TkAUNG030910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG030910

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 8297294-8299942 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1763 bp · TkAUNG030910|TK1151|cDNA

TTATCATTTATCTTCTACTCTATAATTATCACAAAGCATTATAATATTTATATTTTCATAAAAAGAAGTACATAATTATGACATGACAATTTCGGAAAGAAAGAATAAACATTGAAAATGGGGAGACAAAATTGAAGTTAGAAAGAAAGGGGACAAGAGTGTCACCCTGTCCATGCGATTCCTCCAATTCCATTCATTATTCATATATTCACAGGCACCACCATTTCCATTTTAGGGTTTTGATTCCCTGTTTCATTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · TkAUNG030910|TK1151|CDS

ATGAGGAGAGGGAGGTGTTTTCTCGATATTAGCATTGGAGGTGAGCTAGAGGGAAGGATAGTTGTGGAGCTGTACACTGATATCGTCCCCAAAACAGCCGAGAATTTCAGAGCACTCTGTACCGGAGAAAATGGTGTTAGCCCTATCACCGGCGTTCCGCTTCACTATAAGGGAGTTCGATTCCACAAGCTCATCAGAAGCTGTATGATCGAAGGCGGCGACATTTCTTCCGGCGACGGTACTGGTGGAGAATCGATCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · TkAUNG030910|TK1151|PROTEIN

MRRGRCFLDISIGGELEGRIVVELYTDIVPKTAENFRALCTGENGVSPITGVPLHYKGVRFHKLIRSCMIEGGDISSGDGTGGESIYGSTFEDENLETKHERKGMLSMANSGSNTNGSRFLITTTRTPHLDGKHVVFGRIVKGMGVLKSIEHVPTGENDSPTLDVVIADCGEIKEGEDDGIGNFFKDGDVYPDWPADIDNGPVELSWWLDAVDSIRACGNEAFKKQEHKMALRKYKKAVRYLDVCWEKEGIDDDRSISLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG030910`
TK1151 ID	TkAUNG030910
OH-1004 ID	LXL04_038367
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG030910

位置 ChrUn:8297294-8299942 (-)

描述 Similar to CYP40: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP40

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g15790`	PPIases 加速蛋白质的折叠。	Regulation of vegetative phase change in Arabidopsis thaliana by cyclophilin 40.2001 · DOI: 10.1126/science.1057144

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038367 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000413 protein peptidyl-prolyl isomerization 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0019076 viral release from host cell 生物过程

GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程

GO:0045070 positive regulation of viral genome replication 生物过程

GO:0050714 positive regulation of protein secretion 生物过程

GO:0051881 regulation of mitochondrial membrane potential 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G15790

bta:281420

hsa:5481

mmu:67738

rno:361967

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.551

排名 1 · TkAUNG030910 · TK1151

细胞核0.320

排名 2 · TkAUNG030910 · TK1151

线粒体0.105

排名 3 · TkAUNG030910 · TK1151

质体0.089

排名 4 · TkAUNG030910 · TK1151

细胞膜0.055

排名 5 · TkAUNG030910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00160Pro_isomerase8-171 aa

PF23914TPR_CcmH_CycH217-242 aa

PF07719TPR_2218-240 aa

PF00515TPR_1219-239 aa

PF13414TPR_11219-240 aa

PF04212MIT224-256 aa

PF13432TPR_16230-241 aa

PF13428TPR_14230-246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG030910	`PF00160`	Pro_isomerase	8	171	1.7e-45	155.8
TkAUNG030910	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	217	242	5.3e-08	33.6
TkAUNG030910	`PF07719`	TPR_2	218	240	4.7e-09	36.4
TkAUNG030910	`PF00515`	TPR_1	219	239	7.3e-08	32.6
TkAUNG030910	`PF13414`	TPR_11	219	240	2.2e-05	24.7
TkAUNG030910	`PF04212`	MIT	224	256	0.2	12.5
TkAUNG030910	`PF13432`	TPR_16	230	241	0.0013	19.8
TkAUNG030910	`PF13428`	TPR_14	230	246	0.013	16.8
TkAUNG030910	`PF13181`	TPR_8	231	241	3.6e-06	27.4
TkAUNG030910	`PF14559`	TPR_19	231	247	0.021	15.9
TkAUNG030910	`PF13174`	TPR_6	231	247	0.028	15.7
TkAUNG030910	`PF13176`	TPR_7	231	242	0.29	12.0
TkAUNG030910	`PF00515`	TPR_1	264	291	7.3e-08	32.6
TkAUNG030910	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	277	340	0.01	16.1
TkAUNG030910	`PF14559`	TPR_19	278	331	0.021	15.9
TkAUNG030910	`PF13432`	TPR_16	288	331	0.0013	19.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C566`	拟南芥	sp\|Q9C566\|CYP40_ARATH Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP40	70.300%	Swiss-Prot	高置信

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