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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG018690
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 4960960-4965584 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3239 bp · TkAUNG018690|TK1151|cDNA

GAGACTACCAACCAAAATCCAAAATCAGAATTGAAACTTTGAAAGCTTCCTGTTCGTGAGTCGTGACCTAGCAAACGACGCCTCCCGAGTCCCGATTCAACTCCCGTCGACCGCCGCACACACACGGCCAACTCCCGGCGCACACAGACGGCCAACTCCCGACGGTCGCTAGTCGCTACTGCCTACACACAGCCGGTCTTTTCCCTAGTCGCTAGTCGCTACACACAGCCGAGCCGCCTTTGAAACAAAGTTGATTTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2193 bp · TkAUNG018690|TK1151|CDS

ATGGGGAGTATTTTCAAAAGCCTTTCTGTTATAAAAAATCCAATAAAAAGCTTTGTTGGCTTCATTGAAGCAAACATTTCAGTCTTAAAACAGTGCACTAAACAGCGTTTGATCACAGAAGGCCAAGTTCTCCATGGCCATTTATACAAAATTGGCATTTCATCACATAGACATGTAGCAGTCAAACTACTCATCATGTATCTAGATTTCAGAAAATCAGCTGAAGTTGACCAATTACTTAAAGATTATGATGGATTCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

730 aa · TkAUNG018690|TK1151|PROTEIN

MGSIFKSLSVIKNPIKSFVGFIEANISVLKQCTKQRLITEGQVLHGHLYKIGISSHRHVAVKLLIMYLDFRKSAEVDQLLKDYDGFDMIVHNCLISANVDWGNVDEARRLFDEMPERNEVSWTALISGYLKYGRVDESMWLFQRNPFQNVISWTAAISGLLSNGMHFNSIHLFLEMLKSGVMPNNVTLVSIVRASTEMVDFTMGLTALSLSIKLGYEDDVSVCNSLITFSLRLGKLEMARLIFEKMGKRDVISWTAILDM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG018690
TK1151 IDTkAUNG018690
OH-1004 IDLXL04_023959
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.041 / OH-1004 76.759
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG018690
位置ChrUn:4960960-4965584 (-)
描述Similar to PCMP-H41: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g50170 将铁螯合到亚铁血红素前体。
Identification and characterization of the terminal enzyme of siroheme biosynthesis from Arabidopsis thaliana: a plastid-located sirohydrochlorin ferrochelatase containing a 2FE-2S center.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m411360200
Characterization of the evolutionarily conserved iron-sulfur cluster of sirohydrochlorin ferrochelatase from Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1042/bj20111993
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At4g21300 含五肽重复的蛋白 At4g21300。 暂无已核实直接文献
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G13600
ath:AT2G22070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.673
排名 1 · TkAUNG018690 · TK1151
质体0.160
排名 2 · TkAUNG018690 · TK1151
细胞核0.048
排名 3 · TkAUNG018690 · TK1151
细胞质0.036
排名 4 · TkAUNG018690 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkAUNG018690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14536DUF444110-36 aa
PF22330Rib_mS39_PPR24-133 aa
PF00637Clathrin55-89 aa
PF13429TPR_1562-85 aa
PF23276TPR_2476-113 aa
PF17049AEP184-175 aa
PF13812PPR_386-116 aa
PF05843Suf86-145 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG018690PF14536DUF444110360.2112.5
TkAUNG018690PF22330Rib_mS39_PPR241332.5e-0937.9
TkAUNG018690PF00637Clathrin55890.004217.5
TkAUNG018690PF13429TPR_1562850.1212.5
TkAUNG018690PF23276TPR_24761134.2e-1453.3
TkAUNG018690PF17049AEP1841757.2e-0832.6
TkAUNG018690PF13812PPR_3861163.5e-31107.8
TkAUNG018690PF05843Suf861450.0005219.4
TkAUNG018690PF12854PPR_1871149.1e-44147.6
TkAUNG018690PF13041PPR_2891186.8e-80263.7
TkAUNG018690PF01535PPR901182.4e-82266.3
TkAUNG018690PF13428TPR_141021141.8e-0938.1
TkAUNG018690PF14559TPR_191021184.8e-0730.7
TkAUNG018690PF07719TPR_21021130.005717.4
TkAUNG018690PF07721TPR_41021130.01716.4
TkAUNG018690PF13374TPR_101021130.1412.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84JH7拟南芥sp|Q84JH7|SIRB_ARATH Sirohydrochlorin ferrochelatase, chloroplastic72.000%Swiss-Prot高置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333025.900%Swiss-Prot低置信
Q9STE1拟南芥sp|Q9STE1|PP333_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2130028.300%Swiss-Prot低置信
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317023.300%Swiss-Prot低置信
Q9S7F4拟南芥sp|Q9S7F4|PP206_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151024.900%Swiss-Prot低置信

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