TkAUNG081810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG081810

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 23298257-23303974 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4943 bp · TkAUNG081810|TK1151|cDNA

GTTAGATCGATCGAGCTATATGGGTTTTGCAAATTCCAATTTTAACCTCGTTATCGCACCCGTCCACTGGATCCATGAACCCGGTTGGATCAGGGCCAATTGTTGATACCGTAGAGTCGGTGCCACGGTTAAAGAAGAGAAAAGGGAGGAGAAGGAGAACTAGGTCATCTTCTTCGCCATTAGCATTCGATAACCACACCAGAGCACCTTTATATCCAAATCCTAATTTTGCTTTCCTCATTACGTCACTGTTCGCACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2136 bp · TkAUNG081810|TK1151|CDS

ATGGAAGAGTCGAAGCATAAATCTAGCAAGAAGGAAGATTATGTGAGGAAAGAGGAAGAGCTGAAGAGAGGGCATCGTGAGAAGGATCGTAATGGGGACAGGCGTAGAGAGAAGGAGAGAGACAGGGATAAAGAGAGAGAAAGGAGTGTTGATGACAAGTACAAAGAGAAAGAGAAGCACAAGGAGAGGCATAGAGATAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGAGCGTGAACGTGAACGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

711 aa · TkAUNG081810|TK1151|PROTEIN

MEESKHKSSKKEDYVRKEEELKRGHREKDRNGDRRREKERDRDKERERSVDDKYKEKEKHKERHRDKEKEKEKKEREREKERERERERAKEKENREKERERERVKEREREKEREREKEKERERRERREREERDREKMREKRREAERDHNSGGNDDVRDRDRKRRRRDDDHKEERERKVSSRRREDSVDNSVVSKKVDENSSDKKEVRTREEDMEEEQRKLDDEMEKRRRRVQEWQEKRRKKEESEKEQTDDEPKSGKTWT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG081810`
TK1151 ID	TkAUNG081810
OH-1004 ID	LXL04_026656
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.997 / OH-1004 49.822 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG081810

位置 ChrUn:23298257-23303974 (-)

描述 Similar to RH42: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20920`	参与前mRNA剪接、低温响应基因调控及耐寒性的解旋酶。	A DEAD box RNA helicase is critical for pre-mRNA splicing, cold-responsive gene regulation, and cold tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108340
`At3g09620`	DEAD-box ATP 依赖性 RNA 解旋酶 45。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0159900`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶42。	暂无已核实直接文献
`Os08g0154200`	DEAD-box ATP 依赖性 RNA 解旋酶 45。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026656 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:1903241 U2-type prespliceosome assembly 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005684 U2-type spliceosomal complex 细胞组分

GO:0015030 Cajal body 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20920

ath:AT3G09620

dosa:Os08g0154200

mmu:212880

rno:245957

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.970

排名 1 · TkAUNG081810 · TK1151

细胞质0.101

排名 2 · TkAUNG081810 · TK1151

细胞膜0.018

排名 3 · TkAUNG081810 · TK1151

线粒体0.012

排名 4 · TkAUNG081810 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkAUNG081810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD486-657 aa

PF04023FeoA618-633 aa

PF04023FeoA655-690 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG081810	`PF00270`	DEAD	486	657	7.2e-50	169.7
TkAUNG081810	`PF04023`	FeoA	618	633	0.041	14.7
TkAUNG081810	`PF04023`	FeoA	655	690	0.041	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0U8`	拟南芥	sp\|Q8H0U8\|RH42_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42	74.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SF41`	拟南芥	sp\|Q9SF41\|RH45_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 45	73.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84UQ1`	水稻	sp\|Q84UQ1\|RH42_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42	70.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0J7Y8`	水稻	sp\|Q0J7Y8\|RH45_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 45	68.700%	Swiss-Prot	中等置信

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