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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG087490
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 24888667-24889164 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

498 bp · TkAUNG087490|TK1151|cDNA

ATGGGATTTCCAGTTGGATACACCGACCTCTTCCTCCCCAAACTCCTCCTCCACATCCTAACCGTTCTGGGTTTCATCCGAAAGCTCATTTCCTTCGTTTTCCGATTTGTTGGCCTCGGAGAGTTTCTCGAACCCGATTTCTCATCGGACCCGACCCGGAACGAACCGGTGATGCAGTTCCATTCCGTTTCTGCGGTCCTCATCCGTGAGCTTCTCCCGGTGGTGAAGTTCTCAGAGCTAGTGGATCCGCCGGAGAGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

498 bp · TkAUNG087490|TK1151|CDS

ATGGGATTTCCAGTTGGATACACCGACCTCTTCCTCCCCAAACTCCTCCTCCACATCCTAACCGTTCTGGGTTTCATCCGAAAGCTCATTTCCTTCGTTTTCCGATTTGTTGGCCTCGGAGAGTTTCTCGAACCCGATTTCTCATCGGACCCGACCCGGAACGAACCGGTGATGCAGTTCCATTCCGTTTCTGCGGTCCTCATCCGTGAGCTTCTCCCGGTGGTGAAGTTCTCAGAGCTAGTGGATCCGCCGGAGAGTTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

165 aa · TkAUNG087490|TK1151|PROTEIN

MGFPVGYTDLFLPKLLLHILTVLGFIRKLISFVFRFVGLGEFLEPDFSSDPTRNEPVMQFHSVSAVLIRELLPVVKFSELVDPPESCAVCLYEFDAGDEIRRLTNCRHIFHRCCLDRWMDHDQKTCPLCRTPFIPDDLQDSFNERLWAASGIADYYGDSSLVSGS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG087490
TK1151 IDTkAUNG087490
OH-1004 IDLXL04_005546
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.576 / OH-1004 96.988
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG087490
位置ChrUn:24888667-24889164 (-)
描述Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
At4g11360 当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At2g04240 在翻译后水平上对脱落酸稳态的作用，可能是通过泛素/蛋白酶体依赖性底物特异性降解。
Upregulation of an Arabidopsis RING-H2 gene, XERICO, confers drought tolerance through increased abscisic acid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02782.x
Global analysis of della direct targets in early gibberellin signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054999
At2g01150 E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和幼苗早期发育过程中脱落酸 信号传导的正向调节以及对盐和渗透胁迫的反应。
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214
At1g15100 E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和早期幼苗发育过程中脱落酸 信号传导以及对盐和渗透胁迫的反应的正向调节。
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2a is a novel positive regulator of abscisic acid signaling during seed germination and early seedling development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.135269
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程
GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G01150
ath:AT3G61460
ath:AT4G11360
ath:AT4G11370
spo:2541304
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.300
排名 1 · TkAUNG087490 · TK1151
细胞质0.252
排名 2 · TkAUNG087490 · TK1151
高尔基体0.217
排名 3 · TkAUNG087490 · TK1151
溶酶体／液泡0.204
排名 4 · TkAUNG087490 · TK1151
细胞核0.189
排名 5 · TkAUNG087490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10726DUF251815-43 aa
PF04423Rad50_zn_hook79-104 aa
PF27618Zn_ribbon_GTF2H282-96 aa
PF21349RUBY_RBDX82-90 aa
PF12660zf-TFIIIC85-139 aa
PF13639zf-RING_286-130 aa
PF17120zf-RING_1686-127 aa
PF14446Prok-RING_186-117 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG087490PF10726DUF251815430.5210.6
TkAUNG087490PF04423Rad50_zn_hook791040.04814.2
TkAUNG087490PF27618Zn_ribbon_GTF2H282960.04414.1
TkAUNG087490PF21349RUBY_RBDX82900.5710.4
TkAUNG087490PF12660zf-TFIIIC851390.03414.9
TkAUNG087490PF13639zf-RING_2861304.4e-1350.0
TkAUNG087490PF17120zf-RING_16861270.001219.1
TkAUNG087490PF14446Prok-RING_1861170.01815.9
TkAUNG087490PF13920zf-C3HC4_3861320.05813.9
TkAUNG087490PF17123zf-RING_11871154.7e-0730.1
TkAUNG087490PF00097zf-C3HC4871291.3e-0628.9
TkAUNG087490PF13923zf-C3HC4_2871292.2e-0628.1
TkAUNG087490PF14634zf-RING_5871317.2e-0626.6
TkAUNG087490PF13445zf-RING_UBOX871271.7e-0525.4
TkAUNG087490PF14570zf-RING_4871330.01715.7
TkAUNG087490PF12906RINGv871290.1712.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF92拟南芥sp|Q9XF92|BRH1_ARATH Brassinosteroid-responsive RING protein 161.800%Swiss-Prot高置信
Q9SUS5拟南芥sp|Q9SUS5|RHA1B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B38.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SI09拟南芥sp|Q9SI09|XERIC_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO40.700%Swiss-Prot低置信
Q9ZU51拟南芥sp|Q9ZU51|RHA2B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B49.000%Swiss-Prot低置信
Q9ZT50拟南芥sp|Q9ZT50|RHA2A_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A47.100%Swiss-Prot低置信

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