基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_004676
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 143226099-143232325
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3045 bp · LXL04_004676|LXL04_004676|OH1004|cDNA
ATGATTGCAGAAAAACCAAGTTGGGTTAAACATGAAGGCATGCAAATCTTCACCATTGATATACAGCCTGGGGGGCTTAGATTTGCCACTGGCGGTGGCGATCACAAGGTAAGAATTTGGAACATGAAATACGTTACCAAAGTCTTGCAATTGGATCCAGATAAATCAAAGTTAGAACTTCTTGCTACACTTCGTGATCATTTTGGATCCGTAAATTGTGTCAGATGGGCCAAACATGGCCGATACATTGCATCAGGGTC...
CDS
下载 CDS FASTA3045 bp · LXL04_004676|LXL04_004676|OH1004|CDS
ATGATTGCAGAAAAACCAAGTTGGGTTAAACATGAAGGCATGCAAATCTTCACCATTGATATACAGCCTGGGGGGCTTAGATTTGCCACTGGCGGTGGCGATCACAAGGTAAGAATTTGGAACATGAAATACGTTACCAAAGTCTTGCAATTGGATCCAGATAAATCAAAGTTAGAACTTCTTGCTACACTTCGTGATCATTTTGGATCCGTAAATTGTGTCAGATGGGCCAAACATGGCCGATACATTGCATCAGGGTC...
1014 aa · LXL04_004676|LXL04_004676|OH1004|PROTEIN
MIAEKPSWVKHEGMQIFTIDIQPGGLRFATGGGDHKVRIWNMKYVTKVLQLDPDKSKLELLATLRDHFGSVNCVRWAKHGRYIASGSDDQVIQIHERKPGSGTTEFGSGEAPDVENWKIASTLRGHTADVVDLNWSPDDSTLASGSLDNTIHIWDVTNGICTAVLRGHSSLVKGVTWDPIGSFIASQSDDKTVIIWRTSDWSLAHRTDGHWSKSLGSTFFRRLGWSPCGHFITTTHGFQKPRHSAPVLERGEWTATFDFL...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_004676 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_004676 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:143226099-143232325 (-) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to Os09g0567700: Protein HIRA | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0034728 nucleosome organization 生物过程 GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程 GO:0000417 HIR complex 细胞组分 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0030875 rDNA protrusion 细胞组分 GO:0031491 nucleosome binding 分子功能 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G44530 cnb:CNBH2820 dosa:Os09g0567700 yli:2911845 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.931
细胞质0.126
细胞膜0.027
线粒体0.014
高尔基体0.012
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR111-372 aaPF25173.2Beta-prop_WDR3_1st11-102 aaPF24814.2WD40_Prp1912-95 aaPF25175.2Beta-prop_WDR514-202 aaPF23381.2Beta-prop_IFT122_1st15-51 aaPF23414.2Beta-prop_EML_219-202 aaPF24817.2WD40_WDHD1_1st22-259 aaPF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd29-93 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_004676 | PF24105.2 | Beta-prop_CAF1B_HIR1 | 11 | 372 | 6.9e-57 | 193.9 |
| LXL04_004676 | PF25173.2 | Beta-prop_WDR3_1st | 11 | 102 | 3.2e-33 | 115.7 |
| LXL04_004676 | PF24814.2 | WD40_Prp19 | 12 | 95 | 1.7e-29 | 103.5 |
| LXL04_004676 | PF25175.2 | Beta-prop_WDR5 | 14 | 202 | 1.9e-40 | 139.7 |
| LXL04_004676 | PF23381.2 | Beta-prop_IFT122_1st | 15 | 51 | 8.1e-41 | 140.9 |
| LXL04_004676 | PF23414.2 | Beta-prop_EML_2 | 19 | 202 | 1.7e-24 | 87.4 |
| LXL04_004676 | PF24817.2 | WD40_WDHD1_1st | 22 | 259 | 4.3e-27 | 95.8 |
| LXL04_004676 | PF25047.1 | Beta-prop_TEP1_2nd | 29 | 93 | 2.7e-16 | 60.2 |
| LXL04_004676 | PF23381.2 | Beta-prop_IFT122_1st | 55 | 106 | 8.1e-41 | 140.9 |
| LXL04_004676 | PF24807.2 | WD40_CDC20-Fz | 55 | 267 | 4.8e-31 | 108.9 |
| LXL04_004676 | PF25174.2 | Beta-prop_THOC3 | 56 | 96 | 3.2e-40 | 138.6 |
| LXL04_004676 | PF00400.39 | WD40 | 59 | 94 | 7.8e-37 | 124.9 |
| LXL04_004676 | PF25174.2 | Beta-prop_THOC3 | 68 | 273 | 3.2e-40 | 138.6 |
| LXL04_004676 | PF24797.2 | Beta-prop_WDR35_TULP_N | 70 | 232 | 2.2e-11 | 44.2 |
| LXL04_004676 | PF25391.2 | WD40_Gbeta | 112 | 195 | 6.1e-14 | 52.5 |
| LXL04_004676 | PF24814.2 | WD40_Prp19 | 113 | 200 | 1.7e-29 | 103.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。