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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG044100
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 12252394-12254980 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1500 bp · TkAUNG044100|TK1151|cDNA

GTTTTCTTATAACCGAAGTATCTTTCTTACTAAAACAGAACCAGAGACAATTTGTTCAGAATTTCATCACCTGATTTGTTCAATGATCACTTCCTTGCTCGGAAATTTGTTATCTGATCACTGATAACATCATCACTACCAGATCTTCGGTCCTCATAATTTACCCACATATCGTCGTTCATCGATTGGGATCGTAATTGACATCGATGGTTTTTCGTATGTATTGAACTACTGATCGTTTTCAGGGAGGTTTTTTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · TkAUNG044100|TK1151|CDS

ATGGCGACAAGGAATAGGACATTTCTCTTTAGGAGGTATAGAGATGCATTGAAGAGCGTTAGGGTTCCGTCGGGCCGTTCTGCGGTTTCCGACGGTGGTGCGATGATCGAAATGGCTGACGCTTCTCTGCTTAAGCAAAATCGTTCTTACGCTCCTCTTAGTACACATGATCCTGGAACTTCCTCTGTGGGGACACCAATGATGGGACTTCCTCCAGCTTGGGTTGACGTATCTGAAGAAATAGCAGCAAACATTCAACG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

320 aa · TkAUNG044100|TK1151|PROTEIN

MATRNRTFLFRRYRDALKSVRVPSGRSAVSDGGAMIEMADASLLKQNRSYAPLSTHDPGTSSVGTPMMGLPPAWVDVSEEIAANIQRARSKMSELSKAHAQALMPSFGDGREDQHRIEALTHEVTDLLKKSERSLRRLSAAGRAEDSTVRKNVQRSLATDLQSLSMELRRKQSMYLKRLQQQKEGSDGVDLEMTLNGMHSRSEDDDFDDFGFNEHQMAKLKKSEAFTMERDREIQQVAESVNELAQIMKDLSVLVIDQGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG044100
TK1151 IDTkAUNG044100
OH-1004 IDLXL04_001274
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG044100
位置ChrUn:12252394-12254980 (-)
描述Similar to SYP43: Syntaxin-43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g05710 有助于调节高尔基体后网络中的分泌和液泡运输途径，以及维持高尔基体和反式高尔基体网络 形态。
Functional redundancy between trans-Golgi network SNARE family members in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2091-14-22
At5g26980 有助于调节高尔基体后网络中的分泌和液泡运输途径，以及维持高尔基体和反式高尔基体网络 形态。
YKT6 is a core constituent of membrane fusion machineries at the Arabidopsis trans-Golgi network.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.061
Functional redundancy between trans-Golgi network SNARE family members in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2091-14-22
At4g02195 参与调节高尔基后网络中的分泌和液泡运输通路，并参与高尔基体和反式高尔基体网络（TGN）形态的维持。
Functional redundancy between trans-Golgi network SNARE family members in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2091-14-22

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001274 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0006906 vesicle fusion 生物过程
GO:0007030 Golgi organization 生物过程
GO:0007034 vacuolar transport 生物过程
GO:0009306 protein secretion 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009863 salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程
GO:0048278 vesicle docking 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G05710
ath:AT4G02195
ath:AT5G26980
hsa:8675
mmu:228960
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.631
排名 1 · TkAUNG044100 · TK1151
细胞质0.254
排名 2 · TkAUNG044100 · TK1151
内质网0.168
排名 3 · TkAUNG044100 · TK1151
细胞膜0.116
排名 4 · TkAUNG044100 · TK1151
溶酶体／液泡0.109
排名 5 · TkAUNG044100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19191HEF_HK73-100 aa
PF14523Syntaxin_278-181 aa
PF00015MCPsignal79-101 aa
PF05739SNARE80-97 aa
PF00745GlutR_dimer80-145 aa
PF15135UPF051597-170 aa
PF09712PHA_synth_III_E99-154 aa
PF03938OmpH101-184 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG044100PF19191HEF_HK731003.7e-0628.1
TkAUNG044100PF14523Syntaxin_2781818.7e-0626.5
TkAUNG044100PF00015MCPsignal791010.1113.1
TkAUNG044100PF05739SNARE80974.7e-2381.5
TkAUNG044100PF00745GlutR_dimer801453.68.7
TkAUNG044100PF15135UPF0515971702.28.3
TkAUNG044100PF09712PHA_synth_III_E991540.02414.6
TkAUNG044100PF03938OmpH1011843.28.7
TkAUNG044100PF06090Ins_P5_2-kin1022920.007416.4
TkAUNG044100PF12845TBD1111300.9210.1
TkAUNG044100PF19191HEF_HK1171653.7e-0628.1
TkAUNG044100PF25118EFL11181670.02915.7
TkAUNG044100PF05739SNARE1201364.7e-2381.5
TkAUNG044100PF07299EF-G-binding_N1431870.0714.3
TkAUNG044100PF09753Use11433140.2311.8
TkAUNG044100PF01519DUF161551550.5111.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SUJ1拟南芥sp|Q9SUJ1|SYP43_ARATH Syntaxin-4371.700%Swiss-Prot高置信
O65359拟南芥sp|O65359|SYP41_ARATH Tlg2p-like protein a70.900%Swiss-Prot高置信
Q9SWH4拟南芥sp|Q9SWH4|SYP42_ARATH Syntaxin-4262.800%Swiss-Prot高置信

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