TkAUNG046090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG046090

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 12717766-12720203 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

570 bp · TkAUNG046090|TK1151|cDNA

ATGATGCGAGACCAGCACCACCACTCGCTGCTGCCTCCACCACCTCCGCTAACGGTAGATGAAGAACGAAGATGCCTCAAGTCATCTTTGACTATGGTAAAACTCATTGTTTTAGTTCCATGTTTAATTTTAAGGGCTTTCCTTGATCACTTCCTTTCTACCATTGACAATGTCTGGTTCAACGCTCATCTTATCGCTAAGTTGCTAGCTGTAACATGTTTATCATTGACAACAAAAAAGGAAGAGAGTGAAGTATCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

570 bp · TkAUNG046090|TK1151|CDS

ATGATGCGAGACCAGCACCACCACTCGCTGCTGCCTCCACCACCTCCGCTAACGGTAGATGAAGAACGAAGATGCCTCAAGTCATCTTTGACTATGGTAAAACTCATTGTTTTAGTTCCATGTTTAATTTTAAGGGCTTTCCTTGATCACTTCCTTTCTACCATTGACAATGTCTGGTTCAACGCTCATCTTATCGCTAAGTTGCTAGCTGTAACATGTTTATCATTGACAACAAAAAAGGAAGAGAGTGAAGTATCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

189 aa · TkAUNG046090|TK1151|PROTEIN

MMRDQHHHSLLPPPPPLTVDEERRCLKSSLTMVKLIVLVPCLILRAFLDHFLSTIDNVWFNAHLIAKLLAVTCLSLTTKKEESEVSLIQDLKVGPESSLFDAIFRAVGKINFIAEDLEIITKDVVQLRKSVGAPGMAVLQFGVGVGFGVSAFAATRVFKMITIVTKEGDEMYYKVRPYNLPQSDDVNPF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG046090`
TK1151 ID	TkAUNG046090
OH-1004 ID	LXL04_014154
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 33.333 / OH-1004 1.630 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG046090

位置 ChrUn:12717766-12720203 (-)

描述 Similar to DPEP: 4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g64860`	叶绿体 α-葡聚糖转移酶参与麦芽三糖代谢。	A critical role for disproportionating enzyme in starch breakdown is revealed by a knock-out mutation in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01012.x Blocking the metabolism of starch breakdown products in Arabidopsis leaves triggers chloroplast degradation.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp093

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0627000`	叶绿体 α-葡聚糖转移酶参与麦芽三糖代谢。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000025 maltose catabolic process 生物过程

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005983 starch catabolic process 生物过程

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G64860

dosa:Os07g0627000

sce:YIL082W-A

sot:102595076

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.250

排名 1 · TkAUNG046090 · TK1151

质体0.202

排名 2 · TkAUNG046090 · TK1151

细胞核0.199

排名 3 · TkAUNG046090 · TK1151

线粒体0.158

排名 4 · TkAUNG046090 · TK1151

细胞质0.148

排名 5 · TkAUNG046090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00134Cyclin_N47-93 aa

PF02446Glyco_hydro_7748-143 aa

PF20157Maf_flag10_N137-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG046090	`PF00134`	Cyclin_N	47	93	0.026	14.9
TkAUNG046090	`PF02446`	Glyco_hydro_77	48	143	4.4e-08	33.1
TkAUNG046090	`PF20157`	Maf_flag10_N	137	173	0.26	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LV91`	拟南芥	sp\|Q9LV91\|DPE1_ARATH 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic	66.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LI30`	水稻	sp\|Q8LI30\|DPE1_ORYSJ 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic	61.500%	Swiss-Prot	低置信

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