基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_006696
当前版本: OH-1004
染色体: Chr02
坐标: 22476346-22477407
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA597 bp · LXL04_006696|LXL04_006696|OH1004|cDNA
ATGCATAATTCAAAATGTGATATCATTCTGACCCCACACACACAAGATGTCCCCATCTCACCATTAATATTTAGTCTCTCTAATCCTATACACCCTAAACACACACATACGGGGACATCCATGGATGTGTATATAGTCTTGCAAGAAGCAGGGATTGCCAAATACGTTATGTatttatgttttgttttatGTTCCATTCAAAACACCGTGCTATATCTTTTTCGTTTCACGGGCATCTTTGAGTCGGATGATACCTGGCA...
CDS
下载 CDS FASTA597 bp · LXL04_006696|LXL04_006696|OH1004|CDS
ATGCATAATTCAAAATGTGATATCATTCTGACCCCACACACACAAGATGTCCCCATCTCACCATTAATATTTAGTCTCTCTAATCCTATACACCCTAAACACACACATACGGGGACATCCATGGATGTGTATATAGTCTTGCAAGAAGCAGGGATTGCCAAATACGTTATGTATTTATGTTTTGTTTTATGTTCCATTCAAAACACCGTGCTATATCTTTTTCGTTTCACGGGCATCTTTGAGTCGGATGATACCTGGCA...
198 aa · LXL04_006696|LXL04_006696|OH1004|PROTEIN
MHNSKCDIILTPHTQDVPISPLIFSLSNPIHPKHTHTGTSMDVYIVLQEAGIAKYVMYLCFVLCSIQNTVLYLFRFTGIFESDDTWHHNHQDQSDGPPLSAVVTREFLVVTNYTDIHRMDLPESCAVCLDEFGRDDKTRCLKNCMHIFHQGCLDSWMDHAHDTCPICRTPLLPNAYQNEYKKRFKVVTFGLTPIQGRI
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_006696 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_006696 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr02:22476346-22477407 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程 GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010200 response to chitin 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程 GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程 GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程 GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G23980 ath:AT2G01150 ath:AT3G61460 ath:AT4G11360 ath:AT4G11370 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.288
溶酶体／液泡0.282
细胞质0.234
细胞膜0.210
高尔基体0.179
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13639.13zf-RING_2124-168 aaPF17123.12zf-RING_11125-153 aaPF14634.13zf-RING_5125-169 aaPF00097.32zf-C3HC4125-167 aaPF13923.13zf-C3HC4_2125-167 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_006696 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 124 | 168 | 3.9e-12 | 47.0 |
| LXL04_006696 | PF17123.12 | zf-RING_11 | 125 | 153 | 1.5e-07 | 31.7 |
| LXL04_006696 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 125 | 169 | 8e-07 | 29.7 |
| LXL04_006696 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 125 | 167 | 3.5e-06 | 27.5 |
| LXL04_006696 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 125 | 167 | 4.1e-06 | 27.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9XF92 | 拟南芥 | Brassinosteroid-responsive RING protein 1 | 38.926% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9SUS5 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B | 33.813% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q8GW38 | 拟南芥 | RING-H2 finger protein ATL47 | 47.059% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SUS4 | 拟南芥 | Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A | 31.579% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9ZU51 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B | 33.333% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |