LXL04_000635 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000635

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 11571087-11574780 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2652 bp · LXL04_000635|LXL04_000635|OH1004|cDNA

ATGGCTGCCGACATCAGAACACTAATGATTTTCGAGCAATCAAGAAAACGCCAGAGACTCAGCCATGCTCCGAAGCTTCTTCCTAACGAACAAGTCGAAGTACGAAGTGTTGAAGAGGGCCTCCAGGGTTCATGGCATGAAGGCACAGTGATCGAATTTCAACGACAGATTCGTGTGGTGAAATACCACCATCTCTTAAACGACAACACTTCAGAGAACCTTATCGAATCTATCCAAGTTCTATTTGCAGTCGATGGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2652 bp · LXL04_000635|LXL04_000635|OH1004|CDS

ATGGCTGCCGACATCAGAACACTAATGATTTTCGAGCAATCAAGAAAACGCCAGAGACTCAGCCATGCTCCGAAGCTTCTTCCTAACGAACAAGTCGAAGTACGAAGTGTTGAAGAGGGCCTCCAGGGTTCATGGCATGAAGGCACAGTGATCGAATTTCAACGACAGATTCGTGTGGTGAAATACCACCATCTCTTAAACGACAACACTTCAGAGAACCTTATCGAATCTATCCAAGTTCTATTTGCAGTCGATGGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

883 aa · LXL04_000635|LXL04_000635|OH1004|PROTEIN

MAADIRTLMIFEQSRKRQRLSHAPKLLPNEQVEVRSVEEGLQGSWHEGTVIEFQRQIRVVKYHHLLNDNTSENLIESIQVLFAVDGNIPTNWRSSDFPNYRGKIRPVPPHFKFHKSRLHYGQCVDVFHEDAWWEGVVFDHNDDSDERLIFFPDIGDELRVNFENLRVTQDWDAASDEWKIRGDWVFLEVIEELKTERPILVSVKQIWYELRMTKCFLKEMKEWTCPVKKSWKETVKEVMVDNFKLTMADFFHKFSEDLEH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000635`
TK1151 ID	TkA01G598270
OH-1004 ID	LXL04_000635
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.070 / OH-1004 91.053 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000635

位置 Chr01:11571087-11574780 (+)

描述 Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14980`	组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。	A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416 Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109 Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000635 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0015671 oxygen transport 生物过程

GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0072553 terminal button organization 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:2000736 regulation of stem cell differentiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14980

hsa:1108

mmu:107932

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.908

排名 1 · LXL04_000635 · OH-1004

细胞质0.137

排名 2 · LXL04_000635 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 3 · LXL04_000635 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_000635 · OH-1004

质体0.016

排名 5 · LXL04_000635 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05641.19Agenet30-109 aa

PF22970.3DUF7028284-363 aa

PF16135.11TDBD464-514 aa

PF23011.3PHD-1st_NSD539-582 aa

PF00628.36PHD543-582 aa

PF23209.2IDM1_C700-838 aa

PF00583.32Acetyltransf_1719-810 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000635	`PF05641.19`	Agenet	30	109	1.9e-13	51.4
LXL04_000635	`PF22970.3`	DUF7028	284	363	2.8e-15	56.7
LXL04_000635	`PF16135.11`	TDBD	464	514	1.6e-19	70.3
LXL04_000635	`PF23011.3`	PHD-1st_NSD	539	582	7.8e-08	33.0
LXL04_000635	`PF00628.36`	PHD	543	582	3.8e-10	40.4
LXL04_000635	`PF23209.2`	IDM1_C	700	838	3e-54	183.7
LXL04_000635	`PF00583.32`	Acetyltransf_1	719	810	9.3e-07	29.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IXE7`	拟南芥	Increased DNA methylation 1	37.019%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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