TkAUNG097480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG097480

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 27522433-27523964 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

869 bp · TkAUNG097480|TK1151|cDNA

ATACGACGACTATATTGATTGACTTCAAGCCCTCATCTTTCTCTCTCTAAAACCTTTGTACGTGTATTAAACAATTTTCAGAAAATTTTCAATTTTGACTTTTGATTTCTGACGCCTTTCAATTTGATCACTTGGGCACCTTCCTTCTGCCTTCTTTCGATTCGACGGCGAAATTGTCAGAAGAAAAAACCCTAACTCTCCCGGAGCTAGCAAAATTAAGAAAGATAAACCCGTTTTGCATCAATAATTGGTACCACAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

456 bp · TkAUNG097480|TK1151|CDS

ATGATGGCAGGAAGTTGGGATGATAGTCATGAACTTGGTAGCCAATCAGATGACAGCTTTCAATACGAAAGACAACACATAGAGCCTATCTATGATGCATTCCTATGCCCTCTTACAAAACAAATCATGAGAAACCCCGTAACCCTAGAAAATGGTCAAACATTCGAACGTGAAGCCATAGAAAACTGGTTCAATGAATGTAAAGAGAACAACCGAAAGCTCATTTGCCCTTTAACTCTAAAAGAACTTAAAACAACCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

151 aa · TkAUNG097480|TK1151|PROTEIN

MMAGSWDDSHELGSQSDDSFQYERQHIEPIYDAFLCPLTKQIMRNPVTLENGQTFEREAIENWFNECKENNRKLICPLTLKELKTTDMNPSIALRNTIEEWNARNEAVQLDMARKSLNIGCPETDILRALRFVQHLCNKNLSNKHIIRNVI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG097480`
TK1151 ID	TkAUNG097480
OH-1004 ID	LXL04_035767
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	79.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.013 / OH-1004 18.294 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG097480

位置 ChrUn:27522433-27523964 (-)

描述 Similar to PUB43: U-box domain-containing protein 43

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76390`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At1g20780`	充当 E3 泛素蛋白连接酶。	Identification of a novel E3 ubiquitin ligase that is required for suppression of premature senescence in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03846.x
`At1g68940`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g42340`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0657100`	E3 泛素蛋白连接酶，作为油菜素甾醇信号传导的负调节因子。	OsBZR1 turnover mediated by OsSK22-regulated U-box E3 ligase OsPUB24 in rice BR response.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14332

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20780

ath:AT1G76390

ath:AT5G42340

dosa:Os03g0657100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.557

排名 1 · TkAUNG097480 · TK1151

细胞核0.507

排名 2 · TkAUNG097480 · TK1151

细胞膜0.053

排名 3 · TkAUNG097480 · TK1151

线粒体0.052

排名 4 · TkAUNG097480 · TK1151

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · TkAUNG097480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13936HTH_3822-31 aa

PF15906zf-NOSIP28-63 aa

PF04564U-box32-106 aa

PF11789zf-Nse35-78 aa

PF13445zf-RING_UBOX36-77 aa

PF15227zf-C3HC4_436-78 aa

PF06841Phage_T4_gp1940-73 aa

PF13936HTH_3856-68 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG097480	`PF13936`	HTH_38	22	31	0.49	10.9
TkAUNG097480	`PF15906`	zf-NOSIP	28	63	0.02	15.7
TkAUNG097480	`PF04564`	U-box	32	106	4.5e-15	56.3
TkAUNG097480	`PF11789`	zf-Nse	35	78	3.3e-06	27.5
TkAUNG097480	`PF13445`	zf-RING_UBOX	36	77	0.0081	16.9
TkAUNG097480	`PF15227`	zf-C3HC4_4	36	78	0.037	14.8
TkAUNG097480	`PF06841`	Phage_T4_gp19	40	73	0.078	13.5
TkAUNG097480	`PF13936`	HTH_38	56	68	0.49	10.9
TkAUNG097480	`PF11789`	zf-Nse	70	84	3.3e-06	27.5
TkAUNG097480	`PF14328`	DUF4385	89	142	0.099	13.5
TkAUNG097480	`PF13936`	HTH_38	91	107	0.49	10.9
TkAUNG097480	`PF11789`	zf-Nse	110	124	3.3e-06	27.5
TkAUNG097480	`PF13936`	HTH_38	134	146	0.49	10.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFX2`	拟南芥	sp\|Q9SFX2\|PUB43_ARATH U-box domain-containing protein 43	64.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LM76`	拟南芥	sp\|Q9LM76\|PUB44_ARATH U-box domain-containing protein 44	59.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9CAA7`	拟南芥	sp\|Q9CAA7\|PUB42_ARATH Putative U-box domain-containing protein 42	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q681N2`	拟南芥	sp\|Q681N2\|PUB15_ARATH U-box domain-containing protein 15	29.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q10FT0`	水稻	sp\|Q10FT0\|PUB24_ORYSJ U-box domain-containing protein 24	48.500%	Swiss-Prot	中等置信

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