TkAUNG033270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG033270

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 8852466-8854531 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1959 bp · TkAUNG033270|TK1151|cDNA

CAACATTGACATAACATGGGGGAGGCAGTGCCTATTAAAATACTAAGTTGGCAGTGTCTACTAAACCCCATCTCATCCAATCATCTTCCACCACCTTCTTCTACTCCCACCTCTGCTGTACTATTGTTCTTTCTCTAAACAGACTTTAGATTCATTTGTTGAAGAAAGCATGATTGCTTCTCCTTTCCCCCTTTTATAGCTTGCTCGTAGACCAAGAGAGAAGGAAGGGGGGGAAAAAGCACCAATCTTTACTCACTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

927 bp · TkAUNG033270|TK1151|CDS

ATGAAGTTAGAAACTTTAATCCTCTCGCCATCATCATATATGTCAAATTCGTCGAGTTGGATGATGGAAGATAGTTTAAAGAGCACAATCTGGACTCCTTCTGAGAACAAACTGTTTGAGAATGCTCTTGCCAAGTTTGATAAGGACACCCCTGATCGGTGGCAGCGGGTGGCGGAGATGGTTCCGGGGAAGACGGTGGCGGATGTTATGCGGCAGTATAAGGAGTTGGAGGATGACGTTAGTAGTATCGAAGCAGGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

308 aa · TkAUNG033270|TK1151|PROTEIN

MKLETLILSPSSYMSNSSSWMMEDSLKSTIWTPSENKLFENALAKFDKDTPDRWQRVAEMVPGKTVADVMRQYKELEDDVSSIEAGFYPKYGYSCSTSPFTLEWGNSNGFDGFLSPSPYGVRGKRSSAAAVAVVAAGRPLEQERKKGVPWTEEEHKLFLLGLKKYGKGDWRNISRNFVVTRTPTQVASHAQKYFIRQLSGGKDKRRASIHDITTVNLNENHIPSPEYKGTTSPEQRKFSWDQPNNESTAMAFNQTHGNLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG033270`
TK1151 ID	TkAUNG033270
OH-1004 ID	LXL04_035084
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	51.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 65.260 / OH-1004 70.040 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG033270

位置 ChrUn:8852466-8854531 (+)

描述 Similar to DIVARICATA: Transcription factor DIVARICATA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08520`	通过结合特定启动子基序5′-(A/T)AACCAT-3′，协调脱落酸（ABA）生物合成及信号相关基因的转录激活因子。	Salt-Related MYB1 Coordinates Abscisic Acid Biosynthesis and Signaling during Salt Stress in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00962

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8A9B2`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。	暂无已核实直接文献
`Os01g0524500`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。	Three novel MYB proteins with one DNA binding repeat mediate sugar and hormone regulation of alpha-amylase gene expression.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001735 Convergent starvation signals and hormone crosstalk in regulating nutrient mobilization upon germination in cereals.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097741
`UniProt: B8BI93`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035084 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · TkAUNG033270 · TK1151

细胞质0.103

排名 2 · TkAUNG033270 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkAUNG033270 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkAUNG033270 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkAUNG033270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_727-75 aa

PF01285TEA28-49 aa

PF00249Myb_DNA-binding31-74 aa

PF23082Myb_DNA-binding_231-77 aa

PF13921Myb_DNA-bind_631-82 aa

PF28392ARB_05566_C43-85 aa

PF15963Myb_DNA-bind_7143-177 aa

PF00249Myb_DNA-binding148-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG033270	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	27	75	0.0016	18.9
TkAUNG033270	`PF01285`	TEA	28	49	0.05	14.6
TkAUNG033270	`PF00249`	Myb_DNA-binding	31	74	1.1e-22	80.6
TkAUNG033270	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	31	77	5e-12	46.4
TkAUNG033270	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	31	82	3.8e-07	30.9
TkAUNG033270	`PF28392`	ARB_05566_C	43	85	0.044	14.7
TkAUNG033270	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	143	177	0.0016	18.9
TkAUNG033270	`PF00249`	Myb_DNA-binding	148	194	1.1e-22	80.6
TkAUNG033270	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	148	174	0.085	13.6
TkAUNG033270	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	149	199	5e-12	46.4
TkAUNG033270	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	150	189	3.8e-07	30.9
TkAUNG033270	`PF01285`	TEA	150	167	0.05	14.6
TkAUNG033270	`PF01285`	TEA	175	192	0.05	14.6
TkAUNG033270	`PF25184`	YxzE	266	283	0.0042	18.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNN6`	拟南芥	sp\|Q9FNN6\|SRM1_ARATH Transcription factor SRM1	45.900%	Swiss-Prot	中等置信
`B8A9B2`	水稻	sp\|B8A9B2\|MYBS1_ORYSI Transcription factor MYBS1	46.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LH59`	水稻	sp\|Q8LH59\|MYBS1_ORYSJ Transcription factor MYBS1	46.700%	Swiss-Prot	中等置信
`B8BI93`	水稻	sp\|B8BI93\|MYBS2_ORYSI Transcription factor MYBS2	63.800%	Swiss-Prot	低置信

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