TkAUNG062600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG062600

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 18100140-18104662 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2223 bp · TkAUNG062600|TK1151|cDNA

CCATAATCCTACATGGCTTTCAATTTGGTTTTGGAAAAAACTTGAAAGTGGCGATGTGGATGAACTTAGCCAAATAAACAAAAAAAGTAAAGGCAAAAAAGCTCTGATTTTTCCTTTGGGAAATTTGTATATGAACACCACCAGAGACCTGTCCCTGTTTACCTACGACAGTTTCACTTCAATTGTCAATTAATTTCCATTCGCAAATTTGATTCTTCAGCATCTATAAGCCCCAAAAATCAACTCACCGGATCATCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1308 bp · TkAUNG062600|TK1151|CDS

ATGATCAGTGCGTCCAACCCTAATTCAATGATGTCTTCGTCGTCAACAACAGGCAATAACAACGCTGCCGGCAGCGGCCAACAAGCGCCGGGTTTGAAGACGTATTTCAAAACTCCGGAAGGAAGGTATAAGCTTAAGTACGAGAAAAGTCATCCCGCCGGTCTCCTTCACTACGCCCATGGCAAATCTGTTACCCAGGTGACTCTGGCTCATCTTAAGGATAAACCTGCACATGCTCTATCATCTTCATCTTCAAGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

435 aa · TkAUNG062600|TK1151|PROTEIN

MISASNPNSMMSSSSTTGNNNAAGSGQQAPGLKTYFKTPEGRYKLKYEKSHPAGLLHYAHGKSVTQVTLAHLKDKPAHALSSSSSSIGISSGVKSAAAKLLGGGNGSRALSFVGGNGGSKSSSGTTKVGSLSSSYTNSYTPNSNFDGKGTYLIFNVGDAIFISDLNSQDKDPIKSINFSTSNPISHAFDPDAKDGHDLLIGLNCGDVYSVSLRQQLQDGGKKLVGGQHYNKDGCVNNSRCTSIAWVPNGDGTFVVAHADG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG062600`
TK1151 ID	TkAUNG062600
OH-1004 ID	LXL04_032681
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.575 / OH-1004 70.620 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG062600`
位置	ChrUn:18100140-18104662 (+)
描述	Similar to creC: Catabolite repression protein creC (Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032681` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045013 carbon catabolite repression of transcription 生物过程 GO:0090263 positive regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程 GO:2000059 negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0051286 cell tip 细胞组分 GO:0035800 deubiquitinase activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	act:ACLA_082740 ang:An11g02750 hsa:91833 nfi:NFIA_053550 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.500

排名 1 · TkAUNG062600 · TK1151

细胞核0.384

排名 2 · TkAUNG062600 · TK1151

溶酶体／液泡0.151

排名 3 · TkAUNG062600 · TK1151

高尔基体0.108

排名 4 · TkAUNG062600 · TK1151

细胞膜0.094

排名 5 · TkAUNG062600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24814WD40_Prp1959-72 aa

PF26550Tricorn_2nd126-154 aa

PF24814WD40_Prp19140-193 aa

PF25174Beta-prop_THOC3143-192 aa

PF24796WDR55147-177 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st148-207 aa

PF25175Beta-prop_WDR5149-180 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd151-366 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG062600	`PF24814`	WD40_Prp19	59	72	2.5e-09	37.3
TkAUNG062600	`PF26550`	Tricorn_2nd	126	154	0.0013	18.2
TkAUNG062600	`PF24814`	WD40_Prp19	140	193	2.5e-09	37.3
TkAUNG062600	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	143	192	3.4e-12	46.7
TkAUNG062600	`PF24796`	WDR55	147	177	4.6e-08	33.2
TkAUNG062600	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	148	207	0.00031	21.0
TkAUNG062600	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	149	180	2.1e-11	44.4
TkAUNG062600	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	151	366	7.7e-06	26.2
TkAUNG062600	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	153	163	0.073	13.0
TkAUNG062600	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	156	338	5e-08	33.3
TkAUNG062600	`PF16755`	Beta-prop_NUP159_NUP214	159	282	0.0028	17.7
TkAUNG062600	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	162	182	0.05	13.3
TkAUNG062600	`PF21029`	RMC1_N	166	182	0.23	12.2
TkAUNG062600	`PF30552`	CFAP251_N	168	183	0.037	13.9
TkAUNG062600	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	180	269	9.9e-13	48.8
TkAUNG062600	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	185	270	5.3e-10	39.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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