TkAUNG092410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG092410

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26188292-26191364 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2223 bp · TkAUNG092410|TK1151|cDNA

AATACCCCCATCAAACGATCACTTCGAAGTTCATCGAAGGGCACAATCGTCGTTTTAGTCTTCACCCACCTCAAAATCCCGCCAACACGTTTGTGGTGCGTGGGAAAGATGAAGCTATCTTCCTCAAAACAACACTTTCCTCTGTTTTCTCCTTCTAATGGCACCTCTAAGTTACACTTCACTACCCTCATCAAACCCTCATTTATACATTCTCACCTCCATTTTCCCTATGCACATGCTCTCGACGCTTCTTCCTCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2025 bp · TkAUNG092410|TK1151|CDS

AATACCCCCATCAAACGATCACTTCGAAGTTCATCGAAGGGCACAATCGTCGTTTTAGTCTTCACCCACCTCAAAATCCCGCCAACACGTTTGTGGTGCGTGGGAAAGATGAAGCTATCTTCCTCAAAACAACACTTTCCTCTGTTTTCTCCTTCTAATGGCACCTCTAAGTTACACTTCACTACCCTCATCAAACCCTCATTTATACATTCTCACCTCCATTTTCCCTATGCACATGCTCTCGACGCTTCTTCCTCCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

674 aa · TkAUNG092410|TK1151|PROTEIN

NTPIKRSLRSSSKGTIVVLVFTHLKIPPTRLWCVGKMKLSSSKQHFPLFSPSNGTSKLHFTTLIKPSFIHSHLHFPYAHALDASSSSSAASTPAPVLGQDAIPVELDDTESGEAANQTLDDLLVVRRPVMESTDDGEYGEDDDVESEIDQESSSFTSTSSVIDTNLSNFAMKMPIFEPKRVGSSSTSETPLVVNLDLALYKAKVLARNFRYKEAEEVLQKCISIWPEDGRCYVALGKILGKQSKSNEARAVYEKGCQATQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG092410`
TK1151 ID	TkAUNG092410
OH-1004 ID	LXL04_005405
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.401 / OH-1004 82.571 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG092410

位置 ChrUn:26188292-26191364 (+)

描述 Similar to HCF107: Protein high chlorophyll fluorescent 107

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17040`	直接或间接参与叶绿体编码 mRNA 的加工。	The nucleus-encoded HCF107 gene of Arabidopsis provides a link between intercistronic RNA processing and the accumulation of translation-competent psbH transcripts in chloroplasts.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010090 The nuclear gene HCF107 encodes a membrane-associated R-TPR (RNA tetratricopeptide repeat)-containing protein involved in expression of the plastidial psbH gene in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02409.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005405 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程

GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009657 plastid organization 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G17040

spo:2541185

yli:2907810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.900

排名 1 · TkAUNG092410 · TK1151

细胞核0.073

排名 2 · TkAUNG092410 · TK1151

线粒体0.067

排名 3 · TkAUNG092410 · TK1151

细胞质0.036

排名 4 · TkAUNG092410 · TK1151

过氧化物酶体0.018

排名 5 · TkAUNG092410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21545T7SS_EccA1_N192-220 aa

PF25062ARM_TT21_N194-226 aa

PF13428TPR_14196-238 aa

PF13432TPR_16196-227 aa

PF29407CFAP70_TPR_C198-395 aa

PF12895ANAPC3198-254 aa

PF25063ARM_TT21_C199-264 aa

PF13174TPR_6199-227 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG092410	`PF21545`	T7SS_EccA1_N	192	220	0.05	13.6
TkAUNG092410	`PF25062`	ARM_TT21_N	194	226	3.4e-06	27.7
TkAUNG092410	`PF13428`	TPR_14	196	238	1.3e-29	100.3
TkAUNG092410	`PF13432`	TPR_16	196	227	4.8e-15	56.4
TkAUNG092410	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	198	395	8.9e-11	42.5
TkAUNG092410	`PF12895`	ANAPC3	198	254	2.8e-07	31.5
TkAUNG092410	`PF25063`	ARM_TT21_C	199	264	5e-07	30.5
TkAUNG092410	`PF13174`	TPR_6	199	227	0.00011	23.3
TkAUNG092410	`PF07719`	TPR_2	200	224	1.5e-26	91.0
TkAUNG092410	`PF13424`	TPR_12	200	257	9e-18	65.0
TkAUNG092410	`PF00515`	TPR_1	201	228	3.5e-10	40.0
TkAUNG092410	`PF25060`	ARM_TT21_2nd	201	223	0.0092	16.2
TkAUNG092410	`PF24575`	TPR_Slam	201	249	0.01	17.0
TkAUNG092410	`PF31234`	TPR_Psidin_N	201	266	0.087	13.0
TkAUNG092410	`PF13181`	TPR_8	202	224	1.2e-13	50.7
TkAUNG092410	`PF13374`	TPR_10	202	225	3.2e-06	27.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWG2`	拟南芥	sp\|Q8RWG2\|CF107_ARATH Protein high chlorophyll fluorescent 107	75.900%	Swiss-Prot	高置信

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