TkAUNG068420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG068420

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 19854903-19856752 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1389 bp · TkAUNG068420|TK1151|cDNA

AAGGAAAGCACCTTTGCAGTTAGTCGGGTTGGTACGGTTAGAGAGAGGAAGTCCAAACGGAAGAATATAGAGAGAGAAAGAGAGAAAGAGACGGAGGGCAAGTGAAGAGATGGAAGACGATGCAGAGCACAGCGTCGAACATACGATCGCTCTCGCCGCCCCCAACGCTCCTGAAGTTGAAGAACTAGGTGCCGCGTCGATGGTTGAAGACGGCGGCGGAGCCGGTGGTCATGCTGATAAGAGGGGCAAAGTCAGGGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · TkAUNG068420|TK1151|CDS

ATGGAAGACGATGCAGAGCACAGCGTCGAACATACGATCGCTCTCGCCGCCCCCAACGCTCCTGAAGTTGAAGAACTAGGTGCCGCGTCGATGGTTGAAGACGGCGGCGGAGCCGGTGGTCATGCTGATAAGAGGGGCAAAGTCAGGGGACCTTGGTCGCCGGAGGAAGACGTGATTTTAAGTGAACTTGTGAGCAAGTTTGGGGCGAGGAATTGGAGCCTGATCGCCCGAGGTATCCCTGGGCGTTCTGGGAAGTCGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · TkAUNG068420|TK1151|PROTEIN

MEDDAEHSVEHTIALAAPNAPEVEELGAASMVEDGGGAGGHADKRGKVRGPWSPEEDVILSELVSKFGARNWSLIARGIPGRSGKSCRLRWCNQLDPAVERKPFTEAEDRIIMEAHAIHGNKWASIAKLLRGRTDNAIKNHWNSTLRRRYMNPNSYNTKTDINYNNQDTTKASSEDTLSNGNIKQEKNPDPEYEEHRNHQFPSRPIPRFGAFTVYTPQNGTQSEVIIPIQGPLFQASKPESIGCKFLKEYSSESVIPTRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG068420`
TK1151 ID	TkAUNG068420
OH-1004 ID	LXL04_012324
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG068420

位置 ChrUn:19854903-19856752 (-)

描述 Similar to MYB1: Transcription factor MYB1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09230`	转录因子MYB1。	暂无已核实直接文献
`At2g39880`	对雄配子体（花粉）发育是必需的。	暂无已核实直接文献
`At4g37260`	在盐胁迫反应中发挥作用的转录因子。	Loss of the R2R3 MYB, AtMyb73, causes hyper-induction of the SOS1 and SOS3 genes in response to high salinity in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.jplph.2013.05.011
`At5g67300`	转录因子。	Overexpression of AtMYB44 enhances stomatal closure to confer abiotic stress tolerance in transgenic Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.110981 Two novel MYB homologues with changed expression in late embryogenesis-defective Arabidopsis mutants.1998 · DOI: 10.1023/a:1006011002499
`At3g50060`	参与生长素反应的转录因子。	The Arabidopsis transcription factor MYB77 modulates auxin signal transduction.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.050963

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012324 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010929 positive regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39880

ath:AT3G09230

ath:AT3G50060

ath:AT4G37260

ath:AT5G67300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.943

排名 1 · TkAUNG068420 · TK1151

细胞质0.107

排名 2 · TkAUNG068420 · TK1151

细胞膜0.034

排名 3 · TkAUNG068420 · TK1151

内质网0.017

排名 4 · TkAUNG068420 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkAUNG068420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding49-95 aa

PF15963Myb_DNA-bind_749-90 aa

PF23082Myb_DNA-binding_251-84 aa

PF13921Myb_DNA-bind_652-109 aa

PF08914Myb_Rap153-97 aa

PF00249Myb_DNA-binding101-145 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6104-161 aa

PF08914Myb_Rap1104-148 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG068420	`PF00249`	Myb_DNA-binding	49	95	2.5e-37	127.4
TkAUNG068420	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	49	90	0.1	13.1
TkAUNG068420	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	51	84	0.089	13.6
TkAUNG068420	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	52	109	1.6e-25	89.8
TkAUNG068420	`PF08914`	Myb_Rap1	53	97	0.064	14.4
TkAUNG068420	`PF00249`	Myb_DNA-binding	101	145	2.5e-37	127.4
TkAUNG068420	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	104	161	1.6e-25	89.8
TkAUNG068420	`PF08914`	Myb_Rap1	104	148	0.064	14.4
TkAUNG068420	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	113	155	0.1	13.1
TkAUNG068420	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	121	159	0.089	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42575`	拟南芥	sp\|Q42575\|MYB1_ARATH Transcription factor MYB1	45.200%	Swiss-Prot	中等置信
`O04192`	拟南芥	sp\|O04192\|MYB25_ARATH Transcription factor MYB25	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`O23160`	拟南芥	sp\|O23160\|MYB73_ARATH Transcription factor MYB73	68.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FDW1`	拟南芥	sp\|Q9FDW1\|MYB44_ARATH Transcription factor MYB44	67.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SN12`	拟南芥	sp\|Q9SN12\|MYB77_ARATH Transcription factor MYB77	66.000%	Swiss-Prot	低置信

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