TkAUNG090680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG090680

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25726157-25733048 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1213 bp · TkAUNG090680|TK1151|cDNA

ATAACTAGACGTATCAGAGATCACAGCAAACAAATTCGAGTAAGTTGCTGCTTCAATTTCTCGAGCAATTTTTCTTTCTCCTTGTGTCAAACCGTGATTTTCACATGTTTCTGTATTAACGTACGCATGTCTCATATATGCTATGTGGATTGTTGAACTTTGACGTATTCTGGATTTTAATTCCATCGAGCAATCTGTTTGCTCCACTGCCTAGGGTTTTTCTAACCTGTAAAAAGTTGAAACTTGAACTGGTTCCAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

531 bp · TkAUNG090680|TK1151|CDS

ATGGAAGACGACGTCCGTCGAATGTCGACTCGAGCACGTAAAGTTGCACCCAAAATGGTAGCTGCACTTTCCAGCACTGATAATCGAACTCAGGCAATTCTCGCACGTCTTGAAGCTCTCGAGAATGACAATCCTGGAGCAGAACTGGTAGAACCTAATGATGATGATGATGATGCATCCCTTGATGAAGATGATGATCAAGTTTTATCATCTTTTGTAGTGTTCCAGAAAAAGCAATCGAAAGGTACGAAACGCAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

176 aa · TkAUNG090680|TK1151|PROTEIN

MEDDVRRMSTRARKVAPKMVAALSSTDNRTQAILARLEALENDNPGAELVEPNDDDDDASLDEDDDQVLSSFVVFQKKQSKGTKRKTRQAKALETAKKAPRTFLELLHDANLESLPPHVPSYLRAAVGPPSSTSRRHFCTVCGFSAKYTCVRCGMRFCAARCQNVHNDTRCLKFVA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG090680`
TK1151 ID	TkAUNG090680
OH-1004 ID	LXL04_024012
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG090680

位置 ChrUn:25726157-25733048 (-)

描述 Similar to SWC6: SWR1 complex subunit 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37055`	SWR1 复合体的组成部分，介导组蛋白 H2A 与 H2A 变体 H2A.F/Z 的 ATP 依赖性交换，从而通过染色质重塑对选定基因进行转录调节。	SEF, a new protein required for flowering repression in Arabidopsis, interacts with PIE1 and ARP6.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092270 Arabidopsis homologs of components of the SWR1 complex regulate flowering and plant development.2007 · DOI: 10.1242/dev.001891

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024012 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0003015 heart process 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0036335 intestinal stem cell homeostasis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0048638 regulation of developmental growth 生物过程

GO:0055074 calcium ion homeostasis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G37055

bta:514997

ddi:DDB_G0284961

hsa:10467

mmu:70103

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.946

排名 1 · TkAUNG090680 · TK1151

细胞质0.160

排名 2 · TkAUNG090680 · TK1151

线粒体0.019

排名 3 · TkAUNG090680 · TK1151

细胞膜0.011

排名 4 · TkAUNG090680 · TK1151

内质网0.007

排名 5 · TkAUNG090680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04438zf-HIT135-163 aa

PF22586ANCHR-like_BBOX138-167 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG090680	`PF04438`	zf-HIT	135	163	4.6e-10	39.8
TkAUNG090680	`PF22586`	ANCHR-like_BBOX	138	167	2.3	9.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHW2`	拟南芥	sp\|Q9FHW2\|SWC6_ARATH SWR1 complex subunit 6	65.100%	Swiss-Prot	高置信

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