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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG084380
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 23992997-23998589 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3408 bp · TkAUNG084380|TK1151|cDNA

ATTCCACTTGGTTTACTACATTTATGATCACAATTCGATTTCTCATTCTTTTCTCCACCTCATAATTCCCGCCTGGATGTTCGCAATCGGAGATAACCTTACTGTTTAGAACTTCAACAGGTAAGAATGTATCCATGGTTCGAGAAATAGTATCACGATTGCGTATGAGCTTAACATGCAATGATCCCCTGCTAACGTTCCTTATTGCTCATCCGATTACTTTCAGGATATGGTCTCAAATCTACAACTACTTACACGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2991 bp · TkAUNG084380|TK1151|CDS

ATGAGTTCTAATGTATCAGATTCAAACACTCTTTCAGGGGCTATTTCAACAACACATAAGACAGTTCTTGCCACAAAATCCACACAGATTCAAAAGGAAAATTTCAAGAAGCTTTCATCTTACTTGGAGAAAACAGCATCCATTCTACAAGAACTGACAAAGTTTGAGATCAATGATTCCGGGAGCTTGAAAAACGTGATTCATGTTCTTAGTAAACATGTTTCAGAAGCTAACAATCTCGCTCTTGAATGCAGCAACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

996 aa · TkAUNG084380|TK1151|PROTEIN

MSSNVSDSNTLSGAISTTHKTVLATKSTQIQKENFKKLSSYLEKTASILQELTKFEINDSGSLKNVIHVLSKHVSEANNLALECSNRNRIYLLLNSRKIVKSLENVTKEIGGDINLLSNLIPFNGLSQDITKLSNTMMDAKYQETLREAEIKEKIELGIRERNVDRAFANDLLVSIAEVIGISTDQSVLRQEYEDFKNEMETVGPAEDVAEVLQIEQIVGLLGKADMIATLEEREKKYFSKRNSLGRQPLEPLQSFYCPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG084380
TK1151 IDTkAUNG084380
OH-1004 IDLXL04_035375
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.598 / OH-1004 98.315
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG084380
位置ChrUn:23992997-23998589 (+)
描述Similar to PUB44: U-box domain-containing protein 44
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g20780 充当 E3 泛素蛋白连接酶。
Identification of a novel E3 ubiquitin ligase that is required for suppression of premature senescence in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03846.x
At1g76390 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g68940 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0657100 E3 泛素蛋白连接酶，作为油菜素甾醇 信号传导的负调节因子。
OsBZR1 turnover mediated by OsSK22-regulated U-box E3 ligase OsPUB24 in rice BR response.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14332
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20780
ath:AT1G76390
dosa:Os03g0657100
dosa:Os06g0102700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.459
排名 1 · TkAUNG084380 · TK1151
细胞核0.299
排名 2 · TkAUNG084380 · TK1151
细胞膜0.299
排名 3 · TkAUNG084380 · TK1151
内质网0.065
排名 4 · TkAUNG084380 · TK1151
高尔基体0.064
排名 5 · TkAUNG084380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04826Arm_219-46 aa
PF27061Gasdermin_protease22-106 aa
PF19584MCAfunc23-116 aa
PF11698V-ATPase_H_C50-91 aa
PF11789zf-Nse254-295 aa
PF04564U-box256-322 aa
PF13923zf-C3HC4_2257-295 aa
PF13445zf-RING_UBOX258-294 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG084380PF04826Arm_219460.0009619.4
TkAUNG084380PF27061Gasdermin_protease221060.04413.7
TkAUNG084380PF19584MCAfunc231160.002718.1
TkAUNG084380PF11698V-ATPase_H_C50910.3611.7
TkAUNG084380PF11789zf-Nse2542951.1e-0525.9
TkAUNG084380PF04564U-box2563221.2e-1764.5
TkAUNG084380PF13923zf-C3HC4_22572950.0009419.6
TkAUNG084380PF13445zf-RING_UBOX2582940.0001322.6
TkAUNG084380PF12678zf-rbx12722950.07614.0
TkAUNG084380PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C3633970.0002621.2
TkAUNG084380PF04826Arm_23634050.0009619.4
TkAUNG084380PF24993GNC1_N3644100.01216.1
TkAUNG084380PF13646HEAT_23663952.2e-0835.0
TkAUNG084380PF00514Arm3693951e-2383.3
TkAUNG084380PF02985HEAT3693944.1e-0730.3
TkAUNG084380PF11698V-ATPase_H_C3784390.3611.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LM76拟南芥sp|Q9LM76|PUB44_ARATH U-box domain-containing protein 4427.300%Swiss-Prot低置信
Q9SFX2拟南芥sp|Q9SFX2|PUB43_ARATH U-box domain-containing protein 4327.300%Swiss-Prot低置信
Q9CAA7拟南芥sp|Q9CAA7|PUB42_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4225.600%Swiss-Prot低置信
Q10FT0水稻sp|Q10FT0|PUB24_ORYSJ U-box domain-containing protein 2426.600%Swiss-Prot低置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1126.500%Swiss-Prot低置信

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