TkAUNG090160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG090160

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25595981-25597735 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1755 bp · TkAUNG090160|TK1151|cDNA

ATGATTTATCACAATGCTCCCCAGCAGCAGCTATCTCTCTACCAATTTCTCCTCCTCGCCGGCCGCCGGATCAAACCCCTGCAACAAGTTCACGCCCAAATCATCTTATCCGGCAAAACTAGCTCTCTCCCCCTTCTCACCAAACTCCTCACATCGGCCTGCGCAGCAGAGGCAATCATCTACACCCGCCAGATCCTCTTCTCCATCGCCAACCCCGATTCTTTCCTCTTCAGTTCCCTTATCAAAACCTCCACCAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1755 bp · TkAUNG090160|TK1151|CDS

ATGATTTATCACAATGCTCCCCAGCAGCAGCTATCTCTCTACCAATTTCTCCTCCTCGCCGGCCGCCGGATCAAACCCCTGCAACAAGTTCACGCCCAAATCATCTTATCCGGCAAAACTAGCTCTCTCCCCCTTCTCACCAAACTCCTCACATCGGCCTGCGCAGCAGAGGCAATCATCTACACCCGCCAGATCCTCTTCTCCATCGCCAACCCCGATTCTTTCCTCTTCAGTTCCCTTATCAAAACCTCCACCAAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

584 aa · TkAUNG090160|TK1151|PROTEIN

MIYHNAPQQQLSLYQFLLLAGRRIKPLQQVHAQIILSGKTSSLPLLTKLLTSACAAEAIIYTRQILFSIANPDSFLFSSLIKTSTKLNFPLDSLIFYRHMLVCNAEWSNHAFTAVIKACANLSALKLGRIVHCHVIVTGYGPDLFVQAALVSFYAKCNKLGVAHKLLDEMPERTLVAWNSLISGYEQNGLAEKSISLFHKMKNSGVEFDLVTLVSVLSACSQLGALSLGSWIHNYITSNLHINTTIATSLINMYGRCGDV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG090160`
TK1151 ID	TkAUNG090160
OH-1004 ID	LXL04_018443
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	42.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.062 / OH-1004 95.897 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG090160

位置 ChrUn:25595981-25597735 (+)

描述 Similar to PCMP-H28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33760`	含五肽重复序列的蛋白 At2g33760。	暂无已核实直接文献
`At2g01510`	含五肽重复序列蛋白 At2g01510，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g30700`	含五重复肽序列的蛋白At4g30700。	暂无已核实直接文献
`At1g08070`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	暂无已核实直接文献
`At5g66520`	含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59720

ath:AT1G74630

ath:AT2G01510

ath:AT4G21065

ath:AT5G48910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.619

排名 1 · TkAUNG090160 · TK1151

质体0.205

排名 2 · TkAUNG090160 · TK1151

细胞核0.054

排名 3 · TkAUNG090160 · TK1151

细胞质0.036

排名 4 · TkAUNG090160 · TK1151

过氧化物酶体0.005

排名 5 · TkAUNG090160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854PPR_171-82 aa

PF13041PPR_272-121 aa

PF01535PPR77-101 aa

PF29070MSC6_N82-168 aa

PF17177PPR_long93-225 aa

PF23276TPR_24103-199 aa

PF01535PPR111-121 aa

PF13812PPR_3112-121 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG090160	`PF12854`	PPR_1	71	82	1.9e-21	76.2
TkAUNG090160	`PF13041`	PPR_2	72	121	1.8e-32	111.9
TkAUNG090160	`PF01535`	PPR	77	101	7.8e-37	123.7
TkAUNG090160	`PF29070`	MSC6_N	82	168	0.00028	20.8
TkAUNG090160	`PF17177`	PPR_long	93	225	1.2e-07	32.1
TkAUNG090160	`PF23276`	TPR_24	103	199	7.7e-08	33.0
TkAUNG090160	`PF01535`	PPR	111	121	7.8e-37	123.7
TkAUNG090160	`PF13812`	PPR_3	112	121	4e-13	50.0
TkAUNG090160	`PF09049`	SNN_transmemb	117	128	0.24	12.3
TkAUNG090160	`PF17049`	AEP1	146	185	0.12	12.1
TkAUNG090160	`PF13812`	PPR_3	148	183	4e-13	50.0
TkAUNG090160	`PF01535`	PPR	149	173	7.8e-37	123.7
TkAUNG090160	`PF13041`	PPR_2	149	173	1.8e-32	111.9
TkAUNG090160	`PF12854`	PPR_1	149	170	1.9e-21	76.2
TkAUNG090160	`PF12854`	PPR_1	174	202	1.9e-21	76.2
TkAUNG090160	`PF13041`	PPR_2	175	221	1.8e-32	111.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93011`	拟南芥	sp\|P93011\|PP182_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g33760	52.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZVF4`	拟南芥	sp\|Q9ZVF4\|PP140_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510, mitochondrial	38.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SUH6`	拟南芥	sp\|Q9SUH6\|PP341_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LN01`	拟南芥	sp\|Q9LN01\|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic	41.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJY7`	拟南芥	sp\|Q9FJY7\|PP449_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520	37.700%	Swiss-Prot	中等置信

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