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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG088770
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25195969-25198079 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2067 bp · TkAUNG088770|TK1151|cDNA

ATGCAAGCTCTGAGTGTATGGCCAACAAACACTGATATTTTCTTGAACCTTGACTCCGCCCCTCATTTTGTGGGGAGAAAAGGTAGAAACCCTAGTATTTCGAGGGGTTTTAGAAGTAGGTTTGGTTTCAGGGAGACGAGTGATGATTTACGACATGGCGTACCTTGCAGATGCTCTCGAGTTAATCGTCATGTGTTTTGGCGGCCAAAGAAGCGTTCATTTTGTTCGTCAGTTGTCCCCTTGGCTTTGGCATTTGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2067 bp · TkAUNG088770|TK1151|CDS

ATGCAAGCTCTGAGTGTATGGCCAACAAACACTGATATTTTCTTGAACCTTGACTCCGCCCCTCATTTTGTGGGGAGAAAAGGTAGAAACCCTAGTATTTCGAGGGGTTTTAGAAGTAGGTTTGGTTTCAGGGAGACGAGTGATGATTTACGACATGGCGTACCTTGCAGATGCTCTCGAGTTAATCGTCATGTGTTTTGGCGGCCAAAGAAGCGTTCATTTTGTTCGTCAGTTGTCCCCTTGGCTTTGGCATTTGAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

688 aa · TkAUNG088770|TK1151|PROTEIN

MQALSVWPTNTDIFLNLDSAPHFVGRKGRNPSISRGFRSRFGFRETSDDLRHGVPCRCSRVNRHVFWRPKKRSFCSSVVPLALAFEEQVVVDKPDSNSDGENKREDEKSLGETKEKRVNTRELAWSLRDAKTAEDVEMVLGDKSDLPLQVYSSMIRGFGKDKRVNSAMALVNWLKVKKHDSKSPPGPNLFIYNSLLGAMKQAEEFNHVDKIMEDMALEGVSPNVVTYNTLMGIHLAQGHEAKALELFKEIQTKGLSPSPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG088770
TK1151 IDTkAUNG088770
OH-1004 IDLXL04_013252
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 70.203 / OH-1004 71.029
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG088770
位置ChrUn:25195969-25198079 (-)
描述Similar to LPE1: Protein LOW PHOTOSYNTHETIC EFFICIENCY 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46610 通过与光依赖的机制结合 PSII 亚基 mRNA（如 psbJ、psbN 和 psbA）的 5' 非翻译区，参与光调控的光系统 II (PSII) 生物发生和基粒类囊体形成，并促进 HCF173 与目标 mRNA 的结合，这些 mRNA 编码 PSII 反应中心蛋白（如 J、N 和 D1），从而通过调节核糖体加载调控其表达。
LOW PHOTOSYNTHETIC EFFICIENCY 1 is required for light-regulated photosystem II biogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1807364115
The Arabidopsis pentatricopeptide repeat protein LPE1 and its maize ortholog are required for translation of the chloroplast psbJ RNA.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14308

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013252 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006413 translational initiation 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008494 translation activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62930
ath:AT1G63080
ath:AT3G46610
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.825
排名 1 · TkAUNG088770 · TK1151
线粒体0.113
排名 2 · TkAUNG088770 · TK1151
细胞核0.046
排名 3 · TkAUNG088770 · TK1151
细胞质0.015
排名 4 · TkAUNG088770 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkAUNG088770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19189Mtf2115-234 aa
PF23276TPR_24129-250 aa
PF29070MSC6_N133-273 aa
PF17177PPR_long149-204 aa
PF13041PPR_2150-178 aa
PF01535PPR150-171 aa
PF12854PPR_1151-172 aa
PF13041PPR_2187-231 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG088770PF19189Mtf21152340.113.0
TkAUNG088770PF23276TPR_241292504.4e-1659.7
TkAUNG088770PF29070MSC6_N1332736.5e-1762.4
TkAUNG088770PF17177PPR_long1492047.4e-2898.1
TkAUNG088770PF13041PPR_21501784e-58194.0
TkAUNG088770PF01535PPR1501711.6e-41138.3
TkAUNG088770PF12854PPR_11511724.7e-2278.1
TkAUNG088770PF13041PPR_21872314e-58194.0
TkAUNG088770PF13812PPR_31872333.5e-41139.8
TkAUNG088770PF12854PPR_11871964.7e-2278.1
TkAUNG088770PF28753RMD9_N1882070.1113.1
TkAUNG088770PF23436RabGap-TBC_21892200.08713.2
TkAUNG088770PF01535PPR1912201.6e-41138.3
TkAUNG088770PF17177PPR_long2032757.4e-2898.1
TkAUNG088770PF28771RMD9_mid2082530.06313.7
TkAUNG088770PF13812PPR_32102673.5e-41139.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SNB7拟南芥sp|Q9SNB7|PP264_ARATH Protein LOW PHOTOSYNTHETIC EFFICIENCY 1, chloroplastic60.200%Swiss-Prot中等置信

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