TkAUNG028860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG028860

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 7785301-7786763 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1026 bp · TkAUNG028860|TK1151|cDNA

ATGGTGAAGGAGCACGGCGAAGATGATGATGGTCGGAATCTGTTGGGAGGTGGATTGGAAGACTGGGAAAGCTTGTTGTCTGAATCTACTGTGCGAAAATGGTCCCTGGACAAAAACACCCTTGCACTAACGCGTTTCGAGGAACGGGTGCTCTATGATCCTGATCCAGATAGTTATGTGGAAGATGATAATAGCCGGAAAGCTTACGAATACAAGAATGAAATTGAACGTCTTTGCGACCTGGGAGAAACTCTTGGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · TkAUNG028860|TK1151|CDS

ATGGTGAAGGAGCACGGCGAAGATGATGATGGTCGGAATCTGTTGGGAGGTGGATTGGAAGACTGGGAAAGCTTGTTGTCTGAATCTACTGTGCGAAAATGGTCCCTGGACAAAAACACCCTTGCACTAACGCGTTTCGAGGAACGGGTGCTCTATGATCCTGATCCAGATAGTTATGTGGAAGATGATAATAGCCGGAAAGCTTACGAATACAAGAATGAAATTGAACGTCTTTGCGACCTGGGAGAAACTCTTGGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · TkAUNG028860|TK1151|PROTEIN

MVKEHGEDDDGRNLLGGGLEDWESLLSESTVRKWSLDKNTLALTRFEERVLYDPDPDSYVEDDNSRKAYEYKNEIERLCDLGETLGARSRLKEMIEMGYKPYVETYISIMDVFLRNGSTDSAFQVFIEMAFHRSILPQSGSVIYSSLVHYVRIFMKRYDIYKLLEAMKEEGVYINVRTYNVLLDAYCKEGWMEEAESLVKIMREEERGTNVTTYRCLIEGYSLKGEMGKSREVFDWMTSSNARYFMAPDVAIYKRLINGY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG028860`
TK1151 ID	TkAUNG028860
OH-1004 ID	LXL04_038201
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	88.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 30.792 / OH-1004 93.750 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG028860`
位置	ChrUn:7785301-7786763 (+)
描述	Similar to Rf1: Protein Rf1, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038201` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009845 seed germination 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G62720 ath:AT5G41170 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.652

排名 1 · TkAUNG028860 · TK1151

质体0.179

排名 2 · TkAUNG028860 · TK1151

细胞核0.079

排名 3 · TkAUNG028860 · TK1151

细胞质0.062

排名 4 · TkAUNG028860 · TK1151

细胞膜0.016

排名 5 · TkAUNG028860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR57-77 aa

PF13041PPR_275-111 aa

PF01535PPR78-98 aa

PF13812PPR_391-129 aa

PF17177PPR_long91-130 aa

PF06239ECSIT_N91-116 aa

PF12854PPR_197-129 aa

PF12921ATP13100-125 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG028860	`PF01535`	PPR	57	77	5.2e-25	86.6
TkAUNG028860	`PF13041`	PPR_2	75	111	1.6e-31	108.9
TkAUNG028860	`PF01535`	PPR	78	98	5.2e-25	86.6
TkAUNG028860	`PF13812`	PPR_3	91	129	1.3e-15	57.9
TkAUNG028860	`PF17177`	PPR_long	91	130	9.9e-06	25.8
TkAUNG028860	`PF06239`	ECSIT_N	91	116	0.16	11.9
TkAUNG028860	`PF12854`	PPR_1	97	129	2.1e-31	108.0
TkAUNG028860	`PF12921`	ATP13	100	125	0.058	14.0
TkAUNG028860	`PF13041`	PPR_2	103	129	1.6e-31	108.9
TkAUNG028860	`PF25058`	ARM_TT21	103	129	0.043	14.5
TkAUNG028860	`PF29070`	MSC6_N	104	200	3.2e-09	37.1
TkAUNG028860	`PF01535`	PPR	105	129	5.2e-25	86.6
TkAUNG028860	`PF23276`	TPR_24	105	196	1.9e-08	35.0
TkAUNG028860	`PF10602`	RPN7	105	137	0.013	15.9
TkAUNG028860	`PF10037`	MRP-S27	106	129	0.00011	22.1
TkAUNG028860	`PF17177`	PPR_long	118	193	9.9e-06	25.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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