LXL04_005444 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005444

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 164244274-164248370 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2388 bp · LXL04_005444|LXL04_005444|OH1004|cDNA

ATGACGACGGAGGCTACAACCACCGTTGCACCGCCAGCAGATCCCAATGCCTCCCCTCCTGTCACCATCATTTTAACCACTATTCTCCTCGTCATTTTCTTTATTGGGTTCTTCACAATATACATTTGCAGGTGTTTCATGCAAAATGTTCTTTACACATGGAATAGTCGTCGTAACCAACCCGGGGCACAAATGGGTGGTCCAGGGAACAACGGAGCCACTGGACTCGACCCACATATTATTAAAACTTTCCCTACCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2388 bp · LXL04_005444|LXL04_005444|OH1004|CDS

ATGACGACGGAGGCTACAACCACCGTTGCACCGCCAGCAGATCCCAATGCCTCCCCTCCTGTCACCATCATTTTAACCACTATTCTCCTCGTCATTTTCTTTATTGGGTTCTTCACAATATACATTTGCAGGTGTTTCATGCAAAATGTTCTTTACACATGGAATAGTCGTCGTAACCAACCCGGGGCACAAATGGGTGGTCCAGGGAACAACGGAGCCACTGGACTCGACCCACATATTATTAAAACTTTCCCTACCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

795 aa · LXL04_005444|LXL04_005444|OH1004|PROTEIN

MTTEATTTVAPPADPNASPPVTIILTTILLVIFFIGFFTIYICRCFMQNVLYTWNSRRNQPGAQMGGPGNNGATGLDPHIIKTFPTYIYSDVKKFRRKRYGLECAICLCEFEDDNVLRILTKCYHVFHQDCIDLWLESHKSCPFCRRGLETPLPSPEKSPISQHSTPMHEIHENELLEDTYTVNIGDENEMNNNTDATEENKTEKHVNIDIDRGEVKRTDKFPRSKSTGHSITKNSKTTEDEDKFTLRLPEHIQAKLIHG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005444`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005444

位置 Chr01:164244274-164248370 (-)

描述 Similar to At4g17910: Uncharacterized protein At4g17910

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17910`	未表征蛋白 At4g17910。	暂无已核实直接文献
`At4g17920`	RING-H2 指蛋白 ATL29。	暂无已核实直接文献
`At5g46650`	RING-H2 指蛋白 ATL30。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005444 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006506 GPI anchor biosynthetic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0032216 glucosaminyl-phosphatidylinositol O-acyltransferase activity 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17910

ath:AT4G17920

ath:AT5G46650

ddi:DDB_G0286111

ncr:NCU00913

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.451

排名 1 · LXL04_005444 · OH-1004

高尔基体0.215

排名 2 · LXL04_005444 · OH-1004

细胞膜0.153

排名 3 · LXL04_005444 · OH-1004

细胞质0.144

排名 4 · LXL04_005444 · OH-1004

细胞核0.119

排名 5 · LXL04_005444 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2103-146 aa

PF17123.12zf-RING_11103-132 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2103-145 aa

PF00097.32zf-C3HC4104-145 aa

PF12678.14zf-rbx1107-146 aa

PF12861.14zf-ANAPC11107-149 aa

PF06423.19GWT1347-782 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005444	`PF13639.13`	zf-RING_2	103	146	2.2e-13	50.9
LXL04_005444	`PF17123.12`	zf-RING_11	103	132	2.2e-08	34.4
LXL04_005444	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	103	145	3.2e-08	34.0
LXL04_005444	`PF00097.32`	zf-C3HC4	104	145	1.8e-06	28.4
LXL04_005444	`PF12678.14`	zf-rbx1	107	146	5.5e-09	36.8
LXL04_005444	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	107	149	3.6e-06	27.6
LXL04_005444	`PF06423.19`	GWT1	347	782	1.4e-130	437.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B3H6K1`	拟南芥	Uncharacterized protein At4g17910	56.448%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49691`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL29	42.321%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIR0`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL30	42.484%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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