TkAUNG053700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG053700

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 15350228-15352741 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1336 bp · TkAUNG053700|TK1151|cDNA

TTATCAACTACCGTCGAGTTTGGAAACAATGAGCTCATAGAAAGAACATTACAACAAAAGATGCACTGTTGCACTAATTATTTTCACTCATCTTTCCATGCTCTGGTCTATTAGTAGCTTACCTGCAAAACCCTCTTTTCCCCAAAATTCAAAACAATGGTGGCCTCTTGCATCAGCTTCGTCTCCTTGTACGGCTCCTTCCTCCGCCGTTCCCTCACTGCATCAGGCCTCTGCCCCCAATCTGTCGACGTCGATGCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

933 bp · TkAUNG053700|TK1151|CDS

ATGGTGGCCTCTTGCATCAGCTTCGTCTCCTTGTACGGCTCCTTCCTCCGCCGTTCCCTCACTGCATCAGGCCTCTGCCCCCAATCTGTCGACGTCGATGCTTACACCACCATCCACTATTGGGGACCTAAACCACAGCCAGCTTCCACCGTTTCCCCATCCTCAAATGGTGACCATCGGAAATCATCGCTGGTTTTAATTCACGGATTCGGTCCTCACGGTGTTTGGCAGTGGCGGCAACAGGTGTCGTTTCTTGCGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

310 aa · TkAUNG053700|TK1151|PROTEIN

MVASCISFVSLYGSFLRRSLTASGLCPQSVDVDAYTTIHYWGPKPQPASTVSPSSNGDHRKSSLVLIHGFGPHGVWQWRQQVSFLAPYFDVYVPDLVFFGESTTKSSERSEIFQASAVGKMMEKVGVSKYSVVGTSYGGFVAYRMAEMWPERVEKVVIASSGVNMRPRDNQELIKRANVKKIDELMLPETAGQLRSLFRLAVINHVYMPDFFLNDFIDLYSENRKEKLELLKGLVLGQHETPNISPLQQEVLIIWGDQDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG053700`
TK1151 ID	TkAUNG053700
OH-1004 ID	LXL04_028526
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG053700`
位置	ChrUn:15350228-15352741 (-)
描述	Similar to mhpC: 2-hydroxy-6-oxononadienedioate/2-hydroxy-6-oxononatrienedioate hydrolase (Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028526` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006694 steroid biosynthetic process 生物过程 GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程 GO:0019380 3-phenylpropionate catabolic process 生物过程 GO:0051701 biological process involved in interaction with host 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0016787 hydrolase activity 分子功能 GO:0016823 hydrolase activity, acting on carbon-carbon bonds, in ketonic substances 分子功能 GO:0018771 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity 分子功能 GO:0018774 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity 分子功能 GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bph:Bphy_4541 bvi:Bcep1808_5382 mtc:MT3674 mtu:Rv3569c mtv:RVBD_3569c rha:RHA1_ro04540 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.294

排名 1 · TkAUNG053700 · TK1151

细胞质0.198

排名 2 · TkAUNG053700 · TK1151

溶酶体／液泡0.176

排名 3 · TkAUNG053700 · TK1151

细胞膜0.148

排名 4 · TkAUNG053700 · TK1151

细胞核0.109

排名 5 · TkAUNG053700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00326Peptidase_S947-69 aa

PF12146Hydrolase_459-177 aa

PF00561Abhydrolase_164-293 aa

PF12697Abhydrolase_664-299 aa

PF14638FNIP_C82-107 aa

PF01738DLH113-161 aa

PF12695Abhydrolase_5114-161 aa

PF03959FSH1116-292 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG053700	`PF00326`	Peptidase_S9	47	69	0.015	15.6
TkAUNG053700	`PF12146`	Hydrolase_4	59	177	2.6e-09	37.5
TkAUNG053700	`PF00561`	Abhydrolase_1	64	293	5.8e-22	79.3
TkAUNG053700	`PF12697`	Abhydrolase_6	64	299	3.8e-14	54.5
TkAUNG053700	`PF14638`	FNIP_C	82	107	0.2	12.0
TkAUNG053700	`PF01738`	DLH	113	161	0.024	14.9
TkAUNG053700	`PF12695`	Abhydrolase_5	114	161	0.00012	22.7
TkAUNG053700	`PF03959`	FSH1	116	292	0.014	15.8
TkAUNG053700	`PF07819`	PGAP1	128	175	0.0075	16.8
TkAUNG053700	`PF00326`	Peptidase_S9	128	166	0.015	15.6
TkAUNG053700	`PF02129`	Peptidase_S15	132	166	0.15	12.4
TkAUNG053700	`PF14638`	FNIP_C	191	261	0.2	12.0
TkAUNG053700	`PF02129`	Peptidase_S15	210	238	0.15	12.4
TkAUNG053700	`PF12695`	Abhydrolase_5	242	288	0.00012	22.7
TkAUNG053700	`PF02129`	Peptidase_S15	243	274	0.15	12.4
TkAUNG053700	`PF01738`	DLH	244	282	0.024	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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