LXL04_002161 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002161

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 42964624-42968015 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1044 bp · LXL04_002161|LXL04_002161|OH1004|cDNA

ATGTTGATCCTGGCAAGAGGGGCGAATTACAGTTACAATTACGCGGCCATGGCAGCAAGCTTTTGCCCCGCAATCCCCCACCACTTCAAACCAACACCCATATCCAGATTTCCCAAAGTCTCTTTCTCCTTTAAAGTGTTCTCTTCTCAAACCTCCGCAGATGAAAACCCTACGCGTGTGGGATTTCTTGGTCTTGGAATCATGGGTTCCCCAATGGCTCAGAATTTGATAAAAGCCGGATGCGATGTGACTGTTTGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1044 bp · LXL04_002161|LXL04_002161|OH1004|CDS

ATGTTGATCCTGGCAAGAGGGGCGAATTACAGTTACAATTACGCGGCCATGGCAGCAAGCTTTTGCCCCGCAATCCCCCACCACTTCAAACCAACACCCATATCCAGATTTCCCAAAGTCTCTTTCTCCTTTAAAGTGTTCTCTTCTCAAACCTCCGCAGATGAAAACCCTACGCGTGTGGGATTTCTTGGTCTTGGAATCATGGGTTCCCCAATGGCTCAGAATTTGATAAAAGCCGGATGCGATGTGACTGTTTGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

347 aa · LXL04_002161|LXL04_002161|OH1004|PROTEIN

MLILARGANYSYNYAAMAASFCPAIPHHFKPTPISRFPKVSFSFKVFSSQTSADENPTRVGFLGLGIMGSPMAQNLIKAGCDVTVWNRTKSKCDPLIDLGAKYKPSPGEVAASCDVTFAMLADPESAMDVACGEYGAASGMSQGKGYVDISTVDGPTSKLINGQIKETGALFLEAPVSGSKKPAEDGQLIFLTAGDKILYDKVSPYLDIMGKSRFYLGDVGNGAAMKLVVNMIMGSMMTSFAEGLLLGEKVGLDPTVIVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002161`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002161

位置 Chr01:42964624-42968015 (+)

描述 Similar to GLYR2: Glyoxylate/succinic semialdehyde reductase 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17650`	在体外催化NADPH依赖的乙醛酸还原为乙醇酸以及琥珀半醛（SSA）转化为γ-羟基丁酸。	暂无已核实直接文献
`At3g25530`	在体外催化NADPH依赖的乙醛酸还原为乙醇酸以及琥珀半醛（SSA）转化为γ-羟基丁酸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002161 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0140673 transcription elongation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0000786 nucleosome 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17650

ath:AT3G25530

bta:539636

gga:426988

rno:360477

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.970

排名 1 · LXL04_002161 · OH-1004

线粒体0.055

排名 2 · LXL04_002161 · OH-1004

细胞质0.031

排名 3 · LXL04_002161 · OH-1004

过氧化物酶体0.025

排名 4 · LXL04_002161 · OH-1004

细胞核0.016

排名 5 · LXL04_002161 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03446.22NAD_binding_259-218 aa

PF14833.12NAD_binding_11221-340 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002161	`PF03446.22`	NAD_binding_2	59	218	3.5e-43	148.2
LXL04_002161	`PF14833.12`	NAD_binding_11	221	340	1.4e-28	100.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I907`	拟南芥	Glyoxylate/succinic semialdehyde reductase 2, chloroplastic	77.108%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSV0`	拟南芥	Glyoxylate/succinic semialdehyde reductase 1	58.451%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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