TkAUNG047020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG047020

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 13004492-13005639 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

498 bp · TkAUNG047020|TK1151|cDNA

GTGATATTTTCAGAGCTACTCTCTGTTGCACCTTGTTCAAGAAGTCTGTGCAGAAATACATCCTCTGGAGGAAAAAAACACCCTCTTCGTGCACCACCTTTTGTTCATAAGGTGGAAGCTCCTTATTGCCTAAAGAGGTTGAGATTAACTCATTCTTCATCTGTTCTCCCTCCATTCCCAGGGGAAGAGAGTTATATGGGTCAATCATTATCAAGTTGTAGAGATATGGAGATTGAAAGTGGCAACAATGATAATTTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

498 bp · TkAUNG047020|TK1151|CDS

GTGATATTTTCAGAGCTACTCTCTGTTGCACCTTGTTCAAGAAGTCTGTGCAGAAATACATCCTCTGGAGGAAAAAAACACCCTCTTCGTGCACCACCTTTTGTTCATAAGGTGGAAGCTCCTTATTGCCTAAAGAGGTTGAGATTAACTCATTCTTCATCTGTTCTCCCTCCATTCCCAGGGGAAGAGAGTTATATGGGTCAATCATTATCAAGTTGTAGAGATATGGAGATTGAAAGTGGCAACAATGATAATTTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

165 aa · TkAUNG047020|TK1151|PROTEIN

VIFSELLSVAPCSRSLCRNTSSGGKKHPLRAPPFVHKVEAPYCLKRLRLTHSSSVLPPFPGEESYMGQSLSSCRDMEIESGNNDNFNESTSEYLHYIAFKCVTKVEFRQALTPSVELQFSVEIWFAGEKIGEGNGRTRREAQHQAAKASLMNLVGSAKSGTSSVY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG047020`
TK1151 ID	TkAUNG047020
OH-1004 ID	LXL04_002299
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	75.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 85.455 / OH-1004 40.360 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG047020

位置 ChrUn:13004492-13005639 (-)

描述 Similar to CPL1: RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21670`	连续催化RNA聚合酶Ⅱ最大亚基RPB1的C端结构域中七肽重复序列YSPTSPS的Ser-5去磷酸化，但不催化Ser-2去磷酸化。	Fusion genetic analysis of jasmonate-signalling mutants in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2001.01241.x C-terminal domain phosphatase-like family members (AtCPLs) differentially regulate Arabidopsis thaliana abiotic stress signaling, growth, and development.2002 · DOI: 10.1073/pnas.112276199 Repression of stress-responsive genes by FIERY2, a novel transcriptional regulator in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1073/pnas.162111599 Arabidopsis C-terminal domain phosphatase-like 1 and 2 are essential Ser-5-specific C-terminal domain phosphatases.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0403174101 CTD phosphatases in the attenuation of wound-induced transcription of jasmonic acid biosynthetic genes in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03663.x The arabidopsis RNA binding protein with K homology motifs, SHINY1, interacts with the C-terminal domain phosphatase-like 1 (CPL1) to repress stress-inducible gene expression.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003625 The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751 The RNA Polymerase II C-Terminal Domain Phosphatase-Like Protein FIERY2/CPL1 Interacts with eIF4AIII and Is Essential for Nonsense-Mediated mRNA Decay in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00771

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0006086 pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA 生物过程

GO:0006103 2-oxoglutarate metabolic process 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16950

ath:AT4G16155

ath:AT4G21670

ath:AT5G01270

syn:slr1096

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.713

排名 1 · TkAUNG047020 · TK1151

细胞质0.327

排名 2 · TkAUNG047020 · TK1151

线粒体0.048

排名 3 · TkAUNG047020 · TK1151

细胞膜0.042

排名 4 · TkAUNG047020 · TK1151

内质网0.030

排名 5 · TkAUNG047020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22892DSRM_MRPL44103-158 aa

PF00035dsrm113-152 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG047020	`PF22892`	DSRM_MRPL44	103	158	0.075	13.6
TkAUNG047020	`PF00035`	dsrm	113	152	2.5e-07	31.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5YDB6`	拟南芥	sp\|Q5YDB6\|CPL1_ARATH RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1	38.800%	Swiss-Prot	中等置信

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