LXL04_008157|OH1004|cDNA

ATGCGAAAATCGTGGTGTTTTAGACAAGTAGAAGCGCCCATGACAGAAGACCAGTTAAGGGCTATGCTCAAAAAGTTTGACACGAACGGAGACGGCAAGATCAGTAGGAAGGAGCTGAGGGTTGGACTGAGGAGCCTTGGCGTACGTTTTACATTTTTTAGAGCTATAAGTGCACTGCGCCATGCTGATATAAATGGAGACGGTGTTATCAACGATGATGAGATAAACGTGCTTGCAAAATATGTTTCCAAGTCACTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · LXL04_008157|LXL04_008157|OH1004|CDS

ATGCGAAAATCGTGGTGTTTTAGACAAGTAGAAGCGCCCATGACAGAAGACCAGTTAAGGGCTATGCTCAAAAAGTTTGACACGAACGGAGACGGCAAGATCAGTAGGAAGGAGCTGAGGGTTGGACTGAGGAGCCTTGGCGTACGTTTTACATTTTTTAGAGCTATAAGTGCACTGCGCCATGCTGATATAAATGGAGACGGTGTTATCAACGATGATGAGATAAACGTGCTTGCAAAATATGTTTCCAAGTCACTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · LXL04_008157|LXL04_008157|OH1004|PROTEIN

MRKSWCFRQVEAPMTEDQLRAMLKKFDTNGDGKISRKELRVGLRSLGVRFTFFRAISALRHADINGDGVINDDEINVLAKYVSKSLLIDDASSKMFLLNLSNRQLPAIEIGTDIRRTVQVRRLNLSSSPDSSVPSSPGLRWAYSSRTQISLKSIGFVDIDEFGALYKSIMDDRDHEEDVMEAFNVFDQNRDGFITVEELRSVLESLGLKQGRKADEILVCAFFSQTRSHEKLRPSQTCGPSLTSTIRYQTLGPKTESVV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008157`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008157

位置 Chr02:89916288-89922871 (-)

描述 Similar to CML3: Calmodulin-like protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07490`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g05990`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At2g43290`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At4g03290`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0228800`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008157 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05990

ath:AT2G43290

ath:AT3G07490

dosa:Os12g0228800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.349

排名 1 · LXL04_008157 · OH-1004

细胞核0.316

排名 2 · LXL04_008157 · OH-1004

细胞膜0.157

排名 3 · LXL04_008157 · OH-1004

线粒体0.123

排名 4 · LXL04_008157 · OH-1004

内质网0.119

排名 5 · LXL04_008157 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_79-39 aa

PF13833.13EF-hand_814-41 aa

PF13405.13EF-hand_618-47 aa

PF00036.39EF-hand_119-46 aa

PF13202.13EF-hand_519-40 aa

PF13499.13EF-hand_7176-211 aa

PF00036.39EF-hand_1179-205 aa

PF13405.13EF-hand_6179-207 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008157	`PF13499.13`	EF-hand_7	9	39	2.1e-18	67.2
LXL04_008157	`PF13833.13`	EF-hand_8	14	41	1.7e-14	54.0
LXL04_008157	`PF13405.13`	EF-hand_6	18	47	2.3e-22	77.2
LXL04_008157	`PF00036.39`	EF-hand_1	19	46	1.7e-23	81.0
LXL04_008157	`PF13202.13`	EF-hand_5	19	40	1.9e-21	75.2
LXL04_008157	`PF13499.13`	EF-hand_7	176	211	2.1e-18	67.2
LXL04_008157	`PF00036.39`	EF-hand_1	179	205	1.7e-23	81.0
LXL04_008157	`PF13405.13`	EF-hand_6	179	207	2.3e-22	77.2
LXL04_008157	`PF13202.13`	EF-hand_5	181	202	1.9e-21	75.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRR7`	拟南芥	Calmodulin-like protein 3	75.385%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LNE7`	拟南芥	Calmodulin-like protein 7	65.714%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O22845`	拟南芥	Calmodulin-like protein 5	57.534%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZR02`	拟南芥	Calmodulin-like protein 6	55.556%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QVI1`	水稻	Probable calcium-binding protein CML28	46.809%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情