RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG078740
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 22521766-22524351 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1215 bp · TkAUNG078740|TK1151|cDNA

GTGTGAATGAGAATGGAATACCTTTGCGCACTTTCTCTCTCTTCCTCTCTCTCTTCCTCTACCTTTGCTCAACTCCAAGTACACGGCTGACCGCTCCATTCAGTTTCCCCACAACTCCACCTCAATCGATTGAGTTGAGAGGTGTCTTCTCCTTCACTAAAGAACAAAGCACAATGAGACCATTATCAATACCTTCAATCAGATAAAACACATCACCGAGTTCAAAAACAAAATGGGAGGCTGCTGTTGCTGCTTTTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · TkAUNG078740|TK1151|CDS

ATGGGAGGCTGCTGTTGCTGCTTTTCCAAAGGAGTAGAACTCAACTCTTCACCCCGATTCTACCATTATCCAATAGCATCAGAGGAACGCCAACCTTTATCATCAAACAGTGGTGCAGTATCTGCACTTTCCACAGGTCTTTTAGTTGACACAAATCTTGAAACATCAATACCAGACACATACAGGCCTCCACCTACCCCTATCCCATATGATGTAAATGTAAATGTTGACCATCCAAGAAGTCCACTCAACAACCGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

204 aa · TkAUNG078740|TK1151|PROTEIN

MGGCCCCFSKGVELNSSPRFYHYPIASEERQPLSSNSGAVSALSTGLLVDTNLETSIPDTYRPPPTPIPYDVNVNVDHPRSPLNNREASVGVDEITISNSVSGETVIKEVKGPDCKDITDIELVATKEVDDEIDKSGELKKPSGPILPPEECPTCLEEYDEENPKIITKCEHHFHLSCILEWMERSDTCPVCDQEMIINFPVNE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG078740
TK1151 IDTkAUNG078740
OH-1004 IDLXL04_005556
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG078740
位置ChrUn:22521766-22524351 (+)
描述Similar to RHB1A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHB1A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g00335 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At4g23450 在体外与 E2 酶 UBC8 结合时，具有 E3 泛素-蛋白连接酶活性。
The Arabidopsis C3H2C3-type RING E3 ubiquitin ligase AtAIRP1 is a positive regulator of an abscisic acid-dependent response to drought stress.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.164749
At3g02290 介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005556 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009561 megagametogenesis 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程
GO:0010729 positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程
GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程
GO:0055046 microgametogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02290
ath:AT4G00335
ath:AT4G14220
ath:AT4G23450
ath:AT5G22000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.431
排名 1 · TkAUNG078740 · TK1151
细胞核0.293
排名 2 · TkAUNG078740 · TK1151
细胞膜0.244
排名 3 · TkAUNG078740 · TK1151
高尔基体0.120
排名 4 · TkAUNG078740 · TK1151
溶酶体／液泡0.116
排名 5 · TkAUNG078740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639zf-RING_24-9 aa
PF13920zf-C3HC4_34-10 aa
PF26470DUF814518-25 aa
PF26470DUF8145148-160 aa
PF12678zf-rbx1150-192 aa
PF13920zf-C3HC4_3150-195 aa
PF13639zf-RING_2151-192 aa
PF13923zf-C3HC4_2151-192 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG078740PF13639zf-RING_2491.1e-1248.7
TkAUNG078740PF13920zf-C3HC4_34100.01615.7
TkAUNG078740PF26470DUF814518250.1213.0
TkAUNG078740PF26470DUF81451481600.1213.0
TkAUNG078740PF12678zf-rbx11501923.1e-1144.1
TkAUNG078740PF13920zf-C3HC4_31501950.01615.7
TkAUNG078740PF13639zf-RING_21511921.1e-1248.7
TkAUNG078740PF13923zf-C3HC4_21511923.4e-0937.1
TkAUNG078740PF14634zf-RING_51511948.8e-0729.5
TkAUNG078740PF17123zf-RING_111511792.9e-0524.4
TkAUNG078740PF12861zf-ANAPC111521983e-0834.3
TkAUNG078740PF00097zf-C3HC41521925e-0833.4
TkAUNG078740PF13445zf-RING_UBOX1521901.1e-0629.3
TkAUNG078740PF11789zf-Nse1521920.02115.4
TkAUNG078740PF15227zf-C3HC4_41521920.03315.0
TkAUNG078740PF23413zf_RING_Vps8_fungal1651940.01515.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q2HIJ8拟南芥sp|Q2HIJ8|RHB1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHB1A39.500%Swiss-Prot中等置信
Q93ZF6拟南芥sp|Q93ZF6|AIRP1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase AIRP138.800%Swiss-Prot中等置信
Q8LE94拟南芥sp|Q8LE94|RING3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At3g0229075.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看