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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_000523
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 9798854-9800796 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1083 bp · LXL04_000523|LXL04_000523|OH1004|cDNA

ATGGCGGAGTCCGTCACTGACGGCGATGATTACGCCCTCCAGCGTCAACTAGCTCTTGTCGACGTTGTAACGCCCATTTCACATTCCATTTCTAATTCCAATTCTTCTGCGATCACTCCTTTCTCCTCACCGTTTTCCCTTCCTGACGGCTGGTTCGTCCACCAGGTCCCCCGCTCCGATGGCTCTCGCTTCGACAAGTATTACATTGAGTCAGATACTGGGCGTAAATTTCGATCTAGAAGAGAGGTTAAGAGATACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · LXL04_000523|LXL04_000523|OH1004|CDS

ATGGCGGAGTCCGTCACTGACGGCGATGATTACGCCCTCCAGCGTCAACTAGCTCTTGTCGACGTTGTAACGCCCATTTCACATTCCATTTCTAATTCCAATTCTTCTGCGATCACTCCTTTCTCCTCACCGTTTTCCCTTCCTGACGGCTGGTTCGTCCACCAGGTCCCCCGCTCCGATGGCTCTCGCTTCGACAAGTATTACATTGAGTCAGATACTGGGCGTAAATTTCGATCTAGAAGAGAGGTTAAGAGATACTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

360 aa · LXL04_000523|LXL04_000523|OH1004|PROTEIN

MAESVTDGDDYALQRQLALVDVVTPISHSISNSNSSAITPFSSPFSLPDGWFVHQVPRSDGSRFDKYYIESDTGRKFRSRREVKRYLNVEEFKAPRSRPLRLTYRSKNKMDLKMITSGSNYYHDSQSGRKFRSLKKVQRQLTPTKSRAKRLKYLQNHLQSCNSRKKIVSSGKMLGFEEDKNNKYQLVNVTPKSSQSTSPGPFTLPDGWIIEEVPRKNGDHIDRYYYEPGTGQKFRSLIAVQKHLSELDENAPLSLVLEEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_000523
TK1151 IDTkA01G605070
OH-1004 IDLXL04_000523
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_000523
位置Chr01:9798854-9800796 (-)
描述Similar to MBD7: Methyl-CpG-binding domain-containing protein 7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g59800 转录调控因子，可结合启动子中的CpG岛，其中DNA在CpG二核苷酸内的胞嘧啶第5位发生甲基化。
Characterization of Arabidopsis thaliana methyl-CpG-binding domain (MBD) proteins.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01756.x
The three methyl-CpG-binding domains of AtMBD7 control its subnuclear localization and mobility.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m706221200
Methyl-CpG-binding domain protein MBD7 is required for active DNA demethylation in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.252106
The methyl-CpG-binding protein MBD7 facilitates active DNA demethylation to limit DNA hyper-methylation and transcriptional gene silencing.2015 · DOI: 10.1016/j.molcel.2015.01.009
At5g59380 转录调控因子，可结合启动子中的 CpG、CpNpN 和 CpNpG (N 是 A、T 或 C) 岛，不受 DNA 甲基化状态影响。
Characterization of Arabidopsis thaliana methyl-CpG-binding domain (MBD) proteins.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01756.x
Arabidopsis MBD proteins show different binding specificities and nuclear localization.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000019118.56822.a9
Multimegabase silencing in nucleolar dominance involves siRNA-directed DNA methylation and specific methylcytosine-binding proteins.2008 · DOI: 10.1016/j.molcel.2008.11.009
AtMBD6, a methyl CpG binding domain protein, maintains gene silencing in Arabidopsis by interacting with RNA binding proteins.2017 · DOI: 10.1007/s12038-016-9658-1
At3g46580 转录调控因子，可结合启动子中的CpG岛，其中DNA在CpG二核苷酸内的胞嘧啶第5位发生甲基化。
Characterization of Arabidopsis thaliana methyl-CpG-binding domain (MBD) proteins.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01756.x
Methylated DNA-binding proteins from Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.026708
Arabidopsis MBD proteins show different binding specificities and nuclear localization.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000019118.56822.a9

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000523 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0000792 heterochromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005694 chromosome 细胞组分
GO:0005731 nucleolus organizer region 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0010369 chromocenter 细胞组分
GO:0010370 perinucleolar chromocenter 细胞组分
GO:0008327 methyl-CpG binding 分子功能
GO:0019899 enzyme binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G46580
ath:AT5G59380
ath:AT5G59800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966
排名 1 · LXL04_000523 · OH-1004
细胞质0.069
排名 2 · LXL04_000523 · OH-1004
细胞膜0.026
排名 3 · LXL04_000523 · OH-1004
内质网0.018
排名 4 · LXL04_000523 · OH-1004
质体0.014
排名 5 · LXL04_000523 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01429.26MBD46-91 aa
PF01429.26MBD202-246 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_000523PF01429.26MBD46911e-1661.0
LXL04_000523PF01429.26MBD2022461e-1661.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FJF4拟南芥Methyl-CpG-binding domain-containing protein 728.086%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LTJ1拟南芥Methyl-CpG-binding domain-containing protein 628.834%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SNC0拟南芥Methyl-CpG-binding domain-containing protein 527.326%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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