LXL04_006326 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006326

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 6989442-6995321 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2283 bp · LXL04_006326|LXL04_006326|OH1004|cDNA

ATGATACTATCTGCTCTTTTGACTTCTGTCGGAATAAACTTTGGCTTATGTTTATTATTCTTCACTCTATACTCCATATTAAGGAAGCAACCAATCAATGCTGATGTTTATGCACCACGGATAGTTGCTGAAGGAAAAAATGATCAAAGTAGTGATTTCAATTTGGAAAGGCTACTGCCTTCTACCAGTTGGGTTTCAAGGGCATGGAATCCCTCAGAAGATGAACTTCTCATGTGTGCAGGTTTAGATGGAGTTGTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2283 bp · LXL04_006326|LXL04_006326|OH1004|CDS

ATGATACTATCTGCTCTTTTGACTTCTGTCGGAATAAACTTTGGCTTATGTTTATTATTCTTCACTCTATACTCCATATTAAGGAAGCAACCAATCAATGCTGATGTTTATGCACCACGGATAGTTGCTGAAGGAAAAAATGATCAAAGTAGTGATTTCAATTTGGAAAGGCTACTGCCTTCTACCAGTTGGGTTTCAAGGGCATGGAATCCCTCAGAAGATGAACTTCTCATGTGTGCAGGTTTAGATGGAGTTGTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

760 aa · LXL04_006326|LXL04_006326|OH1004|PROTEIN

MILSALLTSVGINFGLCLLFFTLYSILRKQPINADVYAPRIVAEGKNDQSSDFNLERLLPSTSWVSRAWNPSEDELLMCAGLDGVVFMRIFTFSLKVFSFAGVVGLCALLPINYMGSQIFIDFSDFTNKSLESFSISNVNDGSQRLWIHFGAVYAFTAFVCYLLYVEYNSISLKRLAFYSSSTPKPNEFTVLVRGIPKSPTDTLSETVEKFFSEYYPSVYLSHYMVYHTSKIWKIMNEADKICKRLAYLKSTKERSQRFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006326`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006326

位置 Chr02:6989442-6995321 (+)

描述 Similar to HYP1: CSC1-like protein HYP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01100`	作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。	暂无已核实直接文献
`At1g69450`	作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。	暂无已核实直接文献
`At1g58520`	作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。	暂无已核实直接文献
`At1g10090`	作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。	暂无已核实直接文献
`At4g22120`	作为渗透敏感的钙渗透性阳离子通道。	OSCA/TMEM63 are an Evolutionarily Conserved Family of Mechanically Activated Ion Channels.2018 · DOI: 10.7554/elife.41844 Structure-guided mutagenesis of OSCAs reveals differential activation to mechanical stimuli.2024 · DOI: 10.7554/elife.93147

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006326 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程

GO:0007231 osmosensory signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005227 calcium-activated cation channel activity 分子功能

GO:0008381 mechanosensitive monoatomic ion channel activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10090

ath:AT1G58520

ath:AT1G69450

ath:AT3G01100

ath:AT4G22120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.456

排名 1 · LXL04_006326 · OH-1004

溶酶体／液泡0.231

排名 2 · LXL04_006326 · OH-1004

细胞质0.162

排名 3 · LXL04_006326 · OH-1004

内质网0.151

排名 4 · LXL04_006326 · OH-1004

高尔基体0.094

排名 5 · LXL04_006326 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13967.12RSN1_TM5-166 aa

PF14703.13PHM7_cyt189-343 aa

PF02714.21RSN1_7TM357-585 aa

PF02714.21RSN1_7TM631-668 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006326	`PF13967.12`	RSN1_TM	5	166	1.3e-38	132.8
LXL04_006326	`PF14703.13`	PHM7_cyt	189	343	1e-39	137.3
LXL04_006326	`PF02714.21`	RSN1_7TM	357	585	9e-68	229.3
LXL04_006326	`PF02714.21`	RSN1_7TM	631	668	9e-68	229.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUH7`	拟南芥	Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 2.3	57.507%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4I248`	拟南芥	Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 2.4	49.541%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IBD7`	拟南芥	Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 2.1	40.741%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94A87`	拟南芥	Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 2.2	40.650%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5XEZ5`	拟南芥	Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.2	32.546%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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