TkAUNG026020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG026020

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 6942983-6946069 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2196 bp · TkAUNG026020|TK1151|cDNA

ATGGGGTTTGATTTATTAGAAGCACTGATTCAACGCTGCTCGGATTTGACAGCTGGGGTTAGAGCTAAAGCTTTAATGAATCTAGCACAAGTAGTGATGTCATTTTCAGGGAATGATGAAAGTAAAAGAATGCTGAATCAAGTGATGGGATTTGGGGGTGAGAGAATCGATGGGATTAACAAAATTCTGACACAACGTTGTATGGATGAGAAAGCTGCAGTTCGAAAGGCAGCTCTTGTGCTGATATCAAAATCATTGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · TkAUNG026020|TK1151|CDS

ATGGGGTTTGATTTATTAGAAGCACTGATTCAACGCTGCTCGGATTTGACAGCTGGGGTTAGAGCTAAAGCTTTAATGAATCTAGCACAAGTAGTGATGTCATTTTCAGGGAATGATGAAAGTAAAAGAATGCTGAATCAAGTGATGGGATTTGGGGGTGAGAGAATCGATGGGATTAACAAAATTCTGACACAACGTTGTATGGATGAGAAAGCTGCAGTTCGAAAGGCAGCTCTTGTGCTGATATCAAAATCATTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

731 aa · TkAUNG026020|TK1151|PROTEIN

MGFDLLEALIQRCSDLTAGVRAKALMNLAQVVMSFSGNDESKRMLNQVMGFGGERIDGINKILTQRCMDEKAAVRKAALVLISKSLAVFEGELDEELLKTVGMACSDPLVSIRKAAISALSEAFRKYSNRLVTKEWLHSTTRLISDNETSIQEECENLFLELVIDRISRAGSSRTENHETVASDSKGKKTSLNMETESLYTNGVLGLLKEICDGEVSPWVKKICSSLGKKKKLKKQIATSLQNIIKSSETQWLNHSMSID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG026020`
TK1151 ID	TkAUNG026020
OH-1004 ID	LXL04_029896
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	63.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.948 / OH-1004 53.604 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG026020

位置 ChrUn:6942983-6946069 (+)

描述 Similar to NCAPD3: Condensin-2 complex subunit D3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15890`	凝缩素-2 复合物的调节亚基，该复合物建立有丝分裂染色体结构并参与染色单体轴的物理刚性（通过相似性推测）。	The Arabidopsis CAP-D proteins are required for correct chromatin organisation, growth and fertility.2013 · DOI: 10.1007/s00412-013-0424-y The condensin complexes play distinct roles to ensure normal chromosome morphogenesis during meiotic division in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12628 The PHD Finger Protein MMD1/DUET Ensures the Progression of Male Meiotic Chromosome Condensation and Directly Regulates the Expression of the Condensin Gene CAP-D3.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00040

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0030261 chromosome condensation 生物过程

GO:0045132 meiotic chromosome segregation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051307 meiotic chromosome separation 生物过程

GO:0051315 attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15890

cel:CELE_Y110A7A.1

hsa:23310

mmu:78658

xla:398742

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.832

排名 1 · TkAUNG026020 · TK1151

细胞质0.199

排名 2 · TkAUNG026020 · TK1151

细胞膜0.040

排名 3 · TkAUNG026020 · TK1151

高尔基体0.026

排名 4 · TkAUNG026020 · TK1151

内质网0.023

排名 5 · TkAUNG026020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23325TPR_284-47 aa

PF26715HEAT_GCN1_24-46 aa

PF12717Cnd15-32 aa

PF02985HEAT5-32 aa

PF11701UNC45-central5-42 aa

PF20168PDS56-132 aa

PF10363RTP1_C19-38 aa

PF21581SCD14-32 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG026020	`PF23325`	TPR_28	4	47	0.0001	23.0
TkAUNG026020	`PF26715`	HEAT_GCN1_2	4	46	0.084	13.6
TkAUNG026020	`PF12717`	Cnd1	5	32	1.4e-26	94.2
TkAUNG026020	`PF02985`	HEAT	5	32	1.6e-08	34.8
TkAUNG026020	`PF11701`	UNC45-central	5	42	0.1	13.1
TkAUNG026020	`PF20168`	PDS5	6	132	4.9e-09	35.3
TkAUNG026020	`PF10363`	RTP1_C1	9	38	0.0046	17.8
TkAUNG026020	`PF21581`	SCD	14	32	0.023	15.7
TkAUNG026020	`PF13513`	HEAT_EZ	20	28	0.0047	18.2
TkAUNG026020	`PF25757`	TPR_DNAAF5	52	84	0.091	12.7
TkAUNG026020	`PF11701`	UNC45-central	56	125	0.1	13.1
TkAUNG026020	`PF12717`	Cnd1	57	168	1.4e-26	94.2
TkAUNG026020	`PF13646`	HEAT_2	59	120	0.0015	19.5
TkAUNG026020	`PF12719`	Cnd3	60	135	0.0011	19.0
TkAUNG026020	`PF22928`	INTS1_R4	61	122	0.00098	19.8
TkAUNG026020	`PF02985`	HEAT	62	81	1.6e-08	34.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24610`	拟南芥	sp\|O24610\|CNDD3_ARATH Condensin-2 complex subunit CAP-D3	57.000%	Swiss-Prot	高置信

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