LXL04_005996 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005996

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 176741820-176748945 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1950 bp · LXL04_005996|LXL04_005996|OH1004|cDNA

ATGGAGAAGGCAGGCGCCGACATGGAGGATGGCGATGGATGCAAGCAGCAGAGAAAAACGGAGGTTGAAGCAGCATCGACTGAAGTTTGGTTGTCGATTGTGGTGTTGGTGACCGATGTAGTTGGCAACCATATTTGTGGTTTTCGGTTGATATTCACCGTTCTACTTCCACAATCACGTCGCGCAACCGCGAGAAAAGATGGTCCTGGCGGAACAGGAAAAACATATTTGTACAAAGCATTACTAGCTAATGTTCGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1950 bp · LXL04_005996|LXL04_005996|OH1004|CDS

ATGGAGAAGGCAGGCGCCGACATGGAGGATGGCGATGGATGCAAGCAGCAGAGAAAAACGGAGGTTGAAGCAGCATCGACTGAAGTTTGGTTGTCGATTGTGGTGTTGGTGACCGATGTAGTTGGCAACCATATTTGTGGTTTTCGGTTGATATTCACCGTTCTACTTCCACAATCACGTCGCGCAACCGCGAGAAAAGATGGTCCTGGCGGAACAGGAAAAACATATTTGTACAAAGCATTACTAGCTAATGTTCGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

649 aa · LXL04_005996|LXL04_005996|OH1004|PROTEIN

MEKAGADMEDGDGCKQQRKTEVEAASTEVWLSIVVLVTDVVGNHICGFRLIFTVLLPQSRRATARKDGPGGTGKTYLYKALLANVRKCGHIALATASSGVAANNMPGGRTAHSRFKIPLNLENNSACNVKKQSGTAQLLRIAKLIIWDEASMAKRQAVEAFDRTMQDIIGVTLPFGGKIMVMGGDFRQVLPVTDPWFSDFLLRVGDGVEGTEDGSLIRIPDDRVIPYNDNSISLDALIDAIFPTLDVNMSRSDYIISRAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005996`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005996

位置 Chr01:176741820-176748945 (+)

描述 Similar to UEV1D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52560`	本身没有泛素连接酶活性。	Arabidopsis UEV1D promotes Lysine-63-linked polyubiquitination and is involved in DNA damage response.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.051862
`At2g36060`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g70660`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g23260`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005996 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

GO:1902916 positive regulation of protein polyubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23260

ath:AT1G70660

ath:AT2G36060

ath:AT3G52560

xla:734585

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.532

排名 1 · LXL04_005996 · OH-1004

细胞质0.428

排名 2 · LXL04_005996 · OH-1004

线粒体0.065

排名 3 · LXL04_005996 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 4 · LXL04_005996 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_005996 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05970.21PIF167-193 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom303-346 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005996	`PF05970.21`	PIF1	67	193	2.3e-49	168.7
LXL04_005996	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	303	346	5.5e-20	71.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVD7`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1D	70.909%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJ44`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1C	70.909%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAB6`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1B	62.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93YP0`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1A	54.545%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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