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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG093760
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26526848-26527831 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

984 bp · TkAUNG093760|TK1151|cDNA

ATGGACCAACTAAAGCAAATTCACCTCCAAACCATCGTAACAAGCGTAAACCAAGACCCTTATGTATGTTCCATGATTATCATCTTCTGCTGCACCCCAGATTTGGGCGATATCAACTACGCACGCCAAGTGTTCGACAAAACTCCCCAACCAAAAGTTTTCCTTTGGAACACAATCATCAAGGCCTACTCTCGCACCACCCAAACCCAACATGCCATCTCTATGTACATACAAATGCTAAGAAGCAACGTGAAACCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · TkAUNG093760|TK1151|CDS

ATGGACCAACTAAAGCAAATTCACCTCCAAACCATCGTAACAAGCGTAAACCAAGACCCTTATGTATGTTCCATGATTATCATCTTCTGCTGCACCCCAGATTTGGGCGATATCAACTACGCACGCCAAGTGTTCGACAAAACTCCCCAACCAAAAGTTTTCCTTTGGAACACAATCATCAAGGCCTACTCTCGCACCACCCAAACCCAACATGCCATCTCTATGTACATACAAATGCTAAGAAGCAACGTGAAACCCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

327 aa · TkAUNG093760|TK1151|PROTEIN

MDQLKQIHLQTIVTSVNQDPYVCSMIIIFCCTPDLGDINYARQVFDKTPQPKVFLWNTIIKAYSRTTQTQHAISMYIQMLRSNVKPDHYTFPFLLKGFTQSTGSKIGKAIHSHVYKFRFDSNPAVQTSLIHMYSLYGNINDTRQVFDTCSKTDPIAWNIMIASYNKIKLFNESINIFNKMEEKKVKPTIVTLVSILSACSKLKHINCTNHIHQFIKKTNIDSNLKLNNALIDAYATCHEMETALTVFKHMKVKDVISWTV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG093760
TK1151 IDTkAUNG093760
OH-1004 IDLXL04_002629
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)34.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 80.734 / OH-1004 36.314
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG093760
位置ChrUn:26526848-26527831 (+)
描述Similar to PCMP-E55: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g31430
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g15930 推定的含五聚肽重复的蛋白 At3g15930。 暂无已核实直接文献
At2g01510 含五肽重复序列蛋白 At2g01510，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献
At3g13770 假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002629 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31430
ath:AT2G22410
ath:AT3G15930
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.701
排名 1 · TkAUNG093760 · TK1151
质体0.145
排名 2 · TkAUNG093760 · TK1151
细胞质0.036
排名 3 · TkAUNG093760 · TK1151
细胞核0.034
排名 4 · TkAUNG093760 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkAUNG093760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13716CRAL_TRIO_22-79 aa
PF12854PPR_136-47 aa
PF13812PPR_350-98 aa
PF13041PPR_251-98 aa
PF12854PPR_151-73 aa
PF27584HIR3_helical52-82 aa
PF23276TPR_2453-78 aa
PF01535PPR55-84 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG093760PF13716CRAL_TRIO_22790.1413.2
TkAUNG093760PF12854PPR_136471.5e-1557.3
TkAUNG093760PF13812PPR_350984.1e-2072.3
TkAUNG093760PF13041PPR_251982.4e-45153.1
TkAUNG093760PF12854PPR_151731.5e-1557.3
TkAUNG093760PF27584HIR3_helical52822.4e-0524.2
TkAUNG093760PF23276TPR_2453781.4e-1145.2
TkAUNG093760PF01535PPR55841.6e-32110.2
TkAUNG093760PF23276TPR_2457941.4e-1145.2
TkAUNG093760PF29070MSC6_N571416.1e-1142.7
TkAUNG093760PF17177PPR_long601456.8e-0936.1
TkAUNG093760PF00637Clathrin60740.03114.7
TkAUNG093760PF12854PPR_183981.5e-1557.3
TkAUNG093760PF00637Clathrin1221550.03114.7
TkAUNG093760PF13041PPR_21271472.4e-45153.1
TkAUNG093760PF01535PPR1271471.6e-32110.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LSB8拟南芥sp|Q9LSB8|PP235_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1593044.400%Swiss-Prot中等置信
Q9ZVF4拟南芥sp|Q9ZVF4|PP140_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510, mitochondrial30.100%Swiss-Prot中等置信
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic30.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LIC3拟南芥sp|Q9LIC3|PP227_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial28.700%Swiss-Prot低置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic26.700%Swiss-Prot低置信

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