LXL04_003431 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003431

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 78925505-78928138 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2634 bp · LXL04_003431|LXL04_003431|OH1004|cDNA

ATGTTTGTCAAGCTTCAGCATTTAGATACCAATTGTATTCCAGTTCTCCATCCACTCAAGACCTCAAAACCCAACATCAATGGCGGAGTTTCACTTCCTCTTCCTTGCCACCGTACTGAAAGAGAATTTGAACAACTCACCAAGAAACACCAAATTCCACCTCAAAAACAATCCGATTTTGACAAAAGAGTTGTTTTTCATACTCCAAAGTCCAACCCAAATGGTTCAGTTGAAACTCCAGGGAGAAAAAAGGGTACAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2634 bp · LXL04_003431|LXL04_003431|OH1004|CDS

ATGTTTGTCAAGCTTCAGCATTTAGATACCAATTGTATTCCAGTTCTCCATCCACTCAAGACCTCAAAACCCAACATCAATGGCGGAGTTTCACTTCCTCTTCCTTGCCACCGTACTGAAAGAGAATTTGAACAACTCACCAAGAAACACCAAATTCCACCTCAAAAACAATCCGATTTTGACAAAAGAGTTGTTTTTCATACTCCAAAGTCCAACCCAAATGGTTCAGTTGAAACTCCAGGGAGAAAAAAGGGTACAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

877 aa · LXL04_003431|LXL04_003431|OH1004|PROTEIN

MFVKLQHLDTNCIPVLHPLKTSKPNINGGVSLPLPCHRTEREFEQLTKKHQIPPQKQSDFDKRVVFHTPKSNPNGSVETPGRKKGTIEKDRAVKGRIWLRRHTLEKEKSQTNCTTQELNGNEEVKKVHTNCSTKVVPENGVVKKGHTKCSSKWARYGGCIPAILDTLERVTHLDEAFKPWELSLSNKERTIILKEQKSWQRAMEIFNWFKKKGCYELNVIHYNIMIRILGKAQRWEELEILLEEMQKIKIESINSTYGTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003431`
TK1151 ID	TkA01G360820
OH-1004 ID	LXL04_003431
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003431

位置 Chr01:78925505-78928138 (-)

描述 Similar to At3g23020: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23020

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23020`	含五聚肽重复的蛋白 At3g23020。	暂无已核实直接文献
`At1g73710`	含有五肽重复序列的蛋白 At1g73710。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At2g02150`	推定含五聚重复序列蛋白 At2g02150。	暂无已核实直接文献
`At3g06920`	含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003431 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010343 singlet oxygen-mediated programmed cell death 生物过程

GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73710

ath:AT3G23020

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.709

排名 1 · LXL04_003431 · OH-1004

质体0.182

排名 2 · LXL04_003431 · OH-1004

细胞核0.074

排名 3 · LXL04_003431 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_003431 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_003431 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long197-308 aa

PF13041.13PPR_2218-265 aa

PF13041.13PPR_2256-298 aa

PF29070.1MSC6_N329-430 aa

PF17177.11PPR_long329-416 aa

PF13812.13PPR_3330-382 aa

PF23276.3TPR_24330-430 aa

PF12854.14PPR_1331-361 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003431	`PF17177.11`	PPR_long	197	308	3e-31	109.2
LXL04_003431	`PF13041.13`	PPR_2	218	265	1.5e-92	304.2
LXL04_003431	`PF13041.13`	PPR_2	256	298	1.5e-92	304.2
LXL04_003431	`PF29070.1`	MSC6_N	329	430	3.5e-34	119.2
LXL04_003431	`PF17177.11`	PPR_long	329	416	3e-31	109.2
LXL04_003431	`PF13812.13`	PPR_3	330	382	2.8e-48	162.6
LXL04_003431	`PF23276.3`	TPR_24	330	430	1.8e-38	132.1
LXL04_003431	`PF12854.14`	PPR_1	331	361	2.9e-52	174.8
LXL04_003431	`PF13041.13`	PPR_2	335	380	1.5e-92	304.2
LXL04_003431	`PF01535.27`	PPR	336	366	4.6e-80	259.2
LXL04_003431	`PF12854.14`	PPR_1	364	397	2.9e-52	174.8
LXL04_003431	`PF13041.13`	PPR_2	368	414	1.5e-92	304.2
LXL04_003431	`PF01535.27`	PPR	371	401	4.6e-80	259.2
LXL04_003431	`PF13041.13`	PPR_2	403	450	1.5e-92	304.2
LXL04_003431	`PF29070.1`	MSC6_N	425	600	3.5e-34	119.2
LXL04_003431	`PF13041.13`	PPR_2	438	481	1.5e-92	304.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LS88`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23020	58.503%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9U0`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g73710	37.451%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	26.062%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C894`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02150	23.983%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M907`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920	23.214%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情