LXL04_005907 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005907

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 175556902-175559780 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1629 bp · LXL04_005907|LXL04_005907|OH1004|cDNA

ATGGccgaagaagaaaagaatgaaGAGGTTACATCATCTACAGTAGAAGATCAGGAAATTCTTCGCTCTGATTCCACAGTTTCTCCTTCTGCTGAAGATAAGAATGACGAGATTTGTGACAACTCAACACTAAAGGAAACTGAGGAGAATTGTCACAAGTCAACACCAAAAGAAATTGAGGAGAGTTGTGACAACTCACCACCAAAGGAAATTGAGGAGAATTGTGACAAATCAACACCAAAGGAAATTGAGGAGAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1629 bp · LXL04_005907|LXL04_005907|OH1004|CDS

ATGGCCGAAGAAGAAAAGAATGAAGAGGTTACATCATCTACAGTAGAAGATCAGGAAATTCTTCGCTCTGATTCCACAGTTTCTCCTTCTGCTGAAGATAAGAATGACGAGATTTGTGACAACTCAACACTAAAGGAAACTGAGGAGAATTGTCACAAGTCAACACCAAAAGAAATTGAGGAGAGTTGTGACAACTCACCACCAAAGGAAATTGAGGAGAATTGTGACAAATCAACACCAAAGGAAATTGAGGAGAATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

542 aa · LXL04_005907|LXL04_005907|OH1004|PROTEIN

MAEEEKNEEVTSSTVEDQEILRSDSTVSPSAEDKNDEICDNSTLKETEENCHKSTPKEIEESCDNSPPKEIEENCDKSTPKEIEENCDKSTPNEIEENCDKSTVNEIEEKSESEKASHKAIVASSSSSSFKFGLIDLVTQIDPRSQPLQWCGFLRKLSKVPSASLLAFNPYLPSLPSIKRTKKKPSRKHTLSMPDIPPSIDPNLYCFEPSWTIYSLSDLKDATNNFDHDNLIGEGGYSEVFKGELQDGQIIAVKRLIRGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005907`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005907

位置 Chr01:175556902-175559780 (-)

描述 Similar to RBK2: Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05140`	类受体胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 RBK2。	暂无已核实直接文献
`At5g10520`	受体样胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RBK1。	暂无已核实直接文献
`At5g57670`	可能的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g57670。	暂无已核实直接文献
`At1g68690`	可能参与根生长的负调控。	暂无已核实直接文献
`At2g16750`	促进细胞在赤霉素（GA）信号通路中的增殖，在RGA下游起作用，并可能通过对两个细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子SIM和SMR1的负向调控实现作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005907 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

GO:0071369 cellular response to ethylene stimulus 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68690

ath:AT2G16750

ath:AT3G05140

ath:AT5G10520

ath:AT5G57670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.659

排名 1 · LXL04_005907 · OH-1004

细胞质0.247

排名 2 · LXL04_005907 · OH-1004

细胞核0.224

排名 3 · LXL04_005907 · OH-1004

内质网0.049

排名 4 · LXL04_005907 · OH-1004

高尔基体0.033

排名 5 · LXL04_005907 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase228-488 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr229-491 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005907	`PF00069.32`	Pkinase	228	488	4.3e-43	148.3
LXL04_005907	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	229	491	1.4e-43	149.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXC8`	拟南芥	Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2	52.617%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8H1D6`	拟南芥	Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1	45.739%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5XF57`	拟南芥	Probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g57670	47.115%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SX31`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK9	39.564%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B5X4Z9`	拟南芥	Protein kinase STUNTED	40.830%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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