LXL04_006793 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006793

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 25249106-25251414 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1266 bp · LXL04_006793|LXL04_006793|OH1004|cDNA

ATGGCAGCCAAGGCAATGTATCTTTCCGTCACTAATCAGTCCTTATTCTCAACTCCTGCAACTATAAAACCACTACAAGTTAGATCATTCACTGTGAGATGCTCCACGGGTGCTACAGCTACTGCTCCTTGGAAGCTTGCAGATGCTAGACTTGTGCTTGAAGATGGATCCATTTGGAAAGCCAAATCATTTGGTGCTTCTGGGACTCAAGTTGGTGAAGTTGTATTTAACACTTCATTAACAGGGTACCAAGAAATTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · LXL04_006793|LXL04_006793|OH1004|CDS

ATGGCAGCCAAGGCAATGTATCTTTCCGTCACTAATCAGTCCTTATTCTCAACTCCTGCAACTATAAAACCACTACAAGTTAGATCATTCACTGTGAGATGCTCCACGGGTGCTACAGCTACTGCTCCTTGGAAGCTTGCAGATGCTAGACTTGTGCTTGAAGATGGATCCATTTGGAAAGCCAAATCATTTGGTGCTTCTGGGACTCAAGTTGGTGAAGTTGTATTTAACACTTCATTAACAGGGTACCAAGAAATTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · LXL04_006793|LXL04_006793|OH1004|PROTEIN

MAAKAMYLSVTNQSLFSTPATIKPLQVRSFTVRCSTGATATAPWKLADARLVLEDGSIWKAKSFGASGTQVGEVVFNTSLTGYQEILTDPSYAGQFVLMTNPHIGNTGVNIDDEESVKCFLAGLVIRSLSISTSNWRCTESLSDYLSKRNIMGIYDVDTRAITRRLREDGSLIGVLSTEKSKTDEELLEMSRNWDIVGVDLISSVSCKKPYEWAGKTDMEWDFNSNRRNSESFHVVAYDFGIKHNILRRLASYGCKITVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006793`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006793

位置 Chr02:25249106-25251414 (+)

描述 Similar to CARA: Carbamoyl-phosphate synthase small chain, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27740`	精氨酸特异性氨甲酰磷酸合酶（CPSase）小亚基。	Analysis of ven3 and ven6 reticulate mutants reveals the importance of arginine biosynthesis in Arabidopsis leaf development.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04425.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0708100`	精氨酸特异性氨甲酰磷酸合酶（CPSase）小亚基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006793 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006207 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process 生物过程

GO:0006526 L-arginine biosynthetic process 生物过程

GO:0006541 glutamine metabolic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0044205 'de novo' UMP biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005951 carbamoyl-phosphate synthase complex 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004088 carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity 分子功能

GO:0004359 glutaminase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:alr1155

ath:AT3G27740

dosa:Os02g0708100

syc:syc1970_d

syn:sll1498

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.953

排名 1 · LXL04_006793 · OH-1004

线粒体0.071

排名 2 · LXL04_006793 · OH-1004

细胞质0.029

排名 3 · LXL04_006793 · OH-1004

细胞核0.022

排名 4 · LXL04_006793 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 5 · LXL04_006793 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00988.29CPSase_sm_chain51-175 aa

PF00117.35GATase237-411 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006793	`PF00988.29`	CPSase_sm_chain	51	175	9.6e-50	168.3
LXL04_006793	`PF00117.35`	GATase	237	411	4.4e-54	183.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVW7`	拟南芥	Carbamoyl phosphate synthase small chain, chloroplastic	76.559%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YV23`	水稻	Carbamoyl phosphate synthase small chain, chloroplastic	80.319%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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