LXL04_002526 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002526

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 50859632-50861636 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

627 bp · LXL04_002526|LXL04_002526|OH1004|cDNA

ATGAGTGCTTCAAAGTTCATAAAATGTGTTTGTGTTGGCGATGGAGCCGTCGGCAAGACTTGTATGCTCATTTGTTATACCAGTAACAAGTTCCCCACTGATTATATTCCAACGGTATTTGACAATTTCAGTGCGAATGTAGCTGTGGATGGAAGTATAGTGAACTTGGGACTCTGGGATACTGCTGGTCAAGAAGATTACAGCAGATTAAGGCCACTAAGCTATAGAGGTGCAGACATTTTTGTGTTGGCCTTTTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

627 bp · LXL04_002526|LXL04_002526|OH1004|CDS

ATGAGTGCTTCAAAGTTCATAAAATGTGTTTGTGTTGGCGATGGAGCCGTCGGCAAGACTTGTATGCTCATTTGTTATACCAGTAACAAGTTCCCCACTGATTATATTCCAACGGTATTTGACAATTTCAGTGCGAATGTAGCTGTGGATGGAAGTATAGTGAACTTGGGACTCTGGGATACTGCTGGTCAAGAAGATTACAGCAGATTAAGGCCACTAAGCTATAGAGGTGCAGACATTTTTGTGTTGGCCTTTTCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

208 aa · LXL04_002526|LXL04_002526|OH1004|PROTEIN

MSASKFIKCVCVGDGAVGKTCMLICYTSNKFPTDYIPTVFDNFSANVAVDGSIVNLGLWDTAGQEDYSRLRPLSYRGADIFVLAFSLISRASYENVLKKWMPELRRFAPDVPVVLVGTKLDLRDDKGYLADHSGFDPITYAQGEELRKQIGAVAYVECSSKTQQNIKAVFDTSIKVVLQPPRRMEVTTRHKRRKSSGCLGIVCGSCAA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002526`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002526

位置 Chr01:50859632-50861636 (+)

描述 Similar to ARAC7: Rac-like GTP-binding protein ARAC7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28950`	充当脱落酸（ABA）反应的负调节因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0513800`	非活性 GDP 结合 Rho GTP 酶驻留在细胞质中，存在于与 Rho GDP 解离抑制剂 (Rho GDI) 的复合物中，并从 GDI 蛋白中释放出来，以便在激活后易位到膜上。	暂无已核实直接文献
`Os01g0229400`	小GTP酶，在疾病抗性信号传导途径中起一般作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0742200`	非活性 GDP 结合 Rho GTP 酶驻留在细胞质中，存在于与 Rho GDP 解离抑制剂 (Rho GDI) 的复合物中，并从 GDI 蛋白中释放出来，以便在激活后易位到膜上。	暂无已核实直接文献
`Os06g0234200`	非活性 GDP 结合 Rho GTP 酶驻留在细胞质中，存在于与 Rho GDP 解离抑制剂 (Rho GDI) 的复合物中，并从 GDI 蛋白中释放出来，以便在激活后易位到膜上。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002526 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007264 small GTPase-mediated signal transduction 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0030865 cortical cytoskeleton organization 生物过程

GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G28950

dosa:Os01g0229400

dosa:Os02g0742200

dosa:Os05g0513800

dosa:Os06g0234200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.557

排名 1 · LXL04_002526 · OH-1004

细胞质0.369

排名 2 · LXL04_002526 · OH-1004

细胞核0.120

排名 3 · LXL04_002526 · OH-1004

高尔基体0.114

排名 4 · LXL04_002526 · OH-1004

内质网0.068

排名 5 · LXL04_002526 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071.29Ras8-177 aa

PF08477.20Roc8-121 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002526	`PF00071.29`	Ras	8	177	4.3e-49	166.9
LXL04_002526	`PF08477.20`	Roc	8	121	5.8e-23	82.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82480`	拟南芥	Rac-like GTP-binding protein ARAC7	85.714%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q68Y52`	水稻	Rac-like GTP-binding protein 2	84.058%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SSX0`	水稻	Rac-like GTP-binding protein 1	82.143%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z808`	水稻	Rac-like GTP-binding protein 3	73.892%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67VP4`	水稻	Rac-like GTP-binding protein 4	81.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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