TkAUNG098000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG098000

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 27682659-27685103 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1308 bp · TkAUNG098000|TK1151|cDNA

ATAATAACCAACCATGCAACAAATGCAAACTATAGTCTGTAGAAACGATGCGAATGCAAAAGAAAAAGTCAAGAACCAATACCTTTCGATAAACCATAGAAATCTATGAAGTCGACGTACTCCGTTCGAACGAGAGGCGCTCGCAGCAGCTGAGTTACCGGATAATTGTCGGCTCGTTGTGAACCATGGAGTGTCATACAATAAGCACATCAACACAAGGATTGTTATCAGGTCAATGCAGCAACAAACACATATCATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · TkAUNG098000|TK1151|CDS

ATGGAGTGTCATACAATAAGCACATCAACACAAGGATTGTTATCAGGTCAATGCAGCAACAAACACATATCATGGAATTTATGGCCAAATAGAAGCTCAAGTCTCTCAAATACACATAAATTCCAGTATCTGAAAAATAGTATTCGCTACCCCCACTGGAGAACACTTTGTACACCTACCACTCTTCATGAAGAATTTTCATCAATCCACTCCAAAAAAAACTCAAACAGTGATGAATTGGATCAACCGATTGACAATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

277 aa · TkAUNG098000|TK1151|PROTEIN

MECHTISTSTQGLLSGQCSNKHISWNLWPNRSSSLSNTHKFQYLKNSIRYPHWRTLCTPTTLHEEFSSIHSKKNSNSDELDQPIDNDQLMALLADAERAKLLRKLSEANQHNRYLKRQLLVREDSIAQFKSELAITELEIQGLLNMAKEIVGYGIPGGSRKINGKYIQSLLLLQLQGVQEKLKKQIKEVELAQSKEVWLYWSGMAESVQVMGSFDGWSHGEDLSAEYTGSYTRFSTSIMLRPGRYEIKFLVDGEWVLSPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG098000`
TK1151 ID	TkAUNG098000
OH-1004 ID	LXL04_006972
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.224 / OH-1004 89.691 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG098000

位置 ChrUn:27682659-27685103 (+)

描述 Similar to PTST: Protein PTST, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39790`	参与将GBSS1靶向至淀粉颗粒。	Arabidopsis At5g39790 encodes a chloroplast-localized, carbohydrate-binding, coiled-coil domain-containing putative scaffold protein.2008 · DOI: 10.1186/1471-2229-8-120
`At1g27070`	参与叶绿体中淀粉颗粒的起始。	Homologs of PROTEIN TARGETING TO STARCH Control Starch Granule Initiation in Arabidopsis Leaves.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00222 Two Plastidial Coiled-Coil Proteins Are Essential for Normal Starch Granule Initiation in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00219
`At5g03420`	参与叶绿体中淀粉颗粒的起始。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0686900`	参与复合淀粉颗粒的形成和胚乳中淀粉的合成。	FLOURY ENDOSPERM6 encodes a CBM48 domain-containing protein involved in compound granule formation and starch synthesis in rice endosperm.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12444

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006972 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010581 regulation of starch biosynthetic process 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:2000014 regulation of endosperm development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009569 chloroplast starch grain 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:2001066 amylopectin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27070

ath:AT5G03420

ath:AT5G39790

dosa:Os03g0686900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.973

排名 1 · TkAUNG098000 · TK1151

细胞核0.033

排名 2 · TkAUNG098000 · TK1151

线粒体0.028

排名 3 · TkAUNG098000 · TK1151

细胞质0.023

排名 4 · TkAUNG098000 · TK1151

过氧化物酶体0.015

排名 5 · TkAUNG098000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30854Par-4_C100-136 aa

PF30854Par-4_C174-190 aa

PF16561AMPK1_CBM198-266 aa

PF02922CBM_48198-237 aa

PF16760CBM53205-249 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG098000	`PF30854`	Par-4_C	100	136	1.6	9.6
TkAUNG098000	`PF30854`	Par-4_C	174	190	1.6	9.6
TkAUNG098000	`PF16561`	AMPK1_CBM	198	266	3.5e-15	56.7
TkAUNG098000	`PF02922`	CBM_48	198	237	0.14	13.2
TkAUNG098000	`PF16760`	CBM53	205	249	0.00015	22.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AX2`	拟南芥	sp\|Q94AX2\|PTST_ARATH Protein PTST, chloroplastic	54.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFY0`	拟南芥	sp\|Q9LFY0\|PTST2_ARATH Protein PTST homolog 2, chloroplastic	46.200%	Swiss-Prot	低置信
`F4KFB3`	拟南芥	sp\|F4KFB3\|PTST3_ARATH Protein PTST homolog 3, chloroplastic	40.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q10F03`	水稻	sp\|Q10F03\|FLO6_ORYSJ Protein FLOURY ENDOSPERM 6, chloroplastic	37.300%	Swiss-Prot	低置信

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