TkAUNG075120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG075120

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 21647107-21648962 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1354 bp · TkAUNG075120|TK1151|cDNA

AAAAGTGGGTGTGCTCCATTAGCCCTTAAGTGCATAAAAGGTAATGGAGGGGTAGTTCCAAGCACATTAGTTGGAGTCACTCGCATATACCCTCTTCTATACAGGGAAAGGTTAAGTGAAGGGGGATTTGTGGTGAGATCAGAGAGGATGGAAAGCAAAAGGATGCAACTGTATGACTACAGACGTACAACCATTGTGGAAGGAATTATGTCTGAGTTTCAAAGAGGGTTCAAAAGTATCGAAATTGATGATGAAGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1170 bp · TkAUNG075120|TK1151|CDS

AAAAGTGGGTGTGCTCCATTAGCCCTTAAGTGCATAAAAGGTAATGGAGGGGTAGTTCCAAGCACATTAGTTGGAGTCACTCGCATATACCCTCTTCTATACAGGGAAAGGTTAAGTGAAGGGGGATTTGTGGTGAGATCAGAGAGGATGGAAAGCAAAAGGATGCAACTGTATGACTACAGACGTACAACCATTGTGGAAGGAATTATGTCTGAGTTTCAAAGAGGGTTCAAAAGTATCGAAATTGATGATGAAGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

389 aa · TkAUNG075120|TK1151|PROTEIN

KSGCAPLALKCIKGNGGVVPSTLVGVTRIYPLLYRERLSEGGFVVRSERMESKRMQLYDYRRTTIVEGIMSEFQRGFKSIEIDDEEGERISRILEKAAEPEVIMAEMTSEQLTCFASYQSKLEASRQSEMQKTINKALDEAGLSRNEVSTLMRVRVVGLTSQQTNSQQQGLITIWNPTEKQQSELVEGEAYNVSGLTPINSDSSTIYLRARGSSNKWRPLPPSSTQHFLPFFSPRKSISLSNMGEVPVSSEFDVAAFVVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG075120`
TK1151 ID	TkAUNG075120
OH-1004 ID	LXL04_000004
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 30.971 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG075120

位置 ChrUn:21647107-21648962 (-)

描述 Similar to BRCA2B: Protein BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY 2 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01630`	通过介导RAD51和DMC1促进的DNA修复，参与双链断裂修复和/或同源重组。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q7Y1C5`	通过介导RAD51和DMC1促进的DNA修复，参与双链断裂修复和/或同源重组。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000004 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0048314 embryo sac morphogenesis 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00020

ath:AT5G01630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.910

排名 1 · TkAUNG075120 · TK1151

细胞质0.168

排名 2 · TkAUNG075120 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkAUNG075120 · TK1151

细胞膜0.022

排名 4 · TkAUNG075120 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkAUNG075120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09121Tower36-53 aa

PF17776NLRC4_HD2118-186 aa

PF09121Tower123-132 aa

PF21318BRCA2DBD_OB2155-199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG075120	`PF09121`	Tower	36	53	0.18	12.6
TkAUNG075120	`PF17776`	NLRC4_HD2	118	186	0.06	14.6
TkAUNG075120	`PF09121`	Tower	123	132	0.18	12.6
TkAUNG075120	`PF21318`	BRCA2DBD_OB2	155	199	0.016	15.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7Y1C4`	拟南芥	sp\|Q7Y1C4\|BRC2B_ARATH Protein BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY 2 homolog B	52.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q7Y1C5`	拟南芥	sp\|Q7Y1C5\|BRC2A_ARATH Protein BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY 2 homolog A	51.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情