TkAUNG048300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG048300

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 13385862-13393127 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · TkAUNG048300|TK1151|cDNA

CATGTCTCCTACAATCTCAAAATATCATTATTTTTAGGCTACTTTTTTATATTTTATGTTCAATACCCACTTAATTTGGACGCCTTAGAGAGACTAGTAGCAAGATCACCATTGTTAAAGAAGCTTAGATTGAACCGTTACGTTTCGATAGGGCAGCTATACCGGTTAATTCTCCGGGTACCGCAGTTAACTCATTTGGGCACCGGTTCATTTAGTCCATTGGATATCAACGATCAACAACAAGAGCCCGATTACAGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · TkAUNG048300|TK1151|CDS

CATGTCTCCTACAATCTCAAAATATCATTATTTTTAGGCTACTTTTTTATATTTTATGTTCAATACCCACTTAATTTGGACGCCTTAGAGAGACTAGTAGCAAGATCACCATTGTTAAAGAAGCTTAGATTGAACCGTTACGTTTCGATAGGGCAGCTATACCGGTTAATTCTCCGGGTACCGCAGTTAACTCATTTGGGCACCGGTTCATTTAGTCCATTGGATATCAACGATCAACAACAAGAGCCCGATTACAGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · TkAUNG048300|TK1151|PROTEIN

HVSYNLKISLFLGYFFIFYVQYPLNLDALERLVARSPLLKKLRLNRYVSIGQLYRLILRVPQLTHLGTGSFSPLDINDQQQEPDYSSAFAACRSIVCLSGFREISPEHLPAIYPVCANLTSLNLSYANIEPHQLRPAIRYCHKLQVFWDSSLRVRFFFSSIITQLLLQSLLIIDLVYSPKKKESWLLKKRGSKRMLLAVLIANSEGNILVERFNGVPGEERLHWRSFLVKLGADNLKGVKNEELLVACHKSVYIVYTVLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG048300`
TK1151 ID	TkAUNG048300
OH-1004 ID	LXL04_018894
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 51.320 / OH-1004 95.288 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG048300

位置 ChrUn:13385862-13393127 (+)

描述 Similar to tstD: TSET complex member tstD

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49980`	类转运抑制响应1蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g24390`	F盒蛋白FBX14。	暂无已核实直接文献
`At3g26810`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088
`At1g12820`	赋予对毒力细菌病原体 P.syringae 的敏感性（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0395600`	类运输抑制因子响应蛋白 Os04g0395600。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0060098 membrane reorganization involved in phagocytosis, engulfment 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.382

排名 1 · TkAUNG048300 · TK1151

细胞质0.321

排名 2 · TkAUNG048300 · TK1151

内质网0.167

排名 3 · TkAUNG048300 · TK1151

高尔基体0.117

排名 4 · TkAUNG048300 · TK1151

细胞膜0.113

排名 5 · TkAUNG048300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24758LRR_At5g5637027-69 aa

PF24758LRR_At5g5637081-147 aa

PF01217Clat_adaptor_s195-331 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG048300	`PF24758`	LRR_At5g56370	27	69	0.0024	18.3
TkAUNG048300	`PF24758`	LRR_At5g56370	81	147	0.0024	18.3
TkAUNG048300	`PF01217`	Clat_adaptor_s	195	331	0.02	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTX2`	拟南芥	sp\|Q9LTX2\|TIR1L_ARATH Transport inhibitor response 1-like protein	67.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8RWQ8`	拟南芥	sp\|Q8RWQ8\|FBX14_ARATH F-box protein FBX14	64.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LW29`	拟南芥	sp\|Q9LW29\|AFB2_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 2	49.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LPW7`	拟南芥	sp\|Q9LPW7\|AFB3_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 3	47.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q7XVM8`	水稻	sp\|Q7XVM8\|TIR1B_ORYSJ Transport inhibitor response 1-like protein Os04g0395600	46.500%	Swiss-Prot	低置信

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