TkAUNG027740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG027740

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 7436147-7439222 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2163 bp · TkAUNG027740|TK1151|cDNA

TCATAACAAGCTTGAAGAACTTTATTTCTTTGTGGGAAGGAAAATAATAAAAAGACCATAATACCCTTAATGAAAGTGTTCGATTAACAAAAACCCTACACGAAAAGAATCGGCCGCATCCATTTCTTCTTCCTCACTGCTTGCGACCTCCATATTCGCGACCTCCATAGCTGCTGCACTCAGTCGCTTCTTCCTCAGCCACACGGCCCACCACTGCCCCTTTCTCCAAATTTCGTCGCCGCCGCCGACCACTCATCGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1497 bp · TkAUNG027740|TK1151|CDS

ATGGGCAATACAGGTGAAGATGTAGATACACCTTCACCTATGAAGATAGAAAAGAAAAAGAAGAAAAACAAGAACATAACCAATGATGGTGATGGTGATGGTGATGGTGATGGTAACACTCATCTAAATGAGAAACTTCATGAACATACAAAAAAGAAGAAGAAGACATCAGAATCAAATGAAGATGTAGAAGAAAATGGTGATATTAAACAGAAGAAGAGGAAAAGAGAAAAAGAAAATGATGATGATCCAAAAGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

498 aa · TkAUNG027740|TK1151|PROTEIN

MGNTGEDVDTPSPMKIEKKKKKNKNITNDGDGDGDGDGNTHLNEKLHEHTKKKKKTSESNEDVEENGDIKQKKRKREKENDDDPKVNKDKKKKRELESNEDVDLQKKKKKKKKYSSEKTQTKENEHSQEDDPKLEKHKKKKKKSKSNEDGGDDSNNLEDNGDLKKNAKKKKDSSENSQKKKTKKVTFSSDVEIFPPSKTKKKEKPKTDDNLVCGKRFTPEEDEIVKQAVEAYIVSNNLGDDGLKMILNCKSHKGMSKCWQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG027740`
TK1151 ID	TkAUNG027740
OH-1004 ID	LXL04_037645
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 77.309 / OH-1004 77.154 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG027740`
位置	ChrUn:7436147-7439222 (+)
描述	Similar to Dmtf1: Cyclin-D-binding Myb-like transcription factor 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037645` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000183 rDNA heterochromatin formation 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006363 termination of RNA polymerase I transcription 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0033553 rDNA heterochromatin 细胞组分 GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	dre:436938 hsa:9988 mmu:23857 rno:114485 sce:YDR026C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · TkAUNG027740 · TK1151

细胞质0.079

排名 2 · TkAUNG027740 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkAUNG027740 · TK1151

线粒体0.010

排名 4 · TkAUNG027740 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkAUNG027740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10428SOG249-208 aa

PF00249Myb_DNA-binding215-270 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6217-236 aa

PF00249Myb_DNA-binding289-329 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6290-348 aa

PF00249Myb_DNA-binding338-402 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6379-417 aa

PF00249Myb_DNA-binding441-455 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG027740	`PF10428`	SOG2	49	208	0.38	10.9
TkAUNG027740	`PF00249`	Myb_DNA-binding	215	270	1.7e-17	64.0
TkAUNG027740	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	217	236	2.6e-15	57.1
TkAUNG027740	`PF00249`	Myb_DNA-binding	289	329	1.7e-17	64.0
TkAUNG027740	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	290	348	2.6e-15	57.1
TkAUNG027740	`PF00249`	Myb_DNA-binding	338	402	1.7e-17	64.0
TkAUNG027740	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	379	417	2.6e-15	57.1
TkAUNG027740	`PF00249`	Myb_DNA-binding	441	455	1.7e-17	64.0
TkAUNG027740	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	444	457	2.6e-15	57.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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